В первую ночь высадки многие катера, несмотря на исключительно сильный огонь противника, совершили по 5–7 рейсов между косой Чушка и участками высадки. Некоторые катера перевезли за ночь до 600 человек и большое количество оружия, боеприпасов и других грузов. 3 ноября к 9.00 были перевезены два полка 55-й гвардейской стрелковой дивизии, основную часть 2-й гвардейской стрелковой дивизии и управления обеих дивизий.

Успешно преодолев сопротивление противника, десант 56-й армии к 8 часам начал продвижение в глубь обороны противника.

С окончанием высадки первого, а затем и второго эшелонов войск 56-й армии корабли приступили к переброске последующих эшелонов, одновременно эвакуируя раненых с плацдарма. К 16 часам 3 ноября было перевезено еще 4440 человек, 48 орудий и минометов и несколько тонн боеприпасов.

Получив пополнение, десантные войска к исходу 3 ноября вышли на рубеж 2 км северо-восточнее Баксы, выс. 98,9 (1 км вост. Джанкоя). Азовская флотилия, получив пополнение в кораблях, приступила к планомерной переброске оставшихся войск, вооружения и грузов. К исходу 4 декабря десант насчитывал более 9 тыс. человек и 68 орудий и минометов.

Попытки противника прорваться торпедными катерами и быстроходными баржами к району высадки со стороны Камыш-Буруна результатов не дали.

К 11 ноября десант 56-й армии насчитывал почти 29 тыс. человек, 289 орудий и минометов, 10 танков и продолжал успешно продвигаться к Керчи. К 16 часам десантные войска ворвались в восточную часть города к железнодорожной станции и вышли к церкви севернее Широкого мола порта Керчь. В районе Колонка была окружена небольшая группа войск противника.

Противник, в свою очередь, перебросил в район Керчи до 40 тыс. человек с артиллерией и танками. Опираясь на заранее подготовленную систему обороны, ему удалось приостановить наступление десантных войск 56-й армии, уступавших ему как по численности, так и по техническому оснащению.

Для переброски остальных сил 56-й армии переправа через Керченский пролив получила продуманную организацию. Из боевых кораблей были сформированы отряд прикрытия переправы и отряд траления. Для перевозки войск и грузов использовались корабли, суда и высадочные средства Азовской военной флотилии. При погрузке судов был учтен опыт высадок предыдущих десантов.

После ожесточенных боев 12–16 ноября войска 56-й армии перешли к обороне, намереваясь возобновить наступление и бои за Керчь после накопления необходимых сил и техники. В период этой вынужденной паузы в действиях войск штабы флота и фронта направили свою деятельность на обеспечение непрерывности работы переправы через пролив.

К 20 ноября переправа на Керченский полуостров всех сил и средств 56-й армии была завершена. В это же время директивой Ставки ВГК Северо-Кавказский фронт был преобразован в Отдельную Приморскую армию (ОПАРМ). Деятельность Азовской военной флотилии была переключена на перевозки через пролив грузов и личного состава для ОПАРМ. Обеспечение перевозок оказалось эффективным и устранило помехи со стороны противника. Высаженные войска были хорошо обеспечены продовольствием.

Следует отметить, что в это время тылы флота, Азовской флотилии, Керченской и Новороссийской баз работали слабее армейских тылов. В дни высадки, в период самой напряженной работы по перевозке десантных войск личный состав кораблей и высадочных средств слабо обеспечивался продовольствием, ассортимент продуктов состоял из ржаных сухарей и комбижира. Оперативная группа тыла Черноморского флота работала неудовлетворительно, хотя и располагала запасами необходимого продовольствия и других видов снабжения.

К 4 декабря 1943 года на судах Азовской военной флотилии было переправлено более 75 тыс. человек, более 2700 лошадей, более 1600 орудий и минометов, 58 установок РС, трактора, повозки, бронетранспортеры, кухни и более 4300 тонн продовольствия и других грузов.

В это время, когда десант 56-й армии, не преодолев сопротивления врага, перешел к обороне, противник с возрастающей силой возобновил атаки на эльтигенском направлении.

Положение эльтигенской десантной группы, оказавшейся вследствие блокады на голодном пайке и при ограниченном количестве боеприпасов (0,2–0,5 боекомплекта), стало весьма тяжелым. Численность ее к этому времени составляла 4000–4500 человек, количество орудий и минометов было незначительным. Танков не было вообще. Длительные, упорные бои увеличили число раненых и тем самым еще более осложнили положение десантной группы.

Снабжение эльтигенской группы по воздуху было крайне недостаточным, а доставка по морю в условиях действия превосходящих сил противника стала практически невыполнимой.

Положение эльтигенской группы выло еще более ослаблено переводом всей артиллерии 18-й армии на поддержку войск 56-й армии. Это приказание командующего Северо-Кавказским фронтом последовало еще 2 ноября 1942 года. Таким образом, артиллерия 18-й армии в поддержке своих десантных войск участия не принимала. Вся артиллерийская поддержка была возложена на 55 орудий береговой артиллерии флота.

Береговая артиллерия, несмотря на ее малочисленность, успешно решала в пределах своих возможностей поставленные перед ней задачи. Участвуя в отражении целого ряда контратак противника, береговая артиллерия провела почти 800 стрельб орудий 100-мм и 152-мм калибра. Огнем береговой артиллерии поражались пехота и танки противника, подавлялся огонь вражеской артиллерии, уничтожались другие объекты. В этот день, 2 декабря, эффективную поддержку десантникам оказывала авиация флота, которая произвела около 580 самолето-вылетов, нанося поражение войскам противника. Но этого было недостаточно.