Следующий после покушения день вызывает сплошные недоумения, и дела его, поистине, являются тайной. Какое решение принял королевский совет? Какие вопросы обсуждались на этом совете? Как велика была степень свободы, которой располагал молодой Карл IX по отношению к главам протестантской и католической партий, по отношению к папе, к королю Испании, к королевскому семейству, и в частности, к собственной матери, к общественному мнению?

Резня, начавшаяся в ночь с 23 на 24 августа, практически не поддается пониманию. Была ли она организована властью, или же, действительно, явилась стихийным выступлением населения Парижа, измученного нестерпимой жарой и враждебно настроенного к протестантам? А может, это был мятеж недовольных экономической, налоговой и религиозной политикой короля?

В 1972 году историк Анри Дюбьеф пессимистически сообщил, что источники, бывшие в распоряжении исследователей, недостойны доверия, лживы или же сфабрикованы после того, как событие свершилось, а потому узнать истину практически невозможно. Он подчеркивал, что авторы всех источников стремились защитить тот или иной тезис и сообщали только то, что было необходимо для защиты именно данного тезиса.

В 1992 году Марк Венар, настроенный более оптимистично, опубликовал статью, основанную на донесениях, написанных по горячим следам событий агентами дипломатических служб, прекрасно осведомленных о проблемах французского королевства той эпохи, а потому, на взгляд исследователя, заслуживающих доверия. Агенты полагали, что Екатерина Медичи и члены королевского совета несомненно разделяли ответственность за покушение на Колиньи, а провал покушения ускорил принятие решения, ибо угрозы со стороны протестантов становились все более ощутимыми. Похоже, король тоже был уверен в необходимости подавления гугенотского движения, однако принять меры предполагал только против нескольких десятков лиц, возглавлявших партию гугенотов: их должны были выслать за пределы королевства. Для такого шага необходимо было привлечь на свою сторону городской муниципалитет и парижскую милицию. Но парижане поняли королевское желание по-иному, а Карл не сумел остановить вспыхнувшую резню.

В своей статье Марк Венар также попытался утихомирить страсти, разбушевавшиеся в связи с полемическими публикациями Жана Луи Буржона, подвергшегося яростным нападкам большинства историков, когда-либо писавших о Религиозных войнах.

В 1968 году Жанин Гаррисон опубликовала работу под названием «Набат призывает к резне», где, подвергнув антропологическому анализу поведение разъяренной толпы, подчеркнула решающую роль плебейских масс столицы в организации резни, беспорядков и насилиях. Автор высказала предположение, что Екатерина Медичи хотела ослабить влияние Колиньи на Карла IX и, зная, что герцог Гиз хочет отомстить за отца, подталкивала его к убийству адмирала. Автор показала, что Варфоломеевская ночь была устроена не только в Париже, но и во многих провинциальных городах, таких как Орлеан, Мо, Труа, Бурж, Сомюр, Руан, Ла-Шарите, Лион, Бордо, Тулуза, Гайак.

Выводы Жана Луи Буржона основаны на работе историка Н. М. Сютерланд, выступившей с опровержением всей историографии Варфоломеевской ночи. По ее мнению, инициатором Варфоломеевской ночи был Филипп II, величайший организатор, обладавший поистине макиавеллиевской хитростью; устроив резню в Париже, Филипп II избавил Нидерланды от французской интервенции и нанес удар Франции, от которого та не могла оправиться целых полвека. Карла IX исследовательница считает несчастным молодым человеком, ни к чему не пригодным и не сумевшим подняться до уровня тех событий, которые история уготовила его правлению.

Совершенно иной портрет Карла дает историк Дени Крузе в работе «Ночь святого Варфоломея: утраченная мечта о возрождении». Для него Карл IX — это молодой человек, воспитанный в духе своего времени, исповедующий философию неоплатоников, верящий в космическую гармонию, добродетель и согласие. Опираясь на анализ придворных празднеств, тексты Ронсара, Франческо Патрици, Луи Леруа и картины Антуана Карона, автор предлагает новую систему интерпретации событий, дающую ключи к пониманию политики Карла IX и его матери. Суверен и его мать привязали «королевскую власть к мечте постепенно привести французское общество к всеобщей гармонии». Военные действия, возобновленные протестантами в 1567 году, нанесли политике, направленной на достижение гармонии, серьезный удар.

После неудачного покушения на Колиньи, вызвавшего угрозы со стороны дворян-протестантов, в воздухе вновь запахло гражданской войной: политика примирения очевидно провалилась. Желая избежать катастрофы, власть решила устранить или изгнать несколько десятков главарей партии гугенотов. Формулируя свою позицию, Дени Крузе высказывается красиво, но провокационно: он говорит о «преступлении во имя любви». Подобная интерпретация, без сомнения, породила острую полемическую дискуссию.

В заключение следует напомнить, что ночь святого Варфоломея нанесла неисцелимую травму не только протестантам, но и католикам, королю и политическим деятелям, стоявшим у руля власти. Кровь безвинных мучеников, погибших как в Париже, так и в провинциях, растеклась широкой рекой, ставшей роковым рубежом, разделившим долгий период гражданских войн на две части. После Варфоломеевской ночи ситуация в стране коренным образом изменилась. Позднее протестант, гуманист и писатель Дюплесси-Морнэ скажет: «После дня святого Варфоломея государственное здание пошло трещинами и зашаталось».

В действительности монархическое государство уже давно было ослаблено. Первым, кто начал расшатывать его фундамент, стал Генрих II, не внявший чаяниям протестантов и ставший на сторону католиков. Генрих II не понял, что роль короля предполагает одновременно роль арбитра, находящегося посредине противоречивых тенденций, готовых разодрать страну на части и тем самым уничтожить ее. Продолжившие его политику Франциск II и Гизы стали причиной первых межконфессиональных столкновений, породивших гражданскую войну.

После Первой религиозной войны Карл IX и Екатерина Медичи с трудом восстановили единство королевства. Но обновленная структура была крайне хрупкой, ибо население Франции по-прежнему было расколото на два лагеря, о чем свидетельствуют массовые убийства и мятежи, характерные для жарких лет, предшествующих Варфоломеевской ночи. Период с 1560 по 1572 год, для которого характерны беспрестанные стихийные беспорядки, стал черной годиной гражданской войны, затронувшей как крупные города, так и поселки и деревни. Гражданская война проникла буквально во все уголки Франции, и власти были не в силах справиться с ней.