23 ноября 1923 года начался судебный процесс по делу махновцев. Махно не вызывал симпатии у польской публики, свидетели обвинения Махно в бандитизме рассказывали о насилиях, грабежах, убийствах, бандитизме и погромах. «Адвокаты развеяли миф об антисемитизме махновцев, заявив, что американские евреи-анархисты собрали 5 тыс. долларов для Махно на все судебные расходы, что евреи всего мира считают Махно своим защитником. Защита строилась на полном отрицании обвинений. Защита убедила суд в том, что Махно никогда не боролся против польских войск, а в 1920 году даже отказался «воевать на Польском фронте». Защита утверждала, что и во время решающей битвы за Варшаву махновцы «помогли Польше», совершая рейд по тылам красных и подрывая боеспособность Красной армии. На суде Махно заявил: «Вы осуждаете не Нестора Махно из Гуляйполя. Вы осуждаете украинскую революцию, которая в настоящее время начинает изменять свою историю! Не знаю случая, чтобы кого-то из людей нашего времени могли судить за то, что он принадлежит будущему. Я — будущее!»

Махно в те тяжелые дни поддерживали анархисты всего мира, направляя в адрес польской власти протесты против его преследования. Анархисты США, Испании, Германии, Франции, Италии пикетировали польские и советские посольства в своих странах, протестуя против суда над Махно. Болгарские анархисты угрожали польской власти взорвать польские посольства по всей Европе, если Махно не будет оправдан.

27 ноября 1923 года суд признал надуманными все обвинения против Махно как против «уголовного преступника». Обвинения в советском шпионаже и намерении поднять восстание разваливались после экспертизы писем советских дипломатов, авторство которых приписывалось Махно. Махно и его побратимы были оправданы польским судом «ввиду отсутствия прямых доказательств» и уже на следующий день освобождены из тюрьмы. Но Махно было запрещено жить в Галичине, польская власть определила место его поселения — провинциальный городок Торунь. Махно и Галина с дочерью переехали в Торунь и поселились в местной гостинице. Там, в Торуни, советские чекисты снова попытались убить Махно. Но восьмая по счету попытка вновь оказалась неудачной.

За Махно был установлен полицейский надзор. Ему грозило насильственное выселение из Польши в случае «любых политических махинаций». Чувствуя постоянную слежку, Махно впал в депрессию и пытался покончить жизнь самоубийством. Через три недели после этого Махно вместе с женой и дочерью был выселен из польского государства на территорию «свободного города» Данциг (Гданьск).

Махно предстояло новое испытание. За участие в событиях 1918–1919 годов Нестора и Галину арестовывают власти «свободного города» Данциг. Махно обвинили в организации погромов и убийств немецких крестьян-колонистов. Нелепость этого ареста заключалась в том, что «свободный город» Данциг никакого отношения к событиям в Украине не имел и не мог выступать в роли международного суда или трибунала. К тому же Данциг не был исключительно немецким в этническом смысле. Но немцы (через самоуправление немецкого большинства города) фактически руководили этим городом, диктуя другим этническим сообществам свои законы. С немецкой педантичностью суд Данцига собрал свидетельства о преступлениях махновцев от потерпевших немцев-колонистов, которые эмигрировали на запад. Галина была освобождена из тюрьмы уже через несколько недель после ареста и вместе с дочерью выехала в Париж.

С мая 1924-го по февраль 1925 года Махно находился в тюрьме, а затем в тюремной больнице Данцига, не надеясь на скорое освобождение из новой западни. Для Махно эта тюрьма стала, наверное, самым тяжелым испытанием в жизни. Физические и моральные силы покидали его, болезнь становилась все тяжелее. Махно, видя бесцельность тюремного существования, решает уйти из жизни, пытаясь куском стекла перерезать себе горло. Но охрана тюрьмы нашла его в луже крови, и тюремные врачи возвращают его к жизни. Махно удается бежать из тюремной больницы, и он оказывается в Германии на нелегальном положении.

