Не сложились отношения с интендантом контр-адмиралом Швенднером, который был намного старше и пытался подмять под себя молодого начальника. Все закончилось скандалом, когда Бутаков обнаружил заведомо поставки гнилой муки. По делу Швенднер был отстранен от дел, а его компаньон купец Киреевский арестован.

Но у Швенднера нашлись заступники в столице. Наехали комиссии, и все утонуло в бумагах. Пошли слухи, что в отношении Швенднера Бутаков сводил личные счеты. Отчаявшийся Бутаков сгоряча написал рапорт об отставке, но великий князь Константин не принял:

— Если мы будем из-за мешка гнилой муки выгонять в отставку боевых адмиралов, то с чем останемся? С мешком муки!

И рапорт Бутакова порвал.

Бутаков в Николаеве вызывал восхищение смелостью и решительностью одних и неприкрытую ненависть других. И хотя, видя расположение к Бутакову в высших сферах, недруги открыто схватываться с ним боялись, но пакостили, где только можно. Так, в один из дней Бутаков обнаружил в своей почте анонимный стихотворный пасквиль:

С Николаевым что стало: все в нем вдруг переменилось,

Да к тому же еще горю,

Эта тварь Бутаков собрал всех дураков,

За начальников их сажает и Сибирью угрожает.

Если кто-нибудь из них впишет в книгу лишний штрих.

Да еще он много-много им приказывал престрого

Выгоду разузнавать, чтоб гласно не воровать.

Между тем, чтоб досугом наблюдали друг за другом,

И узнают что о ком, доносить ему тайком…

И хотя рифма в сем стихосложении явно хромала, но злобы и яда было предостаточно! Николаевское время Бутаков до конца своих дней считал самым тяжелым страдным временем своей жизни.

Донимали и бесконечные просители, жены и вдовы. Многие действовали через отца и матушку. Помощь нужна была и многим боевым товарищам. Кто все еще не оправился от ран, кто находился за штатом, а ведь у большинства были семьи и дети. Всех приходилось выслушивать и по мере сил помогать. Будучи холостяком, Бутаков открывал товарищам и собственный кошелек. Помогать приходилось и родственникам, многие из которых тоже нуждались, особенно сестры.

Сестра Надежда вскоре вышла замуж за адъютанта Григория лейтенанта Николая Скарятина. Пришлось помогать и ему. Скарятина Бутаков вначале определил командиром шхуны, а потом командировал в Англию изучать пароходное дело.

По ходатайству Айвазовского Бутаков помог остаться служить в Феодосии своему бывшему сослуживцу по севастопольским пароходам, талантливому художнику-маринисту лейтенанту Николаю Красовскому, обеспечив этим блестящую будущую карьеру живописца. Особо старался Бутаков помочь пенсиями вдовам и детям своим погибших на «Владимире» матросов.

Настоящим шоком для Бутакова и других черноморцев стало вскрытие в апреле 1858 года склепа Владимирского собора, где были захоронены погибшие во время обороны Севастополя адмиралы. Как оказалось, все могилы были вскрыты англичанами. Над трупами цинично надругались, с мундиров были сорваны эполеты.

В нечастые свободные часы не забывал Бутаков и о своих любимых литературных занятиях. Еще в 1855 году журнал «Морской сборник» опубликовал статью «Из артиллерийских заметок на Севастопольском рейде», в которой Бутаков изложил опыт своих действий в ходе обороны: стрельба с креном, стрельба по невидимой цели и с хода. С этого начиналась его работа над новой тактикой. Бутаков писал: «…Теперь, с введением на судах громадных орудий и с начатием опытов для определения возвышений, которые нужно давать этим орудиям при самых больших расстояниях, стало понятным, что в теории морской войны происходит переворот…»

Теперь в Николаеве, несмотря на административные и хозяйственные заботы, Бутаков не оставлял занятий по военно-морским вопросам. Он находил время для выходов в море с целью разработки основ пароходной тактики, начатой им еще в 1854 году по предложению Корнилова. Тогда Бутаков составил для своих пароходов краткое описание «эволюций». Теперь он более углубленно занимался теорией пароходной тактики.

Помимо этого Бутаков разработал и издал также «Правила маневра парового корабля», «Книгу эволюционных сигналов» и «Свод морских военных сигналов».

— Теперь в век пара нужна не слепая отвага, а смелость, соединенная с самообладанием, четким глазомером, научным мышлением и ориентировкой! – говорил он сослуживцам.

Не часто приходили письма от старшего брата Алексея, который в это время плавал по Сырдарье и все никак не мог вырваться из песков в Европу. Наконец, покинул госпиталь израненный младший Владимир. Ему Григорий выхлопотал капитанскую должность на черноморском пароходе «Прут». И хотя пароходик был мал и слабосилен и дальше каботажа никуда не ходил, но времена были такие, что выбирать не приходилось, братья были рады и этому.