Первоначально Пожарский предполагал идти прямо на столицу через Суздаль, однако, получив сведения о прибывшем к польскому гарнизону в Москве подкреплении и о враждебных действиях казаков Заруцкого против верхневолжских городов, воевода решил двигаться вверх по Волге. На выручку Ярославлю, в который Заруцкий послал казацкого атамана Андрея Просовецкого, бывшего участником Первого ополчения, князь Дмитрий Михайлович отправил своего родича — воеводу князя Дмитрия Петровича Лопату-Пожарского. Он успел занять Ярославль раньше Просовецкого, и план Заруцкого провалился.

В начале марта 1612 г. главные силы ополчения выступили из Нижнего Новгорода вверх по Волге. В Балахне, Юрьевце и Кинешме население встречало ратников «с великой честью». В Балахне к войску Пожарского присоединился Матвей Колодкин-Плещеев, активный участник Первого ополчения, с дворянами из разных городов, в Кинешме — отряд служилых татар. Костромской воевода Иван Петрович Шереметев, поддерживавший связи и с московскими боярами, и с «подмосковными таборами», попытался было не пустить ополченцев в город. Но костромичи «пришли на Ивана с шумом» и едва его не убили. Пожарскому еле удалось спасти Шереметева от расправы. По просьбе горожан Пожарский назначил новым воеводой в Кострому князя Романа Гагарина. Из Костромы Пожарский отправил к Суздалю против Просовецкого своего родича князя Романа Петровича Пожарского. Получив в Костроме «на подмету многую казну» и «прибрав» на службу костромских дворян, ополчение направилось в Ярославль.

В это время Пожарский получил от своего давнего соратника окольничего Артемия Измайлова, бывшего воеводой во Владимире, известие о том, что воеводы в «подмосковных таборах» принесли присягу Лжедмитрию III — Псковскому вору. Таким образом, Заруцкий и Трубецкой открыто заняли неприемлемую для лидеров Второго ополчения позицию. Правда, власти Троице-Сергиева монастыря в своем послании к Пожарскому доказывали, что Трубецкого и его дворян заставили целовать крест Псковскому вору насильно, но для Пожарского и его соратников это ничего не меняло. В грамоте Второго ополчения от 7 апреля 1612 г., посланной из Ярославля в Соль Вычегодскую, резко осуждались действия подмосковных воевод: «Как сатана омрачи очи их! При них Колужский их царь убит и безглавен лежал всем на видение шесть недель, и о том они из Колуги к Москве и по всем городом писали, что царь их убит, и про то всем православным христианом ведомо».

В этой же грамоте заявлена четкая политическая позиция Пожарского, Минина и их сподвижников: «И ныне, господа, мы все православные христиане общим советом, сослався со всею землею, обет Богу и души свои дали на том, что нам их воровскому царю Сидорку (Лжедмитрию III. — С.Ш.), и Марине, и сыну се не служити и против врагов и разорителей веры християнской, польских и литовских людей, стояти в крепости неподвижно». Грамота призывала вычегодцев «советовать со всякими людьми общим советом» об общеземском выборе царя — «кого нам милосердый Бог, по праведному своему человеколюбию, даст» — и писать по городам и в подмосковные таборы, чтобы «от вора, от Сидорка, отстали, и с нами и со всей землею тем розни не чинили, и крови в государстве не всчинали». Заканчивалось это обращение призывом скорее прислать казну, поскольку войско постоянно увеличивается и ратным людям уже нечем выплачивать денежные оклады.

Как следует из текста грамоты, предводители Второго ополчения решительно осуждали любые самозванческие авантюры и призывали к объединению ради изгнания поляков из Москвы и выбора государя «всей землею». Их программа во многом совпадала с идеями Первого ополчения, однако Пожарский и Минин, в отличие от Ляпунова, уделяли больше внимания деятельности местных городских объединений — земских советов. Ляпунов в свое время пытался создать совет земских выборных при Первом ополчении, но роль этого совета была существенно меньшей, чем во Втором ополчении. Кроме того, предводители Второго ополчения опирались именно на местные органы самоуправления, в то время как для Ляпунова «Совет всей земли» был лишь средством для укрепления авторитета движения. Отличает Второе ополчения от Первого и гораздо более тщательная подготовка как организационной, так и финансовой стороны дела.

