Этот закон служил основанием для закрытия большинства церквей, ареста пасторов и фактического прекращения всякой церковной жизни христиан.

Согласно соответствующему изменению в Конституции 1930 г., за верующими сохранялось право выполнять религиозные обряды, но зато было изъято право на религиозную пропаганду.

В период с 1928 по 1935 годы испытания коснулись в первую очередь ответственных работников обоих союзов, региональных отделов и некоторых видных проповедников Евангелия.

В конце 1928 г. по обвинению в шпионаже был арестован секретарь Всеукраинского союза баптистов А.М. Букреев.

3 марта 1929 г. подвергся репрессиям П.В. Иванов-Клышников. Он находился три года в ссылке в Алма-Ате.

В 1933 г. П.В. Иванов-Клышников был снова арестован и после суда отправлен в лагерь в Карагандинскую область.

Вскоре были арестовано несколько проповедников баптистской церкви в Ленинграде, а все молитвенные дома, кроме Дома Евангелия, были закрыты

5 февраля 1930 г. в Доме Евангелия было проведено последнее богослужение. Он был закрыт решением народного суда и передан под клуб заводу «Электроаппарат».

В Москве в то время были закрыты пять из шести имеющихся молитвенных домов. Собрания баптистов проходили в доме центральной церкви на Петровке. Ее пресвитером до 1933 года был П.В. Павлов.

В 1929 г. в г. Житомире был арестован казначей Всеукраинского союза баптистов Ф. Г. Косолапов. Длительное время он провел в Харьковской тюрьме, тяжело заболел и отдан жене Анастасии Дмитриевне. В домашней обстановке он отошел в вечность, сохранив верность и упование на Господа.

Б 1930 г. был осужден на три года лагерей пресвитер Благовещенской церкви П.Я. Винс.

В связи с арестом работников, региональные союзы баптистов прекратили свое существование. Оба баптистских печатных органа также были закрыты. «Баптист Украины» перестал издаваться в конце 1928 года. Последним вышел 11-й номер журнала.

После ареста П.В. Иванова-Клышникова прекратилась работа Библейских курсов. Арендованное в 1927 году здание Федерального союза в мае 1930 года было конфисковано. Были изъяты напечатанные, но еще не переплетенные десять тысяч Библий.

Чтобы укрепить свой контроль над союзом баптистов, власти провели в совет двух своих кандидатов - И.И. Бондаренко и В.И. Колесникова. Причины их представительства неясны, однако, они выступали на процессе Одинцова в качестве свидетелей обвинения. Но и они пали жертвой очередной волны арестов, последовавших за убийством Кирова и получили по пять лет. С их арестом в марте 1935 года Союз баптистов фактически прекратил свое существование.

Что же касается Союза евангельских христиан, то, несмотря на временное закрытие в 1930 году, он 'никогда полностью не останавливал своей деятельности. И.С. Проханов так и не вернулся в Советский Союз. В 1928 году его полномочия перешли к Я.И. Жидкову. На заседании Совета в 1931 году Проханов был избран почетным президентом (он умер в 1935 году в Берлине), а Я.И. Жидков был избран председателем. Б 1929 году Центральные органы Союза были вынуждены переехать в Москву. В середине 1935 года в Совет евангельских христиан входили: Я.И. Жидков (председатель), А.Л. Андреев (вице-председатель). А.В. Карев (казначей), И.С. Канальгин (секретарь) и М.А. Орлов. Вскоре на свободе остались только Андреев и Орлов, ставший после ареста Жидкова в 1937 году председателем Союза (в январе 1938 года).

В течение всей войны Орлов умудрялся не прекращать службы в единственной оставшейся в Москве церкви.

В 1940 году Союз евангельских христиан также прекратил работу.

Сталинские репрессии ставили своей целью не только искоренить лидеров. Арестовывали и многих местных пресвитеров, предъявляя обвинение в нарушении закона о культах, либо в кулачестве, либо в связях с заграницей, считавшихся предательством. А отправив в тюрьму пастора, легко было закрыть и молитвенный дом. Но даже в этот трудный период, когда многие из новообращенных капитулировали и оставили церковь, религиозная деятельность все-таки никогда полностью не прекращалась. Некоторые лидеры избежали ареста, уйдя в подполье, где умудрялись проводить тайные собрания.

Однако, в целом картина была печальная - все шло к концу. Весной 1930 года были арестованы 12 баптистских пасторов и конфискованы все церковные здания, кроме одного. В Москве было конфисковано пять церквей из шести.

Как это не парадоксально, но по горькой иронии, именно война спасла верующих от полного истребления.

После вторжения Гитлера в Советский Союз летом 1941 года и оккупацией Белоруссии, Украины и части России, на оккупированной территории стали возрождаться церкви евангельских христиан и баптистов. Верующие получали разрешения от немецкой комендатуры на проведение молитвенных богослужений. Комендатура предоставляла верующим клубы и брошенные большие дома для молитвенных собраний. Уцелевшие от арестов служители обходили и объезжали города, поселки и села и создавали церкви.

Возобновившие служения церкви объединялись в региональные союзы. Так в 1942 году на Украине был создан Приднепровский союз баптистов при активном содействии братьев Д.Д. Шаповалова, И.Я. Татарченко и других.

В Донбассе организовался Донецкий союз баптистов, во главе которого стали А. Ф. Зернов и А. Гаража. Центр Союза находился в г. Макеевка. При Донецком союзе баптистов был создан печатный орган, который издавал журнал «Голгофа», правда, тираж был небольшой и за период оккупации с 1942 г. по сентябрь 1943 г. вышло несколько номеров.