Протестанты с тревогой наблюдали за рекрутированием швейцарцев, понимая, что эта сила в любую минуту может быть использована против них. Они задавались вопросом, не заключили ли Филипп II и Екатерина Медичи, встречавшиеся в Байонне во время большого путешествия Карла IX по Франции, тайный католический альянс.

Собравшись на совещание в замке Валери (современный департамент Йонна), вожди протестантов решили перейти в наступление. Полагая, что Карл IX попал под дурное влияние матери и двора, они по примеру герцога де Гиза, который в 1562 году превратил и короля, и его мать, и двор в настоящих узников, решили похитить короля.

Планы Колиньи и Конде провалились. Находившийся в Монсо король в сопровождении швейцарцев и коннетабля Монморанси спешно вернулся в Париж. Маленькая армия щвейцарцев сумела предотвратить нападение Конде, стремившегося дать решающее сражение. Две армии шли вместе до самого Буржа. Оттуда Карл IX направился в столицу, где ему ничто не угрожало.

Несмотря на удачно проведенную военную операцию, для юного семнадцатилетнего монарха и Екатерины Медичи возобновление военных действий, инициаторами которых были протестанты, стало провалом политики примирения. В королевстве разгорался мятеж гугенотов. Накануне праздника Святого Михаила в Монтеро, Орлеане и Ниме сторонники реформированной церкви выступили против нотаблей, священников и монахов. В результате погромов погибли восемьдесят человек.

В Сен-Дени начались переговоры. Протестанты, похоже, не имели серьезных претензий к правительству Карла IX, однако их сильно беспокоили расползавшиеся повсюду слухи о честолюбивых планах Гизов, о формировании наемных отрядов швейцарцев, об обещании истреблять еретиков, данном Карлом IX Филиппу II. К требованию помешать распространению слухов протестанты присоединили требование полной свободы отправления культа, созыв Генеральных штатов с целью — как это уже было в 1560 году — уменьшить налоговое бремя и реформировать государственный аппарат.

Сигналом к возобновлению военных действий стали осада Парижа и сражение при Сен-Дени, состоявшееся 10 ноября 1567 года. В этом сражении погиб старый коннетабль Монморанси. Командование королевскими армиями было передано герцогу Анжуйскому, юному брату Карла IX и будущему королю Генриху III. Опекать неопытного полководца было поручено испытанным воинам, таким как герцог Немурский, герцог Монпансье и маршал де Косее.

23 марта 1568 года в Лонжюмо был подписан мир, но это оказалось лишь временное затишье. Екатерина обвинила канцлера Мишеля де Лопиталя в излишне мягком обхождении с гугенотами. 24 марта 1568 года у канцлера отобрали печати и предложили ему удалиться к себе в поместье, расположенное вдали от Парижа. Час примирения, символом которого являлся Лопиталь, миновал. Екатерина Медичи сменила политику и ясно дала поняты теперь она берет в союзники исключительно католическую партию.

В провинциях, расположенных в центре и на западе Франции, в окрестностях Ла-Рошели, куда прибыли Жанна д'Альбре со своим сыном (будущим королем Генрихом IV), конфликт разгорелся вновь. Наставник герцога Анжуйского, маршал де Таванн, королевский наместник и главнокомандующий королевских армий дал протестантам сражение неподалеку от Жарнака. 13 марта 1569 года Конде был ранен, взят в плен, и Монтескью, капитан гвардии герцога Анжуйского, добил его. Другие вожди протестантов также были предательски убиты. И все поняли, что в этой войне, в отличие от войны 1562 года, принципы уступили место разгулу насилия.

Жестокие бои разгорелись при осаде Пуатье, где отличился молодой герцог Генрих Гиз, прославившийся также в битвах при Монконтуре, Ниоре и Сен-Жан-д'Ажели. Военные действия завершились восстановлением порядка, о чем 8 августа 1570 года в Сен-Жермене был издан соответствующий эдикт. В нем повторялся ряд положений Амбуазского эдикта, признавалось право на свободу совести и отправления культа во всех тех местах, где дозволялось и до войны, то есть в предместьях двух городов в каждой провинции и в жилищах сеньоров с правом высшего суда. Появлялись также дополнительные гарантии: протестантам передавалось четыре укрепленных города: Ла-Рошель, Монтобан, Ла-Шарите и Коньяк, куда они могли отвести свои войска.

После войны Екатерина Медичи и Карл IX продолжили свою миротворческую политику, символами которой стали два примечательных решения: включение в состав королевского совета адмирала Колиньи, ставшего главнокомандующим протестантских армий, и брак Генриха Наваррского, наследника старшей ветви Бурбонов, сына Антуана и Жанны д'Альбре, со старшей сестрой короля Маргаритой Валуа (королевой Марго), дочерью Генриха II и Екатерины Медичи. Как известно, последствием этой свадьбы, на которую в Париж прибыл весь цвет дворян-протестантов, стала резня, устроенная в ночь святого Варфоломея.

Мы не станем пересказывать эти печально известные события: о них написано множество работ и сделано немало докладов и сообщений. В последние годы события Варфоломеевской ночи часто являлись предметом полемики во время научных дискуссий. Мы только перечислим темы, вызывающие особенно острые споры, а также приведем диаметрально противоположные мнения историков.

Покушение на Колиньи, случившееся 22 августа 1572 года, стало своеобразным детонатором будущего взрыва. Никто не сомневался, что это покушение дело рук Гизов, ибо все члены клана были убеждены, что именно Колиньи приказал убить Франсуа де Гиза, а смерть его, разумеется, требовала отмщения. Но какая роль в этом покушении была отведена Екатерине Медичи и Карлу IX? Неужели папа и Филипп II сумели оказать давление на французскую монархию?