Николай Иванович понимал, как важно готовить учительские кадры. Он ратовал за учительские семинарии, но Святейший синод был за народных учителей из духовных семинарий. Правительство поддерживало синод и отвергало предложения Пирогова.

В 1858 году он был назначен попечителем Киевского учебного округа. Это было связано с тем обстоятельством, что старые, еще николаевской реакционной закалки учителя Одессы обвинили ученого в «излишнем либерализме».

В Киеве Пирогов, вступив в управление округом, сразу развернул работу в учебных заведениях в прогрессивном духе. По инструкции попечителю надлежало следить за делами и мыслями гимназистов, студентов, педагогов и профессоров, но Пирогов сразу объявил, что роль полицейского соглядатая несвойственна его призванию. Он упорно нарушал установленную субординацию и наживал врагов с невиданной быстротой. Вот один из примеров этого.

Когда попечитель был зван на вечер к генерал-губернатору (княгиня желала просить совета у профессора Пирогова), то он пришел не в мундире или во фраке, а в своем порыжевшем балахоне. Сел, точно в сельской школе, помолчал, не вслушиваясь в разговоры, а потом, перебивая общую беседу, спросил:

– Что, княгиня, хотели вы от меня?

– Совета, Николай Иванович. Как воспитать мне своего сына, чтобы с честью носил имя князей Васильчиковых.

– В деле воспитания нет князей Васильчиковых. Здесь все равны, княгиня, – коротко ответил Пирогов и ушел.

После этого гостиная княгини Васильчиковой, урожденной княжны Щербатовой, стала центром травли нового попечителя.

В 1859 году Киевский учебный округ объезжал сам Александр П. Полтавский губернатор донес государю на учителя гимназии Стронина, ратовавшего за просвещение народа, курсы для сельских учителей, за публичные лекции, а это считалось «свободомыслием» и было наказуемым. Стронина подозревали также в связях с Герценом, приписывали ему полтавские корреспонденции в «Колоколе». Царь распекал директора гимназии: «Приберите ваших учителей к рукам». Пирогову приказано было разобраться.

Полтавский губернатор докладывал попечителю Киевского учебного округа: «У меня даже письмо от Стронина к Герцену было перехвачено! Да вот как-то затерялось». Разобравшись, Пирогов доложил: «Стронин – одна из лучших голов между педагогами округа». И представил полтавского учителя к ордену. Власти смогли арестовать Стронина только через год после отставки Пирогова.

С первых же шагов в педагогике Николай Иванович делал все, чтобы отменить телесные наказания. Это было трудно, поскольку телесные наказания были узаконенными.

В Киеве Пирогов решил отменить розги административно, приказом. Был создан комитет для выработки «Правил о проступках и наказаниях». Большинством голосов розги сохранили, но Пирогов всячески ограничил их применение и подробно объяснил, почему так вышло, что сечь все-таки будут.

Он разрабатывал проекты университетской реформы, предлагал упразднить мундир, устранить полицейский надзор за студентами, а главное – сделать свободным вход в университет. По его проекту крестьян следовало принимать в университет без экзаменов. Царь, узнав о таком проекте, долго не мог успокоиться. За обедом раздраженно швырнул на стол салфетку: «Тогда будет столько же университетов, сколько кабаков!»

Еще одно нововведение Николая Ивановича – это воскресные школы для малоимущих. Осенью 1859 года на Подоле в Киеве открылась первая такая воскресная школа. Попечитель докладывал министру, что студенты-де «в видах человеколюбия» пожелали бесплатно обучать ремесленников и «другого рабочего класса людей». Он схитрил – вроде бы спрашивал разрешения, но докладывал, когда школа уже открылась.

Учиться пришли и дети, и взрослые. С первого же дня школа была битком набита. Преподавали не только студенты – педагоги, офицеры, литераторы, профессора. Пирогов писал: «Учителя одушевлены рвением учить, ученики – охотою учиться». Он видел в воскресных школах средство просвещения народа, писал обстоятельные трактаты, доказывал пользу такого обучения.

Но в Петербурге уже было составлено высочайшее повеление о «совершенном закрытии всех воскресных школ», ибо «положительно обнаружено в некоторых из них, что под благовидным предлогом распространения в народе грамотности люди злоумышленные покушались в этих школах развивать вредные учения, возмутительные идеи, превратные понятия о праве собственности и безверие». Известный литературный деятель академик Никитенко напишет в своем дневнике: «Ребиндер тоже просил моего совета, кого бы определить на место Пирогова, которого решительно не хочет государь». Князь Васильчиков из Киева ставил вопрос ребром: «Либо я, либо Пирогов».

Пирогов был очень «неудобным» человеком для властей. Он был во всем «слишком»: слишком умен, слишком принципиален, слишком порядочен, слишком трудолюбив, слишком озабочен решением общественных проблем. Он служил государству верой и правдой, но как-то не так, как хотелось бы государю.

Власти действовали последовательно: сначала уволили Пирогова, а потом уже закрыли его воскресные школы. Правда, незадолго до увольнения придворные покровители Николая Ивановича пытались помирить его с царем. Повод для свидания был выбран не лучший – совещание попечителей, созванное для предотвращения студенческих волнений. Пирогов ратовал за свободу, а царь надеялся на полицию. Великая княгиня Елена Павловна намекала Пирогову на новые должности, просила «получить доверие государя», а во время аудиенции соглашаться и благодарить.