Оплотом независимости Италии в XVII в. по-прежнему оставалась только Венеция, которая приобрела славу центра политического и светского свободомыслия, особенно после конфликта с Ватиканом в 1604–1607 гг. Он получил также название «войны перьев», поскольку важнейшую роль в ней играла пропаганда, имевшая широкий общественный резонанс. Со стороны венецианцев пропагандистскую кампанию возглавил монах ордена сервитов Паоло Сарпи (1552–1623), отстаивавший верховную юрисдикцию светской власти над духовенством и его имуществом (которое в Венеции составляло половину всей недвижимости). В 1606 г. папа Павел V наложил на республику интердикт, но венецианские власти призвали свой клир не соблюдать его. Сарпи был подвергнут анафеме (позднее, в октябре 1607 г. он получил тяжелое ранение в результате покушения). Иезуиты и другие монахи, подчинившиеся велению папы, были изгнаны из города. В апреле 1607 г. благодаря посредничеству французского кардинала Жуайёза стороны достигли компромиссного соглашения. В самой Венеции существовали две партии, одна из которых (giovani), профранцузская, выступала против светских полномочий папы и против его союзников, испанских и австрийских Габсбургов; другая партия (vecchi) была прокатолической. Внешняя политика Республики святого Марка вращалась вокруг этих двух полюсов, но ее существенно корректировало противостояние с Турцией, сближавшее венецианцев с римско-габсбургским лагерем. Одной из важнейших задач являлась защита приморских владений и торговли от пиратов: в 1613–1620 гг. разворачивается борьба с хорватскими ускоками, при поддержке австрийцев грабившими как христиан, так и турок. Параллельно обостряется конфликт с Испанией, которой Светлейшая республика противостоит в ходе войны в Вальтеллине (1620–1626) и войны за Мантуанское наследство. Здесь она терпит тяжелые поражения, к которым присоединяются неурожай и чума 1630–1632 гг. Роль Венеции в европейских делах становится все менее значительной, и на фоне Тридцатилетней войны европейские державы все менее считаются с ее интересами. Республика сосредоточивает свои усилия на восточном направлении, перестраивая военный флот: наряду с галерами, составляющими Малую армаду, организуется Большая армада из многопушечных парусных судов, сначала арендуемых в Голландии и Англии, затем собственных. Они успешно действуют в 1638 г. при отражении массированного набега тунисских и алжирских пиратов. В 1644 г. мальтийские рыцари, захватив богатую добычу, в том числе невольниц, предназначенных для султанского гарема, находят приют на принадлежащем Венеции Крите; в отместку турки нападают на Крит, и несмотря на ряд успехов венецианского оружия, к 1669 г. завладевают островом (падение Кандии). Последние плацдармы венецианцев на Крите были утрачены, однако, лишь в 1718 г. вместе с другими владениями в Греции.

В 1684 г., уже после обороны Вены, Венеция вступает в Священную лигу против турок и под руководством престарелого полководца Франческо Морозини (дож с 1688 г.) отвоевывает Пелопоннес. В 1698 г. город посещает один из союзников, русский царь Петр I. Карловицкий мир 1699 г. закрепил за Венецией греческие владения, хотя и ненадолго.

Политическое ослабление Республики святого Марка сопровождалось экономическим; ее роль в посреднической торговле снизилась, а собственное производство сохраняло некоторую конкурентоспособность лишь в сфере предметов искусства и роскоши, а также в сельском хозяйстве, где одной из ведущих культур стала кукуруза. Венеция в XVI в. оставалась главным итальянским центром книгопечатания, для которого не обязательно было оглядываться на Индекс запрещенных книг. Венеция по-прежнему притягивает к себе людей науки (Галилей демонстрирует здесь свой телескоп) и искусства (здесь работает Монтеверди). Республика становится одним из рассадников оперного искусства. Крупнейшим архитектором венецианского барокко был Бальдассаре Лонгена (1598–1682), автор церкви Санта-Мария-делла-Салюте, воздвигнутой в 1631–1687 гг. в память о прекращении мора.

