Вниз по Гидаспу армия и флот двигались, не встречая поначалу серьезных затруднений. Окрестные племена так или иначе оказывались вынужденными признавать власть македонского царя: одни — добровольно и мирно, другие — после стычек. У слияния Гидаспа и Акесины корабли Александра попали в мощные водовороты. «Длинные» военные суда понесли тяжелые потери: волны ломали весла нижнего ряда, два корабля столкнулись, многие получили серьезные повреждения, немало воинов и моряков погибло. С трудом добравшись до тихой заводи, Неарх начал ремонтные работы; сам Александр отправился в набег на окрестные племена. Когда ремонт закончился, флот продолжил свое плавание вниз по течению. Сухопутные войска тремя отрядами, во главе которых находился Гефестион, Кратер и Птолемей, двинулись в том же направлении.

Услияния Акесины и Гидраота они должны были ждать царя.

Между тем Александр во главе отряда, состоящего из гипаспистов, пеших и конных дружинников, конных и пеших лучников и агриан, устремился через безводную пустыню в страну маллов (маллава). Перспектива новых столкновений с индийскими племенами вызвала в грекомакедонской армии взрыв недовольства. Однако Александр сумел уговорить своих солдат, что эта экспедиция необходима. Через короткое время он подошел к одному из вражеских городов и взял его штурмом. К другому городу царь отправил Пердикку, но последний, найдя город пустым, начал преследовать беглецов; спаслись лишь те, кто успел уйти в болота. После короткого отдыха Александр ночью двинулся к Гидраоту и на рассвете подошел к реке. Многие маллы уже переправились на восточный берег, и Александр повел свои войска следом за ними. Те маллы, которые не успели спрятаться, были перебиты, но большинство скрылись в, казалось бы, неприступной крепости. Македонская пехота с ходу овладела ею; всех кто оборонял ее, сделали рабами. Следующий город (по Арриану — брахманов) взяли штурмом, и почти все его защитники погибли. Захватив вслед за тем несколько поселений, оставленных маллами, и разбив их в сражении на восточном берегу Гидраота, войска подошли еще к одному городу. Во время штурма Александр первым взошел на стену; обстреливаемый из луков и метательных орудий, осыпаемый дротиками, он спрыгнул внутрь крепости. Там, прислоняясь к стене Александр упорно отражал атаки маллов, и многих убил, в том числе их предводителя. Тем временем лестница, по которой он взбирался, сломалась. На стену вместе с царем успели взойти только трое: Абрея, Певкест и Лимней. Абрея был сразу убит, Александра ранили в грудь. Он обессилел, потеряв много крови, и упал; Лимней и Певкест его защищали. Ломая лестницы, македоняне, с большим трудом преодолевая земляную стену, проходили на помощь к Александру. Сеча становилась все более напряженной. Наконец, македонянам удалось взломать засов и открыть ворота. Ворвавшись в город, воины Александра перебили всех, в том числе женщин и детей.

Когда из раны Александра извлекли стрелу, хлынула кровь, и он потерял сознание.

Известие о ране Александра достигло македонского лагеря, разбитого у слияния Акесины и Гидраота, и вызвало там сильнейшее беспокойство. Александр велел срочно везти себя в лагерь. Приближаясь на корабле к месту, где стояла армия, он приказал убрать палатку, чтобы все могли его видеть. Сначала воины думали, что везут бездыханное тело, но, когда судно причалило, громкие крики, радостный плач раздались вокруг. Гипасписты принесли носилки, но Александр потребовал коня; приветствуемый солдатами, он доехал до шатра. Все должны были знать, что он, Александр, жив, здоров и вполне боеспособен.

Действия Александра заставили уцелевших после разгрома маллов и оксидраков (шудрака) признать его власть. Флот опять поплыл вниз по Акесине; у впадения ее в Инд Александр соединился с Пердиккой. Двигаясь на юг, он снова должен был где мирными средствами, а где силой устанавливать свою власть над окрестными племенами и владетелями. Под его рукой оказались области Мусикана, Оксикана и Самбы. В конце июля 325 г. до н. э. Александр прибыл на юг, в Паталы (соврем. Бахманабад); когда в эту страну вступили македонские войска, население разбежалось. По приказу царя Гефестион начал возводить там крепость; в дельте Инда, у впадения реки в Индийский океан, Александр устроил порт и эллинги.

