В подавлении вооружённых выступлений, помимо армейских отрядов, активно участвовали батальоны ВОХР, обслуживавшие Алтайскую и Томскую губчека. Восстания, плохо подготовленные и носившие характер стихийного протеста, вспыхивавшие в разное время и без связи друг с другом, подавлялись обычно быстро. Глава Енгубисполкома И.А. Завадский на заседании губкома РКП(б) заявил с предельной откровенностью: «Выступления контрреволюционеров не только естественны, но и выгодны для нас, так как дают нам возможность применять пролетарские репрессии. Они легко подавляемы, так как они разрознены» [181] .

В период подавления мятежей чекисты вели разведку, засылали к повстанцам своих агентов, старались разлагать ряды мятежников различной дезинформацией. Со второй половины 1921 г. нередко им удавалось внедряться в крупные мятежные отряды, стравливать и уничтожать их лидеров. Но порой повстанцы разоблачали засланных агентов. Основные оперативные действия предпринимались чекистами уже после разгрома основных сил, когда они организовывали поимку заговорщиков, особенно стараясь уничтожить руководителей. Не всегда эти усилия оказывались успешными — так, вождь крупного отряда повстанцев И.Н. Соловьев, действовавший в хакасской тайге, оставался неуловимым до 1924 г. Но в случае, например, с Роговым и Лубковым, а также лидерами Западносибирского мятежа удача оказалась на стороне чекистов.

Так, для ликвидации П.К. Лубкова мариинские чекисты весной 1921 г. осуществили замысловатую комбинацию, создав сразу три фиктивных повстанческих отряда, а в апреле — и четвертый, который их контролировал. В составе лжеповстанческих сил находились бывшие соратники Лубкова, переметнувшиеся на сторону чекистов и симулировавшие отступление в тайгу. Один из членов фиктивного отряда бежал к Лубкову на таежную заимку неподалеку от с. Святославки Мало-Песчаной волости, и был принят мятежниками. Четыре дня спустя, в ночь на 23 июня, этот разведчик расстрелял сонного Лубкова. В те же дни были выслежены в тайге и застрелены ближайшие помощники Лубкова — крестьяне с. Святославка Жуков и Рузских. Вскоре партизанские командиры С. Первышев, В. Шарапов и другие — всего 10 человек — обратились в Томскую губчека «с просьбой снять с них упреки в выступлении против Советской власти, так как все они активно участвовали в поимке и расстреле Лубкова и его помощников» [182] .

Весной 1921 г. чекисты и военные выслали под видом повстанцев крупный отряд на трёх пароходах, который в нижнем течении Оби разгромил остатки западносибирских мятежников и на месте расстрелял их лидеров. В конце 1921 г. чекистам в ходе многоходовой агентурной комбинации удалось схватить командира крупного отряда, поручика В.И. Чернова, действовавшего в Балаганском, Черемховском и Иркутском уездах. Сначала в его отряд удалось внедрить под видом казачьего офицера чекиста В.Н. Преловского, который сообщал все сведения о передвижении отряда и его намерениях. Операцию по задержанию Чернова разработали председатель губчека М.Д. Берман и заместитель начальника Черемховского политбюро И.С. Тумахович. Последний обеспечил сопровождение Чернова в Иркутск и его размещение на квартире родственника сотрудника ЧК. На этой квартире Чернова и задержали сотрудник губчека С.Д. Краснов вместе с замначальника агентурного отделения губчека Ю.А. Новаком [183] .

Организацию подавления Западносибирского восстания 1921 г. осуществляла чрезвычайная тройка в составе председателя Сибревкома И.Н. Смирнова, помглавкома по Сибири В.И. Шорина и полпреда ВЧК И.П. Павлуновского (первый раз она была создана — в этом же составе — решением Сиббюро ЦК от 9 июля 1920 г. для подавления восстаний в Томской и Алтайской губерниях). Её полномочия были очень широки. Согласно секретной инструкции Павлуновского от 14 февраля 1921 г. «О применении высшей меры наказания в районе, охваченном восстанием», местные органы ВЧК получали право на месте без суда расстреливать повстанческих командиров, мятежников, повторно взятых в плен, лиц, не сдавших властям огнестрельного оружия, уличённых в порче железнодорожных путей и телеграфной связи, а также железнодорожных служащих, связанных с повстанцами [184] . Чрезвычайные тройки с участием местных чекистов постоянно организовывались в мятежных районах. В январе 1922 г. приказом Горно-Алтайской уездной чрезвычайной тройки некоторые районы объявлялись на чрезвычайном положении, повстанцы, захваченные с оружием в руках, подлежали расстрелу, смертные приговоры выносились без санкции губернских властей, а семьи повстанцев могли выселяться, причём их имущество конфисковывалось.

Подавление мятежей осуществлялось крайне жестоко. 13 июля 1920 г. в бою за с. Волчиха Славгородского уезда красные имели одного убитого, а едва вооружённые повстанцы — около 900, большинство из которых были зарублены бойцами 1-го кавдивизиона 87-й бригады ВОХР. Такое число жертв явно говорит о том, что красноармейцы беспощадно рубили и тех, кто уже сдался. Красноармейцы 226-го Петроградского полка 26-й стрелковой дивизии за 13–17 июля 1920 г. в пяти селах Славгородского уезда убили свыше 1.600 мятежников. Как сообщал И.Н. Смирнов, в ходе подавления Западносибирского мятежа менее чем за первые полтора месяца боёв в Ишимском уезде было убито около 7.000 и в Петропавловском — 12.000 крестьян. Многие сотни пленных сибиряков-повстанцев в 1920–1922 гг. были приговорены чрезвычайными комиссиями и военно-революционными трибуналами к высшей мере наказания.

Иногда чекисты были вынуждены осаживать наиболее рьяных карателей из числа своих помощников. Председатель Балаганского уревкома Касимов писал в 1921 г. в Иркутский губревком: «По ликвидации восстания в Евсееве намерен организовать карательную экспедицию… своей задачей считаю не подавление, а уничтожение повстанцев». Иркутские чекисты сначала арестовали не в меру ретивого помощника председателя ревкома — начальника уездной милиции Яблочкина, а вскоре добились отстранения и самого Касимова [185] .

Основное число погибших в Сибири в начале 1920-х гг. — это жертвы внутренних войск, партийно-чекистских отрядов, милиции и комячеек, осуществлявших безудержный террор при подавлении крестьянских восстаний. В свою очередь, крайняя, доходившая до садизма, жестокость была свойственна и повстанцам, нередко вырезавших коммунистов вместе с семьями.

При подавлении антисоветских мятежей погибли десятки тысяч сибиряков, а население было приведено к покорности. Как удовлетворённо сообщал летом 1920 г. после разгрома мятежников глава Колыванского ревкома Г. Толстиков, терроризированное карателями население вело себя так, что «хоть верёвки вей». Аналогичные оценки политического положения после подавления восстаний давались советскими властями в разных местностях и в 1921–1922 гг. [186] .