В 1887 году штабс-капитан Алексеев после сдачи вступительных экзаменов становится слушателем Николаевской академии Генерального штаба. Армейскому офицеру пришлось в её стенах нелегко, но выручили природное трудолюбие и стремление познать академические науки. Уже тогда Алексеева среди других отличали вдумчивость и серьёзность в отношении к служебным делам и глубина познаний тактических вопросов.

Николаевскую академию Генерального штаба капитан Михаил Алексеев закончил в 1890 году по 1-му разряду, став в своём выпуске первым по успеваемости. За отличия в учёбе он удостоился почётной для слушателя академии Милютинской премии в одну тысячу рублей ассигнациями.

Восхождение Алексеева по служебной лестнице началось с причисления его в составе лучших выпускников академии к корпусу офицеров Генерального штаба. Капитан получил назначение старшим адъютантом в штаб 1-го Армейского корпуса, расквартированного в столичном военном округе. На этой должности Алексеев пробыл довольно долго: целых четыре года. Но за это время он основательно познал азы штабной и оперативной работы в армейских войсках, что потом сослужит ему хорошую службу, особенно в Русско-японской войне.

Капитану Алексееву пришлось некоторое время преподавать военную администрацию и руководить топосъёмками в столичном Николаевском кавалерийском училище. Знавший его с той поры А. М. Драгомиров, будущий генерал и сподвижник по Белому движению, писал:

«Уже пожилой капитан Генерального штаба с суровым взглядом близоруких глаз, прикрытых очками, с резким голосом, он вначале на нас, юнкеров, навёл страх своей требовательностью и порядочную скуку своим предметом, нагонявшим тоску. Но вскоре под его суровой внешностью мы нашли простое и отзывчивое сердце. Он искренне хотел и умел научить нас необходимой для военного человека науке...

Злейший враг лени и верхоглядства, он заставлял и нас тщательно исполнять заданные работы».

Познания Алексеева в академических науках, его перспективность как генштабиста не остались невостребованными. В мае 1894 года он переводится та службу в канцелярию Военно-учёного комитета Главного штаба. Первая должность была невысокой — младший делопроизводитель.

Военно-учёный комитет, как структура Главного штаба, имел в мирное время особое предназначение. В нём составлялись планы войн с вероятными противниками и разрабатывались вопросы стратегического развёртывания сухопутных сил России та случай войны на Западе, Востоке и Юге. В Военно-учёный комитет отбирались офицеры и генералы с хорошим тактическим мышлением, способные заниматься разработкой и стратегических задач. Попасть в ВУК случайный человек, пусть и с академическим образованием, просто не мог. Отбор был тщательным и пристрастным.

За Алексеева говорило многое. И блестящее окончание Николаевской академии Генерального штаба, и большой опыт пехотной полковой службы, и боевые награды за Русско-турецкую войну 1877-1878 годов, и «примерное» исполнение обязанностей офицера штаба 1-го Армейского корпуса столичного округа.

Для дальнейшего продвижения по службе недоставало одной строчки в послужном списке. Начальство пошло та помощь, и Алексеев проходит цензовое командование пехотным батальоном.

В1895 году Михаил Васильевич женился. Его супругой стала Анна Николаевна Щербицкая. Вскоре она родила первенца - дочь Клавдию, в 1906 году родилась вторая дочь - Вера, а в 1908 году - сын Николай.

Семья офицера Генерального штаба жила дружно, довольно скромно, хотя и не бедно. Любя жену и детей, Михаил Васильевич всё же целиком отдавался службе и дома бывал мало. Однако ни один человек, хорошо знавший Алексеева, никогда не называл его карьеристом или служакой в плохом понимании этих слов.

Одновременно с работой в ВУК Алексееву доверили преподавание на кафедре русского военного искусства в Николаевской академии Генерального штаба. Преподавательской работой он занимался с большим удовольствием и не без успеха. В 1898 году он становится экстраординарным (то есть внештатным) профессором» а через три года - заслуженным ординарным (штатным) профессором академия» являвшейся высшим военным учебным заведением России.

К этому времени относятся первые научные публикации Михаила Васильевича, которые были посвящены боевым действиям Отдельного Кавказского корпуса в Русско-турецкой войне 1877-1878 годов и осаде крепости Карс. Полковник Алексеев, который тогда находился на Балканском театре военных действий, проявил немалую заинтересованность при изучении войны в горах Закавказья.

Генерал-лейтенант А. П. Богаевский, один из предводителей Белого движения на Юге России, писал:

«Спустя годы я снова встретился с Михаилом Васильевичем, теперь уже в Академии Генерального штаба, как со своим профессором по истории русского военного искусства. Он остался таким же кропотливым и усердным работником, прекрасно излагавшим свой далеко не лёгкий предмет. Он не был выдающимся талантом в этом отношении, но то, что нужно нам было знать, он давал в строго научной форме в сжатом образном изложении.

Мы знали, что всё, что он говорит, — не фантазия, а действительно так и было, потому что каждый исторический факт он изучал и проверял по массе источников».

Вскоре стал проявляться немалый интерес Алексеева к личности всероссийского монарха Николая II. Причина крылась даже не в том, что полковник корпуса офицеров Генерального штаба стал частым участником самых различных церемоний, на которых присутствовали государь и члены династического семейства Романовых. Алексеев видел в последнем русском царе человека, мало походившего на своего венценосного отца Александра III, умевшего твёрдо держать в своих руках бразды правления великой державы.