Пока шло строительство, было предпринято плавание вниз по правому рукаву Инда. Не зная реки, моряки оказались в крайне затруднительном положении. К тому же на другой день после отплытия началась буря: ветер дул против течения и гнал воду назад; многие суда получили серьезные повреждения, некоторые были разбиты. Македоняне спешно причалили к берегу, и Александр отправил своих людей на поиски лоцманов. Плавание возобновилось. Теперь флот вели индийцы, хорошо знавшие местность. Когда снова подул ветер с Индийского океана, они увели корабли в затоны. Между тем наступил отлив — и флот Александра оказался на суше. Моряки, прежде не сталкивавшиеся с подобными явлениями, перепугались, лишь начало прилива немного их успокоило. Прилив повредил ряд кораблей, и их пришлось ремонтировать. В конце концов трудная многодневная экспедиция завершилась: корабли Александра бросили якорь у острова Киллута в устье Инда. Сам Александр на нескольких судах вышел в океан. Пройдя 200 стадий (около 37 км), он подошел к острову, лежавшему в открытом море, однако дальше решил не плыть. Вернувшись на стоянку, Александр якобы по велению своего «отца» Аммона устроил торжественное жертвоприношение Посейдону, бросив в море золотые чаши. Он молил бога провести благополучно его флот к устью Тигра и Евфрата.

В Паталах и в дельте Инда Александр провел несколько месяцев. Летние пассаты помешали выйти в океан, и Александр использовал это время для того, чтобы закрепиться в низовьях реки. У впадения Инда в океан (в районе соврем. Карачи) по его приказу началось строительство еще одного порта и эллингов. Во главе подразделений гипаспистов, конницы и пехоты царь отправился к протекавшей неподалеку р. Арабий. При его приближении жившие там арабиты бежали; сопротивление оритов Александр подавил. Часть оритов вместе с гедросами вознамерились защищать узкий проход в Гедросию (соврем. Белуджистан), однако, едва узнав о подходе Александра, они разбежались, а их предводители сдались македонскому царю. Сатрапом области оритов Александр назначил Аполлонфана войска, оставленные в новой провинции, подчинил Леоннату. Последний должен был ждать прибытия флота, основать еще один город, оплот греко-македонского господства, и вообще устроить дела и жизнь оритов так, чтобы сатрап, их правитель, пользовался расположением населения.

В сентябре 325 г. до н. э. начался поход через Гедросию и Карманию в Персиду. Часть своей армии Александр препоручил Кратеру и послал на север, в Арахосию; оттуда через страну ариаспов она должна была идти на юг для соединения с царем.

Солдаты Александра шли недалеко от океанского побережья. Сначала дорога вела через местность, где обильно рос мирт. Выделяемая этим растением ароматическая смола — мирра — в древности очень высоко ценилась; торговля миррой доставляла колоссальные прибыли. Финикийские купцы, сопровождавшие армию Александра, не преминули воспользоваться случаем: они собирали мирру, нагружали драгоценной кладью мулов и ослов, везли ее на запад. Добывали они и благовонные корни нарда. Через некоторое время армия Александра вступила в сухую безлюдную пустыню. Отправив на поиски жителей некоего Тоанта, сына Мандродора, Александр узнал, что тот повстречал лишь несколько рыбачьих семей, обитавших в убогих хижинах, сложенных из ракушечника и рыбьих костей. Воду (не вполне пресную) они добывали в ямах, которые вырывали на берегу моря. Ни продовольствия, ни питьевой воды достать было негде; солдаты тяжело переносили трудную дорогу, палящее солнце, голод и жажду. Не меньшую опасность представляли и проливные дожди, приносимые муссонами. Во время одного из таких дождей ручей, у которого был сделан привал, вышел из берегов; погибло много народу, погибли и вещи, принадлежавшие Александру.

Армию следовало обеспечить продовольствием, и этому Александр посвящал все свои усилия. Найдя с большим трудом такое место, где было вдоволь хлеба, он послал его солдатам, запечатав вьюки своей печатью. Возчики и охрана взломали печати, не довезя хлеб до места, и царь не решился их наказать. Чтобы хоть в конце перехода накормить и напоить голодную деморализованную армию, Александр разослал гонцов к окрестным сатрапам с приказанием доставить продовольствие к границам пустынных областей. Царское повеление было исполнено.