В 1930 году французская полиция закрыла анархистский журнал «Дело труда» как экстремистский и выслала редактора журнала Аршинова за пределы Франции. Над Махно вновь нависла опасность ареста или высылки. К тому же опять резко ухудшилось его здоровье, что было связано с обострением туберкулеза легкого и с дистрофией мышц раненой ноги.

В феврале 1934 года в Париже местные фашисты пытались захватить власть. Трудовая Франция ответила на фашистский путч всеобщей забастовкой и грандиозной манифестацией. В числе манифестантов шел и Махно. После манифестации Махно надолго слег от простуды, которая усилила обострение туберкулеза. 16 марта 1934 года он был отправлен в больницу Тенон для туберкулезных больных в предместье Парижа. Врачи удалили два пораженных туберкулезом ребра, но батьку это не спасло. В ночь на 25 июля 1934 года Нестор Махно умер. Через три дня урна с его прахом была замурована в стене колумбария кладбища Пер-Лашез. На похоронах Махно присутствовал цвет анархистского мирового движения — около 500 человек. Умершего сравнивали с Бакуниным, даже бывшие оппоненты Махно отдавали почести славному революционеру, обещая продолжить его дело.