Большой проблемой для властей в 1920 г. являлись многочисленные дезертиры, среди которых поначалу преобладали партизаны, влившиеся в регулярную армию и поспешившие её покинуть, не желая подчиняться военной дисциплине и терпеть лишения, связанные со скудностью пайков и нехваткой снаряжения. Затем численность дезертиров заметно выросла за счёт лиц, уклонявшихся от мобилизации в РККА.

Согласно информации окружной комиссии по борьбе с дезертирством СибВО от 25 марта 1920 г., в Пермской, Семипалатинской и Алтайской губерниях «приходится бросать огромные отряды красноармейцев для вылавливания дезертиров и уничтожения их налётов на советские учреждения и деревни…». В марте 1920 г. в Семипалатинске из-за отсутствия довольствия и не предоставления квартир разбежался «кучками по деревням» Алтайский полк «в полном вооружении». В конце мая 1920 г. в одном Барнаульском уезде насчитывалось около 1.000 дезертиров, 95 % которых являлись бывшими красными партизанами. В июне 1920 г. количество дезертиров в Славгородском уезде за счёт неявившихся призывников 1901 г. р. выросло на 600 чел. [192] .

В июне 1920 г. были образованы специальные губернские и уездные тройки по борьбе с дезертирством. Их составляли начальник сектора войск ВОХР, уполномоченный окружного комитета по борьбе с дезертирством и уполномоченный губревкома. Тройки одновременно вели борьбу с бандитизмом, «выкачивали» обмундирование и военное снаряжение, а также «вылавливали различные контрреволюционные военные организации». В их составе были и чекисты, обеспечивавшие агентурный поиск отрядов дезертиров. Так, летом 1920 г. членом Алтайской чрезвычайной тройки по борьбе с дезертирством являлся видный чекист М.И. Воевода, в уездные тройки входили начальники уездных чека и политбюро.

Инструкция командования Западно-Сибирского сектора ВОХР предписывала тройкам применение «массовых репрессий в отношении дезертиров, бандитов, укрывателей, пособников и т. п. с целью устрашить их». Тройки имели право производить облавы, изымать из учреждений бывших офицеров и белых военных чиновников. Для обнаружения дезертиров организовывалась сеть тайных агентов. Дезертиры и бандиты, задержанные с оружием в руках, а также наиболее «злостные» из них подлежали расстрелу. В отношении остальных применялись такие меры наказания, как «условный расстрел», отправка в штрафные части, конфискация имущества. Добровольно явившиеся дезертиры от наказания освобождались. Жестокие меры алтайских властей принесли свои плоды: только за вторую половину августа 1920 г. в советские органы добровольно явилось свыше 2.000 дезертиров.

За дезертирами шла настоящая охота, организовывались целые карательные экспедиции. В методах чекисты не стеснялись. В сентябре 1920 г. старший агент Алтайской губчека Брилиантов, командуя отрядом из 10 чел., производившим обыски и порки населения с. Карасёва Барнаульской волости под предлогом розыска дезертиров и контрреволюционеров, «взял себе силой одну гражданку, увезя её в степь, и там… изнасиловал», оставшись безнаказанным [193] .

Борьба с уголовным бандитизмом, частично возложенная на чекистов (в структуре губчека существовали небольшие подразделения по борьбе с бандитизмом), также велась средствами террора. Уголовные банды были многочисленны, хорошо вооружены, нередко обладали осведомителями в милицейской среде, действовали крайне дерзко и жестоко. В 1920–1922 гг. борьба с уголовным бандитизмом не давала должных результатов из-за слабой агентурной работы и недостаточной подготовки чекистов-оперативников. В результате, столкнувшись с настоящим уголовным террором, власти шли на крайние меры: так, с 21 марта по 14 апреля 1922 г. Новониколаевск по решению Сибревкома, согласованному с Москвой, был объявлен на военном положении.

Война с бандитизмом шла на истребление. Губчека постоянно рассматривали дела на уголовников и часто выносили им высшую меру наказания. Так, коллегия Тюменской губчека 31 мая 1920 г. рассмотрела 58 дел на 92 чел., из которых 11 были расстреляны за бандитизм. Нередко жестоко карались и менее опасные преступления. В июне 1920 г. Новониколаевская уездчека расстреляла за спекуляцию мануфактурой и скрытие от учёта двух ящиков сала П.А. Полунина, а в сентябре ею за хранение винтовки и двух револьверов был казнён В.И. Гончаров. Осенью 1920 г. Киренское политбюро Иргубчека организовало военно-полевой суд, приговоривший к расстрелу содержателя винного притона Конышева и участника краж вина с киренского склада Зырянова [194] .

Крайние меры против организованной преступности постепенно приносили результаты: совместными усилиями милиции и чекистов крупные банды и их главари уничтожались, в городах создавалась основательная агентурная сеть. Но в сельской местности, особенно в глухих районах, организованная преступность сохраняла позиции. Бичом крестьянского населения в течение всех 1920-х гг. были конокрадство и скотокрадство; с 1924 г. из-за социальной значимости этих преступлений, разорявших крестьянские хозяйства, ими занималось ОГПУ, На постоянные вспышки обострений бандитизма чекисты реагировали посылкой в поражённые им районы специальных опергрупп и внесудебными репрессиями.

Большое место в жизни чекистов занимала борьба с экономическими преступлениями: спекуляцией, взяточничеством, контрабандой, самогоноварением, подделкой денег. В исторической и краеведческой литературе выигрышные для чекистского имиджа эпизоды борьбы с преступностью освещались неоднократно [195] .

Чекистское мастерство оттачивалось на «контрреволюционных заговорах». Групповые дела на «заговорщиков» позволяли расправляться с большими массами «врагов» и рассчитывать на поощрение начальства. Сочинение дел о заговорах началось немедленно после создания чрезвычаек. Уже в декабре 1919 г. работники Сибчека начали фабрикацию расстрельного дела на офицеров, якобы виновных во взрыве омского моста, который был подорван при отступлении колчаковцев. По ложным обвинениям были арестованы чиновник Е.Д. Панков, прапорщик П.П. Вороний и бьвший начальник главного инженерного склада А.И. Шумских, подъесаул К.И. Грибановский, подпоручик С.Ф. Коршунов. Дело быстро развалилось, но казачьих офицеров чекисты решили не выпускать. Уполномоченный Омской РТЧК констатировал: «…нахожу обвинение… фактически не установленным, но считаю Грибановского и Коршунова в высшей степени подозрительными элементами, как казачьих офицеров, и вредными для Советской власти… ибо такие типы [с] Советским правительством никогда в контакте работать не будут». Постановлением коллегии РТЧК от 26 сентября 1920 г. Грибановский и Коршунов были расстреляны.

В апреле 1920 г. в Тобольске была раскрыта «контрреволюционная организация», состоявшая из офицеров и представителей буржуазии; в августе 1920 г. Тюменская губчека сообщила о расстреле троих «заговорщиков» [196] . В Барнауле весной-летом 1920 г. была сфабрикована так называемая «Алтайская народная организация» (АНО) во главе с агентом губчека бывшим колчаковским офицером Плешивцевым, якобы собиравшаяся взбунтовать гарнизон, истребить коммунистов, а затем свергнуть, подняв крестьянство, советскую власть в Сибири.