К концу XVI в. в Священной Римской империи обозначились симптомы опасного кризиса, вылившегося спустя десятилетия в самую длительную войну в немецкой истории. Ресурсы стабильности и компромисса, заложенные в статьях Аугсбургского мира 1555 г., оказались исчерпаны, доверие на вершинах сословной пирамиды пошатнулось, был дан толчок к распаду важнейших имперских институтов. Главный разрушительный фактор историки видят в процессах конфессионализации общества, запущенных религиозным расколом первой половины XVI в. Под конфессионализацией понимают «врастание» новых вероисповеданий в общественную толщу, новое воцерковление светских сословий, отдельного человека, превращение духовных установок в руководство для повседневной жизни и общественного быта. Религиозное размежевание невозможно было остановить Аугсбургскими трактатами, церковная жизнь как в католической, так и в протестантских частях Германии шла своим чередом, внутри имперского организма складывались самостоятельные религиозно-культурные анклавы, и узы общности затрещали под напором центробежных сил.

Земли Империи до начала XVII в. переживали демографический рост: Германия оставалась одной из самых густонаселенных стран Европы, в ней проживало на 1618 г. по разным подсчетам до 20 млн человек. Аграрный сектор производства оставался определяющим и, несмотря на ухудшавшиеся с 70-х годов XVI в. климатические условия, для большинства регионов был характерен устойчивый прирост зерновой продукции. Сбои в аграрном секторе, имевшие место в разных регионах, все еще не складывались в тенденцию, и их нельзя выставить причиной глобальных потрясений. Промышленное развитие сильно различалось по областям, в нем наметились важные сдвиги, связанные с утратой лидирующих позиций южнонемецкой группой городов во главе с Аугсбургом: старые текстильные и финансовые центры достигли предела своих возможностей. Но одновременно наблюдалось смещение торгово-хозяйственного потенциала в другие крупные города. Так к концу XVI в. возвысился Франкфурт-на-Майне, а на Севере в ганзейском регионе динамично развивались Гамбург и Бремен, переориентировавшиеся на транзитную торговлю заокеанскими товарами, английской шерстью и сахаром. Даже банковское дело переживало скорее стадию реструктуризации, нежели упадка: на смену захиревшим и распавшимся в век Реформации домам Фуггеров и Вельзеров пришли новые мощные лидеры во Франкфурте, ганзейских городах, как например, в том же Гамбурге, где в 1621 г. был открыт первый в Германии публичный банк, в Лейпциге, Нюрнберге и других городах. Горнорудные прииски и мануфактуры Саксонии, Тироля, горных районов Швабии и Баварии по-прежнему, несмотря на симптомы стагнации, обогащали казну местных княжеских домов и по уровню добычи олова и серебра занимали ведущее место в Европе. Имперские земли не превратились в отсталый регион Европы, так что нельзя считать, что Тридцатилетней войне предшествовал глубокий экономический упадок.

Культурное развитие также едва ли поддается однозначной оценке. Во второй половине XVI в. бурный расцвет искусств, наметившийся ранее в канун и в годы Реформации, сменился, на первый взгляд, некоторым застоем. Но это была лишь передышка, связанная с формированием новых социокультурных моделей, заданных конфессионализацией. Религиозный раскол содействовал необычайному росту учебных заведений всех уровней, начиная от начальных приходских школ на селе и заканчивая латинскими гимназиями в городах и университетами (с 1500 по 1700 г. в землях империи было открыто более 20 новых университетов). По числу высших школ Германия решительно опережала соседние европейские страны. В католических землях большой популярностью пользовались иезуитские коллегиумы, университеты в Диллингене и Ингольштадте, в лютеранской Германии значимыми оставались «альма матрес» Саксонии (Виттенберг, Лейпциг), Ростока, Альтдорфа и Страсбурга. Кальвинисты могли похвастаться основанной в 1584 г. академией в городе Херборн, во владениях нассауских графов. Немецкая литература обогатилась плодами духовной дидактики и полемики, а жанр «летучих листков» и «газет» пользовался огромным спросом на рубеже XVI–XVII вв. В сфере изобразительного искусства жесткие требования религиозной ортодоксии сталкивались с желанием не отставать от общеевропейской моды. Следствием становились парадоксальные и тесные культурные контакты протестантских земель с католическим Югом, с Италией и наследственными землями Габсбургов. Центрами распространения зарождающегося барокко выступали княжеские резиденции, главным образом саксонских Веттинов, баварских и пфальцских Виттельсбахов и Габсбургов. Пражский двор императора Рудольфа II стал в начале XVII в. прибежищем выдающихся мастеров искусств Северной Европы и законодателем культурной моды. Творчество выдающихся художников Ханса фон Аахена, Бартоломеуса Спрангера, Джованни Арчимбольдо превращало главную резиденцию Империи в средоточие культурной жизни Центральной Европы. Начавшаяся Тридцатилетняя война во многом заглушила новый культурный подъем.

