С другой стороны, провозглашение независимости Белоруссии мешало проводить немецким властям свою оккупационную политику на занятой территории. Поэтому с военной прямолинейностью немецкие власти разогнали Раду БНР и правительство (Народный Секретариат), но членов их не арестовали. В начале апреля правительство БНР начало создавать вооруженные силы республики. Специальным комиссаром по военным делам был назначен К.Б. Езовитов. Все это вызывало недовольство оккупационных властей, которые запретили деятельность Народного Секретариата. Германский канцлер Г. Гертлинг заявил, что Белоруссия — это «часть Советской России».

В оппозиции к властям БНР оставалась другая группировка национального движения — Менское Белорусское представительство, созданное 25 февраля 1918 года. Это было политическое объединение белорусских партий и групп либеральной и правосоциалистической ориентации. В него входили представители Белорусской народной партии социалистов, партии социалистов-автономистов, Белорусской христианской демократии, Белорусского православного объединения, Белорусского союза земельных собственников и другие. Эти силы противостояли БСГ — основной партии в Раде БНР и ее правительстве.

Менское Белорусское представительство (МБП) в своем программном заявлении отметило, что оно «представляет интересы белорусского народа и является политическим центром», который защищает культуру и самобытность белорусского народа. В политическом плане МБП выступало за создание единого национального центра, за союз с Германией и сохранение крупного землевладения как гарантию обеспечения населения сельскохозяйственной продукцией.

В условиях преследований со стороны немецких властей Рада и Народный Секретариат пошли на объединение с МБП. 12 апреля в состав Рады БНР были кооптированы члены Исполкома МБП, в том числе Павел Алексюк, Роман Скирмунт и Александр Власов. Используя ситуацию, эта группировка инициировала в Раде БНР отправку 25 апреля телеграммы от имени Рады германскому императору Вильгельму II с благодарностью за «освобождение Белоруссии» (подразумевалось — от большевиков) и с просьбой оказать помощь в укреплении Белорусского государства в союзе с Германией. Увы, Германия так и не признала независимость Белоруссии. Но этот акт вызвал раскол в Раде БНР и в партии Белорусская социалистическая громада. Многие члены БСГ восприняли эту телеграмму как измену белорусской демократии.

В начале мая 1918 года из правительства и Рады ушли видные деятели социалистов. Ушел в отставку и премьер Язэп Воронко. В результате правоцентристы получили в Раде большинство и сформировали новое правительство во главе с Романом Скирмунтом. Новый правительственный кризис произошел в июне. Но в этот раз его удалось преодолеть путем соглашения между правыми и левыми. Коалиционное правительство возглавил Иван Середа. Председателем Рады БНР был избран Язэп Лёсик.

Что касается БСГ, то она раскололась бесповоротно. На ее основе возникли три социалистические партии: Белорусская партия социалистов-революционеров (эсэры, БПС-Р), Белорусская социал-демократическая партия (БСДП) и Белорусская партия социалистов-федералистов (БПС-Ф).

Все эти изменения в политическом спектре Белоруссии отразились и на взаимоотношениях между белорусским руководством и оккупационными властями. Берлин, Вена и Москва по-прежнему официально не признавали БНР. Но в самой Белоруссии удалось достичь взаимопонимания с немецкими военными властями. Не надеясь своими силами поддерживать порядок в стране, немецкие власти пошли на уступки.

Командующий Х-й немецкой армией генерал от инфантерии Эрих фон Фалькенгайн уже 27 марта разрешил Раде БНР организовать свой аппарат на местах. 20 апреля Рада разослала по губерниям, уездам, городам, волостям и деревням постановление о создании выборных органов (рад) и осуществлении ими функций власти. С 21 июня армейское командование дало согласие на включение в состав немецких уездных комендатур белорусских советников, назначенных правительством БНР. В компетенцию Народного Секретариата немецкие военные власти передали вопросы торговли, промышленности, снабжения населения, социального обеспечения, просвещения, культуры, дела по устройству беженцев. Правительство БНР в июне 1918 года объявило недействительными на территории республики декреты и постановления Совнаркома РСФСР.

Но немецкие власти не согласились на создание белорусской армии. На то были две причины. Во-первых, они опасались появления неконтролируемой ими вооруженной силы. Во-вторых, были связаны условиями Брестского мирного договора, запрещавшими создавать вооруженные силы на территории, формально признанной немецкой стороной за Россией.

Значительных успехов добилась БНР на международной арене. Хотя Германия и Россия официально не признали БНР, но ряд стран ее признал и установил с нею дипломатические отношения. Независимость Белоруссии признали Литва, Латвия, Эстония, Финляндия, Украинская Народная Республика, Чехословакия, Армения, Грузия, позже — Австрия. Консульские представительства БНР были открыты в Германии, Дании и, Турции. В Москве при правительстве РСФСР было открыто генеральное консульство БНР, которым руководил известный политический деятель Александр Бурбис. Консульства БНР появились также в Ростове-на-Дону, Ставрополе, Киеве, Одессе и Вильне.

Правительство РСФСР вступило в дипломатические контакты с правительством БНР с той целью, чтобы влиять на политическую ситуацию в стране в случае ухода немецких войск. Со своей стороны, правительство БНР тоже пыталось договориться с Москвой, надеясь на возвращение Белоруссии ее восточных территорий и признание независимости. Антон Луцкевич, лидер белорусских социал-демократов, во главе делегации в сентябре — октябре 1918 года ездил в Киев, где вел переговоры с дипломатическим представителем РСФСР в Киеве Христианом Раковским. А в начале ноября, когда в Германии уже началась революция, Луцкевич, ставший уже премьер-министром БНР, по приглашению Совнаркома ездил на переговоры в Москву.