Подавляющее большинство Томского комитета социал-демократической партии — на позиции меньшевиков. Меньшевики твердят, что время забастовок и вооруженных выступлений прошло, надо думать только о лучшем использовании «дарованных» свобод. Меньшевики выдвигают основной задачей для данного момента — проведение «демократических» выборов в Городскую думу. Киров, отстаивающий ленинские позиции, — необходимость подготовки к вооруженному восстанию, — в Томском комитете остался почти в одиночестве.

20 октября, всего через три дня после опубликования «всемилостивейшего» манифеста, черная сотня с крупными купцами во главе, под руководством губернатора, с благословения архиерея, учиняет в Томске зверский погром: черносотенцы поджигают дом Управления железной дороги, где укрылись участники происходившего по соседству митинга. Около 300 человек сожжено, убито и изувечено. Жертв было бы еще больше, если бы боевая дружина во главе с Кировым не организовала вооруженный отпор черносотенным бандитам.

По требованию большевистски настроенных рабочих социал-демократический комитет шире развертывает организацию дружин. Черносотенцы и полиция трусливо поджимают хвосты и не отваживаются на новое выступление.

Декабрьское вооруженное восстание в Москве — высшая точка развития революции 1905 года. Героические рабочие дружины, слабо вооруженные и немногочисленные, но крепко поддерживаемые всем рабочим населением Красной Пресни и других рабочих окраин Москвы, в течение ряда дней держат в страхе царское правительство.

Но декабрьское восстание сломлено, реакция поднимает голову. По всей стране — аресты, разгром революционных организаций. По Сибирской магистрали, находившейся до того фактически в руках рабочих, движутся во главе карательных экспедиций царские генералы. Побитые японцами, они теперь показывают свою «воинскую доблесть», вешая и расстреливая безоружных рабочих. В Томске — также массовые аресты. Арестуют и Кирова накануне предполагавшегося его отъезда в Москву, куда организация направляла его за оборудованием для подпольной типографии. На квартире у Кирова жандармы нашли нелегальную литературу. Это было в январе 1906 года. Через несколько месяцев Киров добивается при содействии Томского комитета освобождения до суда под денежный залог.

Киров выходит из тюрьмы и снова немедленно принимается за революционную работу. По поручению комитета он вместе с другими товарищами организует большую нелегальную типографию. Под домом на Аполлинариевской улице, на окраине Томска, роют подвал, вход остроумно маскируют ящиком с землей, который передвигается на роликах. Работать исключительно трудно, — пришлось вынуть свыше 300 кубометров земли, по ночам вытаскивать землю на двор и тщательно ее разравнивать, чтобы не возбудить подозрения соседей. Непривычные к такой работе, товарищи стерли руки до крови, но работы ни на один день не прекращали.

Задание было выполнено в короткий срок (около полутора месяцев). Типографию уже готовились пустить в работу, как в дом, где помещалась типография, нагрянули жандармы. Великолепно замаскированной типографии они не обнаружили, но «ремонтных рабочих», в том числе и «уржумского мещанина Сергея Миронова Кострикова», арестовали. Это было в середине июля 1906 года. При аресте никаких доказательств «преступной деятельности» обнаружено не было, дело о нелегальной типографии жандармам создать не удалось. Товарищей Сергея Мироновича скоро освободили, а его после семимесячного заключения судили по старому «делу». Жандармерия сводила счеты с пролетарским революционером. 27 (14) февраля Киров был приговорен судом после уменьшения срока по несовершеннолетию (ему еще не было 21 года) на 1 год 4 месяца заключения в крепости. Победа реакции чувствовалась и в тюрьме. Тюремщики показывали свой нрав. Издан был закон, по которому телесные наказания вводились в тюрьмах даже для политических заключенных.

Киров готовится к побегу, но побег не удается. Два года (считая предварительное заключение) Киров проводит в томской тюрьме. Часты острые столкновения с тюремщиками. При малейших попытках протеста в тюрьму вводят солдат, начинается стрельба по окнам камер. Нередко среди заключенных оказываются раненые, а иногда и убитые. По ночам Кирову слышны прощальные крики смертников, которых уводят на казнь. Но Киров крепко держит себя в руках. Он готовится к будущей борьбе, не теряя даром ни одного дня. Он много читает, упорно, настойчиво работает над собой, помогает учиться товарищам по заключению, успешно ведет и в тюрьме борьбу с меньшевиками и эсерами.

Летом, 29 (16) июля, 1908 года заканчивается срок тюремного заключения Кирова. Он переезжает в Иркутск, так как в Томске его знает буквально каждый шпик и городовой. В Иркутске Сергей Миронович налаживает старые связи с рабочими, понемногу восстанавливает разгромленную организацию. Однако оставаться долго в Иркутске Кирову не пришлось: та самая, организованная Кировым, типография (в Томске на Аполлинариевской улице), которую, несмотря на все старания, не могли обнаружить жандармы в июле 1906 года, через три года — 7 апреля 1909 года — провалилась (в прямом, а не в переносном смысле этого слова). Когда начали раскапывать место происшедшего обвала, нашли типографское оборудование. Таким образом, жандармы все-таки нашли типографию, которую Киров устроил в Томске, и теперь изо всех сил разыскивали ее организатора, чтобы учинить над ним жестокую расправу.