Восстание вспыхнуло стихийно и, вероятно, застало князя в его доме на Сретенке, неподалеку от Лубянки. Князь Дмитрий Михайлович успел только собрать пушкарей с соседнего Пушечного двора и стрельцов из ближайшей слободы. Были у воеводы и пушки с того же Пушечного двора, и пушкари расстреливали с близкого расстояния поляков и немецкую пехоту. Воины Пожарского не только отбили врагов, но и «втоптали» их в Китай-город, а сами поставили на скорую руку острожек у церкви Введения на Лубянке — приходской церкви Пожарского.

Понимая, что им не справиться с вооруженным восстанием, поляки подожгли город, и огонь расчистил путь солдатам. Введенский острожек Пожарского оставался одним из последних центров сопротивления. К вечеру 20 марта полякам и немцам удалось прорвать оборону. Большинство защитников острожка пало в бою, а воевода получил тяжелую рану в голову. Его едва смогли вынести с поля битвы, укрыли в возке и привезли в Троице-Сергиев монастырь.

Такова была деятельность Пожарского до того, как он принял предложение возглавить нижегородское ополчение. Уже тогда он снискал себе широкую известность как патриот и твердый сторонник законной власти, храбрый воевода и талантливый организатор. С. Ф. Платонов так характеризовал личность князя Дмитрия Пожарского: «С высоким понятием о своей родовой чести и с консервативным настроением Пожарский, разумеется, не мог ни служить самозванщине, ни прислуживаться Сигизмунду. Он и в Тушине не бывал, и королю ни о чем не бил челом; напротив, крепко бился с тушинцами и первый пришел под Москву биться с поляками и изменниками… Все это вместе взятое создало Пожарскому определенную репутацию и остановило на нем выбор нижегородцев».

Рана Пожарского надолго вывела его из строя. Он находился в своей родовой вотчине в Мугрееве и там получил первые известия о начале освободительного движения в Нижнем Новгороде. За то время пока Пожарский приходил в себя после ранения, произошло много событий — Ляпунов был убит, а оставшиеся под Москвой Трубецкой и Заруцкий колебались, выбирая, чью сторону им принять. Заруцкий склонялся к поддержке Марины Мнишек и ее сына «воренка» Ивана. Были в ополчении и сторонники Лжедмитрия III — очередного «вора», появившегося в Пскове. Позднее, уже во время движения Второго ополчения к Москве, именно его кандидатура получила поддержку в «подмосковных таборах», и 2 марта 1612 г. ополченцы целовали крест самозванцу.

Пожарский далеко не сразу согласился на предложение возглавить ополчение. Нижегородцы ездили к нему в Мугреево несколько раз. Был у Пожарского и его тезка — Минин. Очевидно, тогда и сложился между ними дружеский союз единомышленников, во многом обеспечивший успехи Второго ополчения. Не случайно, решая, «кому быть с ним у такова велика дела и казну збирати», князь Дмитрий Михайлович одним из условий своего согласия выдвинул избрание Кузьмы Минина. Согласно «Новому летописцу», свое вступление в должность «выборного человека» Минин обусловил созданием нового приговора, обязывавшего горожан «во всем быти послушливыми и покорливыми» руководителям ополчения и «ратным людям давать деньги». Этот приговор с подписями нижегородцев был отправлен к Пожарскому. Получив это свидетельство твердости нижегородцев и условившись с Кузьмой Мининым и другими деятелями земского движения об основных принципах создания ополчения, Пожарский отправился в Нижний Новгород. С этого времени начинается новый этап в деятельности князя Дмитрия Пожарского, составившей ему бессмертную славу спасителя Отечества.

Вскоре после делегации нижегородцев к Пожарскому прибыли представители смоленских дворян, которые участвовали в Первом ополчении, а после его распада обосновались в Ярополческой дворцовой волости и под Арзамасом. Князь принял их уже как руководитель ополчения и приказал им собираться в Нижнем Новгороде.

В это же время произошло еще одно важное событие — для пополнения земской казны Кузьма Минин и земский совет составили приговор о принудительном займе у частных лиц, «покаместа нижегородские денежные доходы в зборе будут». В подписи под этим приговором Кузьма Минин уже назван «выборным человеком», подпись же князя Дмитрия Пожарского отсутствует, следовательно, он был составлен незадолго до приезда князя в Нижний.

По дороге туда Пожарский встретил дворянские отряды из Дорогобужа и Вязьмы и также призвал их в ополчение. В конце октября 1611 г. с первыми отрядами ополчения Пожарский прибыл в Нижний Новгород. Численность этих отрядов составила приблизительно 2000 человек. Вскоре вместе с Пожарским и Мининым в руководство земского совета вошли воевода Иван Иванович Биркин и дьяк Василий Юдин. В дальнейшем состав руководителей Второго ополчения расширялся, в нем появились и бояре, однако роль земских вождей — Пожарского и Минина — оставалась первенствующей до тех пор, пока ополчение не достигло своей цели.

Первейшей задачей, которую предстояло решить Пожарскому и Минину, была организационная, и решалась она в традиционных формах военной организации Российского государства. Основу ополчения составили дворянские отряды. Участникам полагались денежные оклады, которые были согласованы с прежними окладами служилых людей и даже с теми «придачами», которые были назначены легитимными правительствами, но так и не «справлены». Руководителям ополчения пришлось провести огромную работу по установлению размеров жалованья собравшихся в Нижнем ратных людей. В результате смоляне, дорогобужане и вязмичи были разделены на четыре «статьи» по 50, 45, 40 и 30 рублей годового жалованья. Это были весьма значительные оклады. Сам Пожарский в 1604 г., будучи стольником, получил, как мы помним, 20 рублей. Впрочем, есть указание, что в реальности часть дворян получала эти оклады не целиком, а наполовину. Однако и это было больше обычного жалования провинциального дворянина, не поднимавшегося выше 14 рублей. Помимо жалованья, участники ополчения получали «корм» себе и лошадям. Стрельцам и пушкарям были положены оклады в 25 рублей, новобранцам — в 20 рублей. Упомянем, что на рубеже XVI–XVII столетий жалованье стрельцов было существенно ниже, нежели оклады, назначенные Вторым ополчением. Узнав о щедрых раздачах денежного жалованья, в Нижний потянулись ратные люди, но в ополчение попадали далеко не все желающие — необходимо было пройти строгий отбор.

Расходы на первоначальную организацию ополчения исчерпали значительную часть собранной земской казны. Соседние Балахна и Городец также не могли доставить необходимых средств. Единственным выходом стало обращение к другим городам. Пожарский и Минин послали грамоты в «понизовые» города — Казань, Свияжск, Чебоксары и другие. Их жители отозвались на призывы руководителей ополчения, отправили в Нижний «многую казну» и начали снаряжать свои военные отряды. Вслед за этим грамоты были отправлены в Вологду и Соль Вычегодскую — богатые промышленные города, в свое время оказавшие большую поддержку как правительству Шуйского, так и Первому ополчению. В Нижний постепенно стали собираться служилые люди из различных областей государства — дворянские полки коломничей и рязанцев, стрельцы и казаки из «украинных городов», сидевшие в московской осаде при царе Василии. Сюда же стекались земские пожертвования и доходы. Нижегородское ополчение постепенно приобретало положение общеземского правительства, на которое ранее претендовали подмосковные полки Трубецкого и Заруцкого. В декабрьских документах ополчения упоминается «Совет всей земли», аналогичный такому же совету земских выборных при Первом ополчении.