Зима в то год выдалась необычно суровая, что создавало дополнительные трудности в работе. В письме отцу от 27 января 1509 года он сообщал: «Я всё ещё не пришёл ни к какому решению и за целый год не получил от папы ни полушки, да я и не требую ничего, поскольку моя работа не подвигается вперёд — считаю, что ещё не заслужил. К тому же это совсем не моё дело, и я напрасно теряю здесь время»…

Осознав свой провал и невозможность двигаться дальше, он направился к папе, чтобы объявить о неудаче и просить освободить его от бесплодного труда. Юлий воспринял его слова спокойно и тут же призвал Сангалло, приказав ему разобраться на месте и устранить проблему. Старый мастер не смел ослушаться, хотя затаил обиду на Микеланджело за проявленную несправедливость к его племяннику Аристотелю Сангалло, который покинул Рим в расстроенных чувствах.

К счастью, беда оказалась поправимой. Травертин, из которого сооружена капелла, весьма чувствителен к влаге. Он же являлся одним из компонентов извести. Как пояснил Сангалло, при приготовлении связующего раствора необходимо, как это делали древние римляне, добавлять в нужной пропорции поццолановые примеси вулканического происхождения, залежи которых находятся под Неаполем. По древней Аппиевой дороге они издревле поставлялись в Рим для строительных целей. Римляне прекрасно знали свойства добавляемых в раствор примесей, благодаря чему их постройки обладали высокой прочностью. Положение было исправлено, но впредь приготовление раствора Микеланджело взял под строгий свой контроль и порой сам покрывал раствором и шлифовал часть потолка или стены для будущей росписи, не доверяя помощникам.

Пришлось сбить всё написанное и заново переписать первые три сцены, загубленные плесенью. К нему вернулась прежняя вера в собственные силы. Вновь нанятые помощники — старых он разогнал за небрежность с раствором — беспрекословно выполняли все его указания и никого не пускали в капеллу, пока он лежал с кистями на верхотуре, весь перепачканный в извёстке и краске. А любопытствующих среди придворных было предостаточно после первой неудачи, слух о которой разнёсся по всему дворцу. Недруги ждали его окончательного провала и в кулуарах Римской курии открыто предвкушали, как Микеланджело покажут от ворот поворот. Такие разговоры доходили до слуха Юлия II, и он решил сам удостовериться в истинном положении дел. Как рассказывают биографы, когда папа появился однажды в капелле, сверху на него будто случайно посыпались доски и пустые вёдра, отбив всякую охоту встречаться с грубияном.

Каждая попытка проникновения посторонних показывала Микеланджело, что надо торопиться, хотя он и не занимался ничем, кроме росписи. Бывали периоды, когда он целыми днями не покидал капеллу, ночуя там наедине со своими думами, и спал на досках не раздеваясь, что давно уже вошло у него в привычку. Помимо тревог, сомнений и накопившейся усталости его постоянно донимали домашние, выжимая из него все соки. Особенно докучали братья, безбожно злоупотреблявшие его великодушием. Каждый месяц приносил ему новые огорчения из-за ссор домашних, и он с тревогой воспринимал каждое появление почтальона, опасаясь очередной неприятности от милых родичей.

Это были годы, полные горечи, а ему приходилось не только испытывать боль за нелады в семье, но и непрестанно трудиться в неприветливой пустой капелле, где летом, лёжа под потолком, он изнемогал от жары и духоты. Дышать на верхотуре было нечем, мучила жажда. Помощники то и дело приносили ему ведро воды и окатывали с ног до головы, чтобы он мог немного освежиться. В такие дни штукатурка быстро просыхала, а это требовало от него особой сноровки и быстроты письма по сырой основе.

От накопившейся усталости его охватывало порой неодолимое чувство отчаяния, и он готов был бросить всё, бежать без оглядки и даже умереть…

Переписывая заново фрески, повреждённые плесенью, он понял, что при осмотре трёх первых сцен снизу фигуры на них слишком малы и не производят нужного впечатления, поэтому необходимо было уменьшить число персонажей, а на остальных фресках по мере продвижения вперёд увеличить их размеры.

Структура первых трёх фресок была настолько сложна, что даже Вазари и Кондиви ошиблись, приняв фреску «Жертвоприношение Ноя после Потопа» за «Жертвоприношение Каина и Авеля». Но биографов можно извинить за недогляд, поскольку к тому времени, когда они взялись за написание своих записок, многие фрески плафона успели изрядно потемнеть от копоти горящих в ходе службы свечей. Копоть и пыль накапливались веками, почти не затрагивая росписи боковых стен, которые можно было почистить, и оседали на потолке, куда невозможно было добраться.

Последуем за автором фресок, начав осмотр росписей плафона в нарушение хронологического порядка. На первой фреске слева изображён работающий с заступом в руках Ной, последний из десяти ветхозаветных пророков. После трудов праведных он зашёл в сарай, где в огромном чане бродило виноградное сусло, и позволил себе выпить с устатку. Перед дремлющим захмелевшим отцом оказались его сыновья. Один из них, Сим, пряча глаза, старается прикрыть наготу спящего родителя, над которой смеётся младший брат Хам, сам нагой. Средний, Яфет, обняв брата, пытается убедить его отойти и не глумиться над спящим отцом.