Александр лично присутствовал при истязании. Лежа за занавеской, он слушал показания Филоты, перемежавшиеся отчаянными воплями и униженными мольбами о пощаде, обращенными к Гефестиону. Александр даже воскликнул: «Таким-то малодушным будучи, Филот, и Трусом, ты посягаешь на подобные дела?!»

Расправившись с заговорщиками, Александр вступил в Бактрию и дав, солдатам короткий отдых, пошел через пустыню, чтобы настигнуть и разгромить еще одного из бунтовщиков — Бесса. Через некоторое время Бесс был схвачен и отдан на расправу ближайшим родственникам Дария. По свидетельству Плутарха, его привязали к верхушкам двух согнутых деревьев, а потом деревья отпустили — и его тело было разорвано пополам.

Затем через Согдию Александр двинулся к реке, которую местные жители называли Орксант (соврем. Сырдарья), а греки ошибочно, хотя со своей точки и вполне последовательно, приняли за Танаис (соврем. Дон). Во время этого перехода македонские фуражиры подверглись нападению согдийцев. Около 30 тыс. повстанцев закрепились на неприступной скале, и македоняне смогли взять ее лишь с огромным трудом и ценой больших потерь. Сам Александр был тяжело ранен в бедро. Оборонявшиеся согдийцы стали жертвой чудовищного избиения. В живых остались и попали в плен примерно 8 тыс. человек. В городах долины Орксанта Александр разместил свои гарнизоны.

В этой местности к Александру прибыли абии-скифы, которых приняли за европейских скифов. Но впоследствии многочисленные мятежи и восстания затруднили исполнение планов Александра. Лишь после того, как македоняне залили семь мятежных городов потоками крови и убили около 120 тыс. согдийцев, Александру удалось укрепить свою власть и основать на берегу Орксанта город. Это была Александрия Крайняя (позже — Ходжент).

Однако меры, принятые Александром, не привели к умиротворению Средней Азии. Сам Александр не мог отлучиться с берегов Орксанта: к реке подошли отряды саков. Последовала стычка, за ней новая, и так до тех пор, пока зимой 328—327 года не была захвачена так называемая Согдийская Скала, среди оборонявшихся и впоследствии сдавшихся было много женщин и детей, в их числе — Роксана, дочь Оксиарта, одного из организаторов восстания.

Александр увидел ее раньше в хороводе на пиру, который Оксиарт, искавший примирения с македонским царем, давал в честь победителя. Влюбился и сделал ее своей женой. Александр восхваляется историкам за то, что не принудил ее к сожительству силой. Это было первое и единственное большое чувство к женщине, которое македонскому завоевателю довелось испытать. Женитьба на Роксане создавала Александру связи в среде согдо-бактрийской аристократии и позволяла привлечь местную знать на его сторону. Брак был заключен по македонскому обычаю: жених и невеста вкусили в присутствии свидетелей от общего хлеба, разрезанного мечом.

Пережив еще ряд внутренних разборок в конце весны 327 г. до н. э. Александр начал свой поход в Индию.

Поход был подготовлен очень тщательно. Получив новые подкрепления из Македонии и включив в свою армию азиатские контингенты, он располагал, по единодушному свидетельству источников, 120 тыс. воинов. Это было втрое больше, чем в армии, с которой Александр высадился в Малой Азии. Пешая дружина состояла теперь из 11 «полков». Перед началом экспедиции Александр провел в своей армии существенные преобразования: была увеличена численность отдельных воинских формирований; на командные должности поставлены люди, выдвинувшиеся в ходе расправы над враждебными царю аристократами и тем самым доказавшие свою преданность; сформированы воинские соединения, действовавшие по приказу царя самостоятельно и выполнявшие становившиеся перед ними специальные задачи. Непосредственным поводом для организации военного похода в Индию являлось то обстоятельство, что ее западные области в долине Инда были (или по крайней мере считалось) восточной окраиной Ахеменидского государства. Македонский царь имел в виду провозгласить и укрепить там свою власть как «царь Азии» и правопреемник Ахеменидов.

Выступая из Бакт, войска Александра в течение 10 дней преодолели Гиндукуш; оказавшись в Паропамисаде, Александр двинулся к р. Кофен (современ. Кабул). Одновременно он отправил посланца к правителям областей, находившихся на правом берегу Инда (самым значительным из них был Амбхи, владетель Таксилы, которого Арриан называет Таксилом — именем, данным ему Александром в соответствии с его титулом, предлагая им выйти навстречу и продемонстрировать признание верховной власти македонского царя. Они выполнили требование Александра, принесли ему богатые дары и пообещали дать 25 слонов. Согласно одному из вариантов предания, Амбхи-Таксил предлагал Александру свои услуги для борьбы против других индийских племен еще тогда, когда тот находился в Согдиане. Очевидно, он сам был заинтересован в разгроме левобережных индийских обществ.

Не оказав сопротивления, Амбхи-Таксил и другие правители, сдавшиеся вместе с ним, добровольно открыли Александру дорогу в Пенджаб.

Пенджаб, который весной 326 г. до н. э. первым из основных индийских территорий подвергся нашествию, был в это время раздроблен на множество мелких государств. Наиболее важными были государства, царями которых были Таксил и Пор, как их называли греки. Таксил подчинялся Александру добровольно, так как враждовал с Пором и надеялся найти у Александра поддержку в борьбе со своим соперником. Пор, как уже упоминалось, был разбит в ожесточенной битве на берегу реки Джелама (Гидасп у греков), ранен и взят в плен.

Александр, получив сведения от Пора и от некоего Чендра-гупты, бежавшего из Магадхи, о наличии у царя Магадхи сильной армии в 200 тыс. пехоты, 20 тыс. кавалерии, 2 тыс. колесниц и 2 тыс. слонов, тем не менее был уверен в конечном успехе своего похода в долину Ганга, так как ему было известно, что царь Дхана Нанда не очень прочно сидит на престоле. Но войско Александра не разделяло его уверенности в успехе и решительно отказалось продолжать поход за реку Беас (Гифасис у греков Александр разделил свою армию на две части. Одну из них, включавшую три «полка» пехоты, половину дружин-ников-всадников и всех наемных всадников, он поручил Гефестиону и Пердикке; к ним присоединились и союзные индийские войска. Гефестион и Пердикка получили приказ захватить Певкелаодиту (соврем. Юсуфзай) и выйти к Инду; там они должны были навести мосты для переправы на восточный уберег.