После провозглашения независимости Украины подразделение было реорганизовано в службу «С», которая стала самостоятельным структурным подразделением Службы безопасности Украины.

Через несколько лет после создания службы «С» стало понятно, что с ее ограниченными силами и средствами уже нельзя в полной мере эффективно решать вопросы по противодействию террористическим проявлениям.

23 июня 1994 г. был подписан Указ Президента Украины о создании Управления по борьбе с терроризмом и защите участников уголовного судопроизводства. Этот день, по сути, и стал днем рождения украинской «Альфы». Кроме непосредственно борьбы с терроризмом, на управление «А» были возложены функции, обусловленные принятием законов Украины «Об обеспечении безопасности лиц, участвующих в уголовном судопроизводстве» и «О государственной защите работников судов и правоохранительных органов». Задачи Управления отражены в его названии: борьба с терроризмом, нейтрализация террористов и освобождение заложников, захват членов организованных преступных группировок, охрана физических лиц.

30 ноября 2000 г. управление было преобразовано в Главное управление по борьбе с терроризмом, защите участников уголовного судопроизводства и сотрудников правоохранительных органов. Структурно оно состоит из трех управлений, центра специальной подготовки и подразделений обеспечения. Соответствующие подразделения существуют в Крыму и во всех областных центрах.

Учитывая сложность и специфику выполняемых задач, в Главном управлении сформированы группы, имеющие определенную специализацию. Имеются специалисты с хорошей воздушно-десантной подготовкой, мастера горного и городского альпинизма, водолазного дела, способные уйти под воду с корабля, самолета или вертолета в полной боевой экипировке. Есть переговорщики, кинологи, специалисты по инженерной подготовке, снайперы.

Группа имеет на вооружении все типы необходимого оружия производства бывшего СССР, Украины и иностранных производителей.

В рамках учений созданного Антитеррористического центра проводит совместные учения с аналогичными подразделениями Украины.

Все кандидаты на службу в группе проходят множество тестов и проверок. Из десяти человек, предварительно отобранных в армейских и других спецподразделениях, а также из спортсменов, успешно проходят тест 1–2. Основной состав подразделения — офицеры. Все имеют высшее образование, в основном юридическое, а некоторые из руководящих работников даже два. Система отбора кандидатов полностью соответствует мировой практике кадрового обеспечения подобных оперативно-боевых структур.

Подразделения «Беркут» входят в состав Министерства внутренних дел. Считаются резервом министра и подчиняются начальникам управлений внутренних дел областей. На сегодняшний день состоит из 2 полков, 6 отдельных батальонов и 19 рот общей численностью более 3250 человек.

5 декабря 1988 г. в системе МВД УССР было отдано указание об организации отрядов милиции особого назначения (ОМОН). На тот период отряды были сформированы в Киеве, Днепропетровске, Донецке, Львове и Одессе. Отдельные специальные роты формировались на базе полков патрульно-постовой службы.

После развала СССР на базе штатной и материальной структуры ОМОНов было решено создать милицейские подразделения быстрого реагирования уже во всех областных центрах. Необходимость в создании подобных подразделений первоначально диктовалась не столько политической обстановкой в стране, сколько крайне напряженной криминальной ситуацией.

Приказ о создании подразделения «Беркут» датирован 16 января 1992 г., но фактически боеспособные подразделения появились только к началу 1993 года.

В разные времена «Беркут» именовался батальоном милиции быстрого реагирования (БМБР «Беркут»), полком милиции быстрого реагирования (ПМБР «Беркут»), отдельным батальоном милиции особого назначения (ОБМОН «Беркут»), Подавляющее большинство операций по ликвидации организованных преступных группировок (например, крымской группировки «Башмаки») проводилось именно сотрудниками «Беркута».

Батальоны «Беркут» регулярно привлекаются для локализации и прекращения массовых конфликтов на межнациональной и политической почве.

Известны также столкновения сотрудников «Беркута» с футбольными фанатами.

Сводные отряды батальонов «Беркут» периодически направляются в