К концу XVI в. все отчетливей стали проступать черты опасного кризиса, охватившего с годами всю имперскую организацию. Развивался он поэтапно, выводя из строя важнейшие учреждения власти и ослабляя возможности согласия на почве Аугсбургских договоренностей. Евангелические и реформатские сословия с 80-х годов XVI в. все решительней требовали полной свободы вероисповедания на территории католических церковных и светских владений, отмены «духовной оговорки», позволявшей Католической церкви сохранять ее общины при смене властей, а кальвинисты ко всему прочему — и уравнивания в правах с лютеранами и католиками. Католики, в свою очередь, обвиняли протестантов в грубом нарушении Аугсбургских соглашений, в насильственной секуляризации церковных земель, бывших на 1552 г. в собственности Старой церкви, и требовали их немедленного возвращения. Под ударом оказалось согласие на уровне правительственных институтов. С 1588 г. фактически прекратил свою деятельность имперский камеральный суд, его функции были переданы рейхстагу, но там невозможно было достичь согласия, поскольку протестанты выдвигали непременным условием компромисса полную отмену «духовной оговорки», а католики требовали возвращения отнятого у Церкви имущества, прежде всего четырех монастырей в Южной Германии, секуляризованных протестантскими властями в конце века. Кроме того, в 1607 г. император Рудольф II санкционировал вмешательство баварского герцога Максимилиана в дела имперского города Донауверта, хотя по закону ими должен был заниматься лютеранский герцог Вюртемберга как глава Швабского судебного округа. В таких условиях новый рейхстаг, собравшийся в Регенсбурге, стал ареной яростной полемики религиозных партий и был распущен. Так распался последний общеимперский форум, где на законных основаниях можно было бы вести диалог между сословиями. Немедленно вслед за тем были созданы альтернативные, т. е. не предусмотренные имперским законом, объединения протестантов и католиков: в мае 1608 г. Евангелическая уния, включавшая Пфальц и его союзников на Юго-Западе, а в 1609 г. Католическая лига во главе с герцогом Баварии. Оба блока, обладавшие собственными вооруженными силами, стремились обрести поддержку за рубежом, ища союзников: Уния — в Англии и Нидерландах, а Лига — в Испании и Риме. Границы Империи оказались взломаны, ее внутренние дела отныне стали достоянием большой европейской политики.

Ко всему добавлялась явная слабость верховной власти: император Рудольф II в отличие от отца и деда был не готов вести диалог с протестантами, чувствовал себя защитником католического дела и, подверженный мистике и оккультным наукам, отдал управление делами многочисленным фаворитам из своего окружения в Праге. Неудачи в войне с Турцией, ссора с лидерами венгерского дворянства и непомерное честолюбие раскололи единство Габсбургской семьи: против Рудольфа выступил его младший брат эрцгерцог Матфей (Матвей, Маттиас), отнявший у него сперва корону Венгрии в 1608 г., а затем в 1610 г. и Чехии (так называемая «распря братьев»). Дождавшись кончины Рудольфа, Матфей в 1612 г. без помех взошел на престол Империи, но, как и старший брат, не имея законного потомства, вынужден был озаботиться скорейшим решением династического вопроса, будоражившего всех Габсбургов, в том числе и испанскую родню императора: Мадрид, предвидя угасание немецкой ветви, был не прочь получить в недалеком будущем и корону Империи. Спасая интересы австрийского дома, Матфей открыл дорогу к престолу своему двоюродному брату эрцгерцогу Фердинанду Штирийскому, главе младшей штирийской ветви Габсбургов (1578–1637). Фердинанд последовательно короновался в 1617 г. чешской, а в 1618 г. — венгерской короной.

И Рудольф, и его противники, желая получить поддержку наследственных земель, щедро раздавали привилегии и поощряли автономию местных сословий, что ярче всего проявилось в даровании чешским подданным в 1609 г. «грамоты его величества» (Majestatsbrief — императорской привилегии), своего рода свода гарантий в том числе и в религиозном вопросе для протестантов Богемии.

Наконец, немалую роль в обострение ситуации внесла смена поколений княжеской элиты. Новые лидеры, такие как эрцгерцог Фердинанд Штирийский, уже упомянутый герцог Баварии Максимилиан (1598–1651) или молодой властитель Пфальца кальвинист Фридрих V (1610–1632) были воспитаны в строгих религиозных традициях своих конфессий и не желали идти на уступки иноверцам-еретикам. Никто не хотел разрушения имперского единства, но все мечтали об уступках в пользу своих партий и вероисповеданий.