Последние девять лет жизнь «батьки украинских степей» связаны с Парижем. В Париже оказались и еще несколько десятков анархистов и махновцев из Украины, среди которых можно отметить В. Волина и П. Аршинова. Летом 1925 года Махно приехал в Париж и поселился в квартире феминистки Мэй Пикрей. Он прибыл в Париж без копейки денег. В новых поддельных документах с целью конспирации Махно уже значится под фамилией Михненко…

Французская власть отказала Махно в праве на проживание на территории Франции, но благодаря заступничеству депутата-социалиста П. Фора Махно был выдан временный вид на жительство. С весны 1926 года семья Махно стала снимать отдельную двухкомнатную квартиру в предместье Парижа Венсене. Рядом с квартирой находился литейный цех, где начал работать Нестор. Но в конце года он перешел на другую работу — стал токарем на заводе «Рено». Однако долго работать там Нестор не смог, ведь его здоровье было подорвано туберкулезом и многочисленными ранениями. К тому же из-за полного незнания французского языка и из-за конфликтов с начальством Махно не удавалось надолго задержаться на любом месте. Он некоторое время работал печатным рабочим, чернорабочим, художником-оформителем на киностудии. В конечном итоге Махно ограничился домашним трудом — вязанием носков из домашней пряжи.

Подрывало здоровье Махно и бесконечное курение, и склонность к спиртному. Вскоре семья Махно была обременена большими долгами, из которых уже невозможно было вырваться. К тому же долгое время Махно оставался безработным и существовал на пожертвования, которые собирали друзья-анархисты.

В Париже Махно попал в своеобразное маленькое анархистское «гетто». Он выступал против постоянных обвинений в организации махновцами еврейских погромов. В своем обращении «К евреям всех стран!» Махно опроверг эти обвинения, объяснив цель советских и эмигрантских фальсификаций.

В марте 1926 года во время обсуждения анархистской «платформы» в одном из кинотеатров Парижа все присутствующие, в том числе и Махно, были арестованы полицией, причем Махно был приговорен к высылке из Франции. Только ходатайство и гарантии мэра-социалиста Анри Сельте позволили отложить высылку Махно из Франции при условии политического нейтралитета и испытательного срока под надзором полиции.

В 1927 году увидел свет первый том воспоминаний Махно на французском языке. А в 1929 году первый том воспоминаний был издан в Париже на русском языке, а еще два тома воспоминаний увидели свет уже после смерти Махно. Вместе с Аршиновим Махно организовал в Париже группу украинских анархистов-коммунистов и от имени этой группы издавал журнал на русском языке «Дело труда» (в 1925–1930 годах выходил в Париже, затем в США). Махно и Аршинов призывали анархистов-эмигрантов объединиться, создать Общий союз анархистов, напоминающий политическую партию. Цель нового союза — анархо-революция в СССР. Аршинов предлагал «просачиваться» в СССР и разрушать сталинскую систему изнутри. Идею Махно и Аршинова подхватили около сотни эмигрантов. Но союз был создан только на бумаге.

В конце 1927 года Махно уже не мог ходить. Рана от разрывной пули (он был ранен в щиколотку правой ноги) гноилась, также началось обострение туберкулеза. В 1928 году Махно сделали операцию, которая спасла больную ногу от ампутации и подняла Нестора на ноги.

В 1929 году Махно принимает участие в съезде «Черного интернационала» в Париже, за что вновь оказывается под арестом. Хроническое отсутствие денег иногда прерывалось получением пожертвований из Фонда поддержки Махно. До 1930 года Махно регулярно получал пенсию, собранную международными анархистскими организациями, — тысячу франков в месяц. Болгарские анархисты предлагали ему возглавить «военную часть» восстания в Болгарии, испанские анархисты — руководить партизанской борьбой в Испании. Однако здоровье батьки было уже полностью подорвано, и он был вынужден отказаться от этих предложений.