Религия также не осталась в стороне от этой битвы. С благословения императора старый учитель Франца Фердинанда Готфрид Маршалл тоже присоединился к этим интригам: сначала попробовал великодушно заступиться за своего бывшего ученика, говоря, что тому приходится выбирать — трон или графиня. Потом он утверждал, что для императора было бы самой большой ошибкой разрешить такой союз. Когда из этого ничего не вышло, как рассказывает правнучка Софии Хотек, принцесса София, Маршалл обратился к графине, пытаясь использовать свою религиозность против ее «убеждений, веры и верности». Клирик предложил Софии финансовую и духовную взятку: если графиня отказывалась от эрцгерцога, прелат обещал, что император вознаградил бы тогда ее семью, папа римский тоже был бы ей признателен, и она смогла бы быть настоятельницей какого-нибудь монастыря и тем самым исполнить волю Божью. Если она отказывалась, говорил он, это было равносильно сомнению в божественном провидении, которое сделало Франца Фердинанда наследником. Эта тактика сработала: глубоко расстроенная София согласилась на то, что, несмотря на свою любовь к эрцгерцогу, она расстается с ним.

Франц Фердинанд пришел в бешенство от такого поворота событий. Он убеждал Софию, что непременно женится на ней и что они должны игнорировать любое противодействие. Чтобы избежать будущих конфронтаций, которые уже сказались и на ее сестрах, София покинула Вену, надеясь защитить себя от ненужного внимания и остаться в стороне от центра кризиса. Чтобы продолжать поддерживать контакт, но и защитить свою переписку от глаз нечистоплотных почтовых служащих, она и Франц Фердинанд разработали секретный код для своих писем. Эрцгерцог взял себе псевдоним «граф Гогенберг», который он использовал и раньше, чтобы избежать внимания Габсбургов, а София просит клерков немедленно доставлять ей письма от этого таинственного аристократа.

Эрцгерцогиня Мария Тереза сразу встала на сторону своего пасынка, как и обе его единокровных сестры. Мария Тереза дважды ходила с ними к императору, умоляла об уступках, но прием был менее чем теплым. Франц Иосиф выслушивал свою невестку, но оставался непреклонным, говоря, что никогда не разрешит этот брак. Франц Фердинанд вскоре узнал, что император, Изабелла, Монтенуово, Маршалл и другие успешно настроили его братьев, Отто и Фердинанда Карла, против их любовного романа. Будучи в курсе всех грехов Отто, Франц Фердинанд был ошеломлен, когда его беспутный брат, живший вполне открыто со своей последней любовницей, лицемерно осудил саму идею его брака с Софией. «Обязанности нашего рода, — настаивал Отто, — лежат вне рамок добра и счастья». И добавлял, что для чести Габсбургов будет немыслимым ударом, если его брат «женится на графине». Францу Фердинанду не повезло и с Фердинандом Карлом, который, как попугай, повторял практически то же самое.

Остальные Габсбурги были почти единодушны в своем осуждении. «Я не должен влюбляться в своих слуг», — так озвучил их отношение Франц Фердинанд. Как писал один автор: «Они не могли простить Францу Фердинанду того, что он выбрал себе жену не из их круга». Эрцгерцогиня Изабелла, как говорил один из родственников, «впадала в глубокое расстройство, если речь заходила о графине Хотек». Она объединила свои силы с другими дамами, думающими так же, в том числе с дочерью Рудольфа, эрцгерцогиней Елизаветой, стараясь представить Софию коварной авантюристкой, мечтавшей увидеть себя императрицей.

Пожилой эрцгерцог Райнер отправляет Францу Фердинанду письмо, предупреждая против брака с Софией не по династическим соображениям, а пророча возможные личные трудности, которые могли бы последовать:

«Попробуйте подойти к вашему решению более серьезно и подумайте о последствиях, к которым приведет этот шаг, так как я не верю, что этот союз принесет вам продолжительное счастье. Постоянно видеть неблагополучие возлюбленной жены причинит вам боль, и многие вещи, которые вы надеялись найти в семейном счастье, окажутся совсем иными и станут совершенно невыносимыми. Мысли о долге помогают преодолеть многие стремления, и чем выше человек стоит — тем меньше он может себе позволить отклониться от соблюдения своих обязанностей».

Единственным примечательным исключением из этой оппозиции Габсбургов стала коронованная принцесса Стефания, выразившая симпатию и личное понимание этого вопроса. Весной 1900 г. она боролась за победу в разрешении собственного морганатического брака с камергером двора графом Элемером Лоньяи. Хотя изначально Франц Иосиф пришел в ужас от такого варианта, но впоследствии он смягчил свою позицию и 22 марта 1900 г. дал свое согласие на этот брак. Она сохранила свои австрийские титулы, и ей даже было позволено появляться при императорском дворе, но не со своим морганатическим мужем.

Когда скандал вокруг Франца Фердинанда и Софии стал широко известен, количество их противников и сторонников стало примерно равным. Запретный роман обсуждался по всей Вене; о нем шептались при дворе, студенты выстраивали его возможные последствия в прокуренных кафе, и казалось, что все очарованы этой мелодрамой. Вскоре появились сообщения и в европейских газетах. О любовной истории начали говорить по всему миру. Безусловно, эрцгерцог старался склонить общественное мнение на свою сторону. Рассказывали, что царь Николай II и кайзер Вильгельм II пытались выступить посредниками в этом противостоянии, хотя это представляется сомнительным. Эрцгерцогиня Мария Тереза якобы написала папе Льву XIII, превознося добродетели Софии как набожной католички и подчеркивая, что такой брак только усилит позиции церкви в империи. Как бы ни было на самом деле, но что-то заставило папу действовать, и он теперь утверждал, что продолжение всех этих интриг и сплетен только повредит габсбургскому трону. Накаляющийся конфликт вспыхнул в 1900 г. в Хофбурге во время новогоднего ужина. На глазах всей императорской семьи император поднял бокал, демонстративно обращая свой тост к двенадцатилетнему сыну Отто Карлу, словно бы публично признавая того своим преемником.

Этот инцидент убедил Франца Фердинанда в том, что пришло время действовать. Он обратился к премьер-министру, графу Францу фон Туну, и спросил его мнение о браке. Не удивительно, что Тун, дальний родственник Софии, поддержал этот союз, обосновывая тем, что Хотеки прослеживали свою родословную на протяжении веков и вполне соответствовали условиям брака. Такой брак, говорил он, несомненно, будет способствовать укреплению связей между короной и Богемией. Но в сентябре он подал в отставку с поста премьер-министра; слухи утверждали, что Франц Иосиф заставил его уйти, узнав, что он поддержал любовный роман.