Под грамотой в Соль Вычегодскую стоят подписи 50 человек, большинство из которых — дворяне. Открывает список имя боярина Василия Петровича Морозова, первым из «больших людей» присоединившегося ко Второму ополчению. За ним следуют боярин князь Владимир Тимофеевич Долгоруков, окольничий Семен Васильевич Головин (участник походов Скопина-Шуйского), князья Иван Никитич Одоевский, Петр Пронский, Федор Волконский и другие. Имя же настоящего лидера ополчения князя Пожарского стоит лишь на десятом месте, а на пятнадцатом — «в выборного человека всею землею, в Козьмино место Минина князь Дмитрей Пожарский руку приложил» (как видим, руководитель всего финансового обеспечения Второго ополчения был человеком неграмотным, что не мешало ему блестяще справляться со своими обязанностями). Такой порядок следования подписей, однако, не отражал истинного положения вещей, и это было всем хорошо известно. Предоставив «чиновным» и «родословным» людям первыми поставить свои подписи под грамотой, Пожарский и Минин никому не уступали реальной власти над ополчением, а лишь выполняли требования сословного этикета. Не случайно в начале грамоты говорится, что вычегодцам «бьют челом» «бояре и окольничьи, и князь Дмитрий Пожарский, и стольники, и дворяне большие, и стряпчие, и жильцы, и головы, и дворяне, и дети боярские всех городов, и Казанского государства князи и мурзы, и татаровя, и розных городов стрельцы и пушкари и всякие служивые и жилецкие люди». Имя Пожарского, как можно видеть, особо выделено в этом перечне. В других документах главенствующая роль князя выделена еще более четко, там его подпись выглядит следующим образом: «По избранию всее земли Московского государства всяких чинов людей у ратных и земских дел стольник и воевода князь Дмитрий Михайлович Пожарский».

В Ярославле Второе ополчение находилось четыре месяца. За это время Ярославль стал общеземским центром для поволжских, поморских и центральных, замосковных городов. Второе ополчение признала и Сибирь. Все большую силу приобретает «Совет всей земли», который пополняется новыми выборными от городов. Состав и функции ярославского «совета», по сравнению со всеми сходными с ним предыдущими, более всего приближались к Земскому собору. В «Совет» входили представители различных сословий и социальных групп из разных городов. Выборные обсуждали и решали важнейшие вопросы — от имени «Совета всей земли» велись переговоры с новгородцами о возможности призвания на русский престол королевича Карла-Филиппа, решались вопросы о борьбе с казаками, финансовом обеспечении, раздавались поместья, посылались воеводы и дозоры и т. д. С ярославского купечества, славившего своими «промыслами» по всей России, были взяты крупные суммы. С Г. Никитникова — 500 рублей, с В. и С. Лыткиных — 350 рублей, а с прославленных богачей Строгановых — целых 3000 рублей. Впрочем, ярославских толстосумов пришлось как следует попугать — поначалу они не желали подчиняться Минину и признали «свою неправду», лишь повидав «велику жестость» от князя Дмитрия Пожарского.

За время ярославского «стояния» были сформированы учреждения с государственными функциями — Разрядный приказ, Поместный приказ, вероятно, также и Посольский приказ и некоторые другие. Поместному приказу даже удавалось обеспечивать безземельных или обедневших дворян поместьями. В Ярославле был учрежден Денежный двор и начата чеканка монеты. Примечательно, что на ней чеканилось имя царя Федора Ивановича — последнего из государей, легитимность которого была вне всяких сомнений.

Первоначально все документы Второго ополчения скреплялись личной печатью князя Д. М. Пожарского. Она представляла собой следующую геральдическую композицию: два дерущихся льва, стоящих на задних лапах, с перекинутыми через бедро хвостами. Между задних лап львов лежала мертвая голова, которую клевала хищная птица — орел или сокол. По образцу этой печати была изготовлена печать для скрепления международных актов: в щите изображен орел, клюющий мертвую голову, щит держат два льва, над щитом — корона, под щитом — извивающийся дракон. По краям этой печати шла подпись: «Стольник и воевода и князь Дмитрий Михайловичь Пожарсково Стародубсково». После прихода под Москву Второе ополчение взяло «земскую» печать Первого ополчения: одноглавый орел с широко раскрытым клювом. Заметим, что до июня 1611 г. документы Первого ополчения также скреплялись личной печатью его главы — П. П. Ляпунова.