Из двенадцати 88-мм орудий два установили по передним углам верхнего командного мостика. Сектор ведения огня каждого орудия составлял 143°. При высоте осей стволов орудий над палубой 0,9 м высота осей стволов орудий над ватерлинией при нормальном водоизмещении составляла 12,5 м.

Остальные десять 88-мм орудий разместили равномерно парами на надстроечной палубе (спардеке) по ПрБ и ЛБ. Два в кормовой части, по два на 29, 40, 51 и 67 шп. Равномерное расположение орудий позволяло вести погонный и ретирадный огонь четырьмя, бортовой шестью, а до 25° в носовых и 18° в кормовых углах семью орудиями.

Сектора ведения огня каждой такой пары орудий по ПрБ и ЛБ были различными и составляли от 126° до 140°, высота осей орудий над ватерлинией при нормальном водоизмещении у кораблей постройки разных верфей 8,8-9,0 м.

88-мм унитарные патроны подавали из погребов на поддонах с помощью электромоторов или вручную. Требуемая скорость подачи составляла 6 поддонов в минуту.

Малокалиберную артиллерию из двенадцати 37-мм скорострельных револьверных пушек дополняли восемь 8-мм пулемётов.

Из двенадцати 37-мм пушек по две по ПрБ и ЛБ установили на боевых марсах фок- и грот- мачты (сектор ведения огня 118°, высота оси стволов пушек над ватерлинией 19,1 м), по две на передних верхнем (сектор 155°, высота 14,5 м) и нижнем (сектор 140°, высота 10,2 м) командных мостиках, на задней боевой рубке (сектор 150°, высота 12,5 м) и надстроечной палубе на 42-м шп. (сектор 120°, высота 9,0 м).

37-мм пушки стреляли унитарными патронами весом 0,67 кг на дальность 3800 м (21 каб.). Снаряд весил 0,45 кг. В гильзе помещалось 44 г трубчатого пороха марки С/97. Общий боекомплект включал 18000 унитарных патронов или по 1500 на ствол. 37-мм пушки демонтировали во время модернизации 1907-10 гг. на всех броненосцах, кроме «Кайзера Карла дер Гроссе», который модернизацию не проходил.

Из восьми 8-мм пулемётов с боекомплектом 10000 патронов на ствол по два установили на боевых марсах фок- и грот-мачты, два на верхнем командном мостике и два в переносных цапфах (на съёмных тумбах) на надстроечной палубе.

Торпедное вооружение броненосцев типа «Кайзер» состояло из шести 450-мм ТА: одного надводного кормового, четырёх подводных одиночных бортовых и одного подводного носового с общим боекомплектом в мирное время 12, а в военное 16 торпед. Все торпедные аппараты, кроме кормового, были неподвижны.

Из них один подводный носовой ТА расположили в ХП-м основном отсеке на палубной платформе ниже и позади острия тарана на 81-92 шп. на 5,7 м ниже ватерлинии.

Четыре подводных одиночных бортовых ТА установили попарно по ПрБ и ЛБ на палубной платформе под углом 10° вперёд от траверза, горизонтально на 3,1 м ниже ватерлинии на броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» в VU-м на 45-48 шп. и в Х-м основных отсеках на 69-71 шп., на трёх остальных в VII-m на 48-51 шп. и в Х-м основных отсеках на 69-71 шп. Торпеды из всех подводных ТА выталкивались сжатым воздухом.

Кормовой надводный поворотный ТА расположили на продолжении надводной части бронированной палубы на 2,15 м выше ватерлинии. Угол горизонтальной наводки составлял 25°-30° в обе стороны. Он был приспособлен для выстреливания торпеды как пороховым зарядом, так и сжатым воздухом. Пуск осуществляется как электрически, так и нажатием на спусковой крючок вручную. Для защиты торпеды от попадания осколков снаряда торпедную трубу забронировали 40-мм стальным кожухом.

Торпеды типа С/45/91 с гидроскопическим прибором Обри для прямого курса имели разрывной заряд пироксилина весом 98 кг. Для каждой торпеды имелась одна учебная и одна боевая головная часть, а так-же два ударных взрывателя, из которых один имел устройство для прорезания сетей. Торпеды разместили: по 3 в носовом и кормовом помещениях ТА (по 2 в мирное время), по 5 в каждом бортовом помещении ТА (по 4 в мирное время).

Для обеспечения сжатым воздухом торпед и системы пуска на корабле в Х-м отсеке на бронированной палубе имелось 4 насоса давлением 100 кгс/кв.см., от которых по трубопроводам сжатый воздух подавался в воздушные аккумуляторы во все помещения, где были установлены ТА.

Для управления торпедным оружием оборудовали восемь постов управления торпедной стрельбой, по три прицельные стойки в передней и задней боевых рубках и два штатива для наведения кормового ТА.

На кораблях имелись места для временной установки лебёдок, а на 0/1 шп., 48/49 шп. и 85/86 шп. торпедопогрузочные люки.

После модернизации 1907-10 гг. количество ТА уменьшили до пяти с общим боекомплектом 13 торпед. В 1916 г. все торпедные аппараты демонтировали.

В качестве наступательного оружия ещё серьёзно рассматривали и таран.

Бортовое бронирование в районе конструктивной ватерлинии переменной толщины от 100 до 300 мм проходило от 17 1/2-го шп. до форштевня общей шириной 2,45 м (на броненосцах типа «Бранденбург» 2,5 м). Оно представляло собой броневой пояс из одного ряда вертикально расположенных броневых плит высотой 2,45 м и только в носовой части от 92 1/2-го шп. до форштевня из-за большой протяжённости по высоте из двух. В корме его замыкала поперечная броневая переборка из такой же стали.