В 1547 г. в Успенском соборе было впервые совершено «венчание на царство» Ивана IV. В 1625 г. в собор перенесли Ризу Господню, присланную в дар царю Михаилу Феодоровичу персидским шахом Аббасом I. В честь этого события русская церковь установила праздник «Положение Ризы Господней» (10 июля по юлианскому календарю). В петербургский период Успенский собор оставался местом коронации всех российских императоров, начиная с Петра II. В 1812 г. собор разграбила наполеоновская армия, хотя наиболее ценные святыни были эвакуированы в Вологду. Из гробниц святителей уцелела только рака митрополита Ионы. Собор заново освятил 30 августа 1813 г. епископ Дмитровский Августин (Виноградский).

15 августа 1917 г., в престольный праздник, здесь открылся Всероссийский Поместный собор Православной церкви. Собор принял в октябре решение о восстановлении патриаршества в России. 21 ноября того же года произошла интронизация (или торжественный ритуал возведения на престол вновь избранного папы римского или патриарха) патриарха Тихона (Беллавина). В 1911 – 1915 гг. архитектор И. П. Машков проводил реставрацию собора. Его закрыли для доступа и богослужений в марте 1918 г., после переезда в Кремль правительства РСФСР.

Открытый как музей в 1955 г., Успенский собор в феврале 1960 г. передан в ведение Министерства культуры СССР, с 1991 г. входит в Государственный историко-культурный музей-заповедник «Московский Кремль». С 1990 г. совершаются богослужения в отдельные дни по благословению патриарха; собор именуется «Патриаршим кафедральным».

В соборе сохраняется Гвоздь Господень и посох святителя Петра, митрополита Киевского и всея России. С 1395 г. в соборе находилась Владимирская икона Божией Матери (с 1930 г. в Третьяковской галерее, в храме Николая в Толмачах). Собор был местом погребения большинства московских святителей до учреждения Святейшего Синода.

Храм Спаса на Бору – монастырский собор, располагавшийся в Московском Кремле, во дворе Большого Кремлевского дворца. Название «на Бору» произошло от окружавших храм хвойных лесов, давших название и самому Боровицкому холму.

Первоначальный храм был деревянным. В 1237 г. во время набега Батыя, по свидетельству Лаврентьевской летописи, были сожжены все монастыри и церкви с селами. Судьба Спасо-Преображенской церкви оставалась неизвестна. Но в 1319 г. в Никоновской летописи и Софийском временнике упоминается на Московском Бору монастырь, где временно находилось тело убито-го в Золотой Орде князя Михаила Ярославича Тверского.

10 (18) мая 1330 г. Иван Данилович Калита на месте деревянного храма поставил второй на Москве каменный собор (после Успенского) – четырехстолпный и трехапсидный, размером примерно 11 на 11 м. Его освятил митрополит Феогност. Собор расписали на средства великой княгини Анастасии мастер Гойтан с греческими и русскими учениками. Иван Данилович основал Кремлевский Спасский монастырь и перевел сюда архимандритию из Данилова монастыря. Первым архимандритом монастыря стал Иоанн, впоследствии архиепископ ростовский. Перед смертью Иван Калита принял иноческий сан в Спасском монастыре.

Наследник Ивана Калиты, Симеон Гордый, по примеру отца уделял много внимания собору и монастырю. В 1350 г. по его распоряжению пристроили придел и притвор, который служил княжеской усыпальницей. Перед смертью Симеон, как отец, постригся в монахи.

Храм сильно пострадал во время набега хана Тохтамыша в 1382 г., архимандрит Симеон и монахи монастыря были убиты. Восстановленному при Дмитрии Донском монастырю, по повелению князя, выделяли ежегодно на Спасов день 15 руб. В 1392 г. в соборе был погребен первый пермский епископ Стефан. Князья жаловали монастырю большие дары: Василий Темный – село Клементьево в верховьях реки Дубны, его сын, князь Андрей, – деревни Пушакино и Кисловку с пустошью Бабчино, со всеми угодьями, лесами, лугами и пашнями.

В 1490 г., во время перестройки Кремля при Иване III, монастырь перенесли на другое место, где был основан Новоспасский монастырь. Древний собор, покинутый монахами, приобрел статус дворцового. К собору с южной стороны пристроили храм святых мучеников Гурия, Самона и Авива. Среди москововедов распространено мнение, что собор времен Ивана Калиты к тому времени настолько обветшал, что его заменили новым. Перестройку собора относят к периоду правления Василия III – 1527 г. Памятник пострадал во время пожара 1554 г. С появлением новых дворцовых храмов маловместительный Спас на Бору становится храмом для прислуги. После переезда столицы в Санкт-Петербург Кремль остался без присмотра государя, постройки ветшали, в том числе и Спас на Бору. Во время Троицкого пожара 1737 г. у церкви сгорели крыша и частично внутренние помещения. Сведения о перестройке храма при Иване III к тому времени затерялись, многие москвичи считали его древнейшей постройкой в городе. На мысль о древней дате наводили и малые размеры храма, и простота архитектурного решения.

В 1767 г., когда Екатерина II начинала перестройку Кремля, капитальный ремонт Спаса на Бору поручили архитектору Яковлеву. Масштаб предпринятых работ источниками не зафиксирован и порождает споры среди историков архитектуры. Незадолго до наполеоновского нашествия Спас на Бору запечатлел на рисунке Фёдор Яковлевич Алексеев: к тому времени основной объем храма был плотно обстроен приделами «иже под колоколы». В 1812 г. французские солдаты разорили храм. В 50 – 60-х гг. XIX в. по проекту архитектора Ф. Ф. Рихтера храм отреставрировали, постарались по возможности освободить его от позднейших архитектурных привнесений и заново расписали.