Конструкция Браманте по приказу Микеланджело была тут же разобрана. Плотнику, помогавшему построить новые мостки, он подарил оставшиеся от прежних лесов добротные джутовые верёвки. Деньги, вырученные от их продажи, пошли его дочерям на приданое.

Сохранился эскиз (Флоренция, Уффици) разработанной Микеланджело переносной деревянной конструкции ступенчатых мостков, которые не касаются расписанных стен капеллы и по ходу работ с помощью системы блоков передвигались к нужному месту под потолком. Он вновь с блеском применил свои навыки инженера, которые однажды уже были им проявлены во Флоренции при перевозке многотонной скульптуры «Давида» к месту её водружения.

Вскоре случился другой неприятный казус, не делающий чести Микеланджело, когда по его приглашению из Флоренции прибыла команда из пяти помощников: Граначчи, Буджардини, Доннино, Якопо Индако и Аристотель Сангалло. Все они успели к тому времени заявить о себе как состоявшиеся мастера, верные традициям флорентийской школы и имевшие немалый опыт фресковой живописи. Осмотрев капеллу, они дружно приступили к работе, сделав несколько эскизов и наметив сепией на потолке ряд сцен. Для них это было привычное дело, но сопряжённое с неудобством, когда надо было работать лежа или стоя на мостках с высоко задранной головой и вытянутыми вверх руками, которые быстро немели из-за оттока крови.

Увидев их в деле, Микеланджело понял, что ошибся, когда напуганный поначалу грандиозностью поставленного перед ним папой задания обратился к друзьям за помощью. Из-за проявленной слабости он мучился и жестоко себя корил, но было поздно — приглашённые художники уже прибыли и горели желанием работать. Уже по первым их рисункам и мазкам он убедился, что никто из них не в состоянии оказать ему существенную помощь, а постоянно исправлять сделанное ими было выше его сил. Уж лучше нанять в подмогу кого попроще, чем переучивать художников со сложившимся взглядом на искусство. С нанятыми помощниками можно не церемониться — приказал, и дело с концом. А растирать краски и месить раствор способен любой парень с улицы.

С самого начала его оглушила разноголосица шумной компании прибывших художников, каждый из которых был наделён своим характером и темпераментом. Он привык работать в одиночку и не выносил присутствия посторонних лиц, а особенно отвлекающих от дела разговоров. Так было при работе над «Пьета», «Давидом» и картоном «Битвы при Кашине», когда ему приходилось прибегать только к сугубо технической помощи нанятых подсобных рабочих.

Он затосковал, не зная, как поступить. Присутствие в капелле посторонних стало его тяготить и раздражать — уж таков был его неуживчивый характер. Он сознавал, что поступает неучтиво с товарищами, особенно с Граначчи, который прибыл вместе с женой, желая закрепиться в Риме с его помощью. Но ничего не мог с собой поделать — смалодушничал, запер капеллу и отказался встречаться с нежеланными помощниками. Ему не хватило смелости честно и открыто сказать друзьям, что ошибся и в их помощи больше не нуждается. Зная его вздорный нрав, вспыльчивость и не поддающиеся объяснению странности, Граначчи взял на себя улаживание создавшегося двусмысленного положения, когда прибывшие в Рим художники оказались не у дел, а пригласивший их друг прятался от них. Как пишет Вазари, «художники нашли, что шутка чересчур затянулась, и глубоко обиженные вернулись во Флоренцию». Микеланджело не увидел в приехавших в Рим ему на подмогу того душевного порыва, который не покидал его, и впал в уныние, в чём сам признаётся:

Как ни неприятен сам этот факт, он говорит об особом трепетном отношении Микеланджело к творческому процессу, который, по его мнению, не зависит от технических средств. При всей их важности не они являются определяющими для достижения поставленной цели. Он был уверен, что через пару недель вспомнит навыки, обретённые в мастерской Гирландайо, освоит технику фресковой живописи и начнёт самостоятельно разбираться во всех её тонкостях.

Одержимость технической стороной творческого процесса скорее была свойственна Леонардо да Винчи, который рассматривал искусство и науку как равнодействующие орудия познания жизни, причём во главу угла им ставилась наука, которая однажды сыграла с ним злую шутку, а обессмертила его искусство именно живопись, лишённая наукообразных рассуждений. В отличие от Леонардо, который призывал «учиться, дабы подражать», для Микеланджело, как ранее для Джотто и Мазаччо, период ученичества был скоротечен или почти не существовал, и он интуитивно знал, что и как надобно изображать, проявляя удивительное чутьё и глубокие познания в любом деле, за которое брался.

Он остался один в пустой капелле с парой подмастерьев, в обязанность которых входило подносить раствор и растирать краски. Чем больше множились трудности, тем дерзновеннее становились задачи, которые он ставил перед собой. После отъезда обиженных флорентийских друзей он уже осенью приступил непосредственно к фресковой росписи один на один с гигантским потолком. Начался поистине трагический период в жизни Микеланджело, не покидавшего мрачную капеллу и полностью отстранившегося от мира. Во Флоренции распространился даже слух о его смерти, и ему пришлось письменно заверить отца, что он пока жив, хотя, как говорилось в письме, «живу я здесь недовольный собой, не совсем здоровый, переношу большие лишения, без присмотра и без денег, но всё же надеюсь, что Бог мне поможет».

А недавно из письма Буонаррото он узнал, что Джовансимоне, получив отказ выдать ему деньги, ударил отца. Такого он стерпеть не смог и тут же направил брату грозное письмо:

«Джовансимоне, обычно говорят, что если делаешь добро доброму, то он становится ещё добрее, а если делаешь добро злому, он делается ещё злее. Я уже пробовал добрым словом и добрыми делами убедить тебя жить хорошо, в мире с нашим отцом и братьями. Но ты становишься всё сквернее и сквернее… Ты знаешь, что у тебя ничего нет за душой и всё, что ты имеешь, дано мной, так как я полагал, что ты мне брат, как и остальные братья. Но теперь я вижу, что ты негодяй и больше мне не брат…» Он настолько был взволнован полученным известием, что второпях не поставил дату, но, вероятно, письмо было написано в самом начале работ в Сикстине в 1508 году.