1995–1996 — Чечня. Сотрудники группы «А» участвовали в боевых действиях в Г розном, привлекались для ночного усиления в качестве мобильных групп антитеррора и дополнительной охраны Дома правительства и здания УФСБ в чеченской столице. Также они обеспечивали личную безопасность секретаря Совета безопасности РФ О. И. Лобова, находившегося в зоне боевых действий, проводили захваты вооруженных бандитов, сопровождали колонны с засекречивающей аппаратурой связи, боеприпасами и продовольствием.

1995 — Буденновск. В город на двух КамАЗах ворвалась хорошо вооруженная банда Ш. Басаева. Боевики захватили городскую больницу с медицинским персоналом и пациентами, включая рожениц и матерей с грудными детьми. Утром 17 июня сотрудники «Альфы» предприняли штурм больницы. Несмотря на тяжелейшие условия, штурм проходил успешно, террористы несли большие потери, что заставило их изменить свои планы. Ш. Басаев связался по мобильному телефону с Председателем Правительства Российской Федерации В. Черномырдиным. Захватив с собой более двухсот человек, боевики погрузились в автобусы и колонной направились в сторону Чечни. Недалеко от горного селения Зандак все заложники были освобождены. В результате бандитской акции в Буденновске погибло 130 мирных граждан, 18 работников милиции, 18 военнослужащих, включая трех сотрудников «Альфы» — майора Владимира Владимировича Соловова, лейтенантов Дмитрия Валерьевича Ря-бинкина и Дмитрия Юрьевича Бурдяева. Свыше 400 человек получили ранения различной степени тяжести. В заложниках находились около 2000 человек.

1995 — Махачкала, Республика Дагестан. Террористы захватили пассажирский автобус, направлявшийся по маршруту Махачкала — Нальчик. Некоторое время спустя террористы выпустили из автобуса одну женщину, которая сообщила, что под залогом находятся девять мужчин, семь женщин и двое детей. Террористы, удерживавшие заложников, были обезврежены бойцами спецподразделения. Старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А, В. Гусев.

1995 — Москва, Васильевский спуск. В непосредственной близости от Кремля мужчина в маске, вооруженный пистолетом Макарова, проник в автобус с 25 южнокорейскими туристами и объявил их заложниками. В случае невыполнения условий преступник угрожал взорвать автобус. В 20 ч сотрудники спецназа ФСБ заняли исходные позиции. Старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А. В. Гусев. С преступником велись длительные переговоры, в которых участвовал мэр Москвы Юрий Лужков. Около 22 ч террорист освободил всех удерживаемых женщин и трех мужчин. В 22.38 по команде руководителя операции директора ФСБ М. И. Барсукова начался штурм. Террорист открыл огонь из пистолета и был убит. Никто из заложников не пострадал.

1996 — село Первомайское, Республика Дагестан. Отряды под руководством Салмана Радуева, Хункар-паши Исрапилова и Турпал-Али Атгериева совершили вылазку на территорию Дагестана, атаковав местный Аэродром и военный городок батальона внутренних войск МВД. Основной удар был нанесен по вертолетной базе российских войск около города Кизляр — было уничтожено два вертолета Ми-8 и один топливозаправщик. Боевики вошли в город, где захватили больницу и родильное отделение, а также находящийся поблизости 9-этажный жилой дом. В заложниках оказалось около 2000 человек. 11 января террористы, отпустив большую часть заложников, выехали в Ичкерию на предоставленных автобусах, используя в качестве живого щита более ста человек. Колонна была остановлена федеральными силами возле села Первомайское. 13–15 января спецназ, используя артиллерию и вертолеты, штурмовал село, пытаясь освободить заложников. Операция по уничтожению террористов была завершена 18 января, однако большая часть бандитов прорвалась из окружения и ушла в Чечню. В Первомайском бойцы группы «А» (старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А. В. Гусев) вместе с «Витязем» проводили разведку боем на юго-восточной окраине поселка, выявляли и подавляли огневые точки противника, осуществляли огневое прикрытие подразделений МВД, оказывали медицинскую помощь и эвакуировали раненых с поля боя. Уже после завершения операции при разминировании погибли два сотрудника «Альфы» — майор Андрей Викторович Киселев и майор Виктор Михайлович Воронцов.

1997 — Москва, посольство Швеции. Вооруженный пистолетом и гранатой террорист захватил в автомобиле шведского торгового представителя Яна-Улофа Нюстрема. В результате переговоров тот был освобожден, а его место занял полковник А. Н. Савельев, предложивший себя в заложники. После того как у него случился острейший сердечный приступ, приведший в итоге к смертельному исходу, было решено незамедлительно начать активную фазу операции. В результате перестрелки преступник был уничтожен. Посмертно начальник штаба группы «Альфа» полковник Анатолий Николаевич Савельев был удостоен звания Героя России.

2000 — Новогрозненский, Чечня. Захват Салмана Радуева, главаря «армии Джохара Дудаева», осуществленный сотрудниками группы «А» в составе сводной оперативно-боевой группы Центра специального назначения ФСБ. Благодаря согласованным действиям разведки и спецназа охранники «террориста № 2» были разоружены, а сам он арестован.

2001 —Алхан-Кала, Чечня. Сотрудники «Альфы» участвовали в полномасштабной специальной операции по уничтожению банды одного из наиболее кровавых полевых командиров — Арби Бараева, отличавшегося маниакальной жестокостью и специализировавшегося на похищении людей и работорговле. В операции были задействованы сотрудники ЦСН, разведчики из 46-й бригады внутренних войск МВД, подразделения Министерства обороны. В результате скоротечного, но жестокого боя бандит и его охранники были уничтожены. При этом погиб рядовой Евгений Золотухин (посмертно удостоен звания Героя России).

11 июля 2001 г. — Майртуп, Чечня. Уничтожение одного из ближайших подручных Хаттаба — полевого командира Абу Умара, руководившего в 1990-х гг. учебным лагерем по подготовке диверсантов-взрывников на окраине Сержень-юрта в так называемом институте «Кавказ». Убитый являлся одним из организаторов взрывов жилых домов в сентябре 1999 г. в Москве и Волгодонске и многих других терактов. Первоначальный досмотр дома, где скрывался террорист, ничего не дал. Бойцы «Альфы» уже были готовы перейти в другой двор, как один из них бросил взгляд на показавшуюся ему подозрительной ступеньку деревянной лестницы. Спецназовцы заняли позиции вокруг дома. Когда один из офицеров отодрал половицу, то из-под лестницы ударили автоматные очереди. Сотрудник «Альфы» был ранен, но его товарищи уничтожили засевшего в укрытии Абу Умара. Большую роль в успехе операции сыграли бойцы отряда «Русь», которые двумя группами десантировались в селе в непосредственной близости от места, где находился бандит, и не дали ему уйти в горы.

2001 — Минеральные Воды. Террористом Султаном Саид Эдиевым, чеченцем по национальности, был захвачен автобус «Икарус», следовавший рейсом Невинно-мысск — Ставрополь. Террорист выдвинул требование об освобождении тридцати с лишним пассажиров в обмен на пятерых преступников, осужденных в 1994 г. за захват пассажирского самолета в Минеральных Водах. В нагрудный карман рубашки террорист поместил стакан с боевой гранатой Ф-1 с выдернутой чекой, вставленной запалом вниз. Кроме того, были замечены провода, идущие к поясу на животе. Как оказалось, там находилось полтора килограмма литого тротила. В результате безупречно проведенной снайперской атаки террорист был уничтожен. В ходе штурма автобуса никто из заложников не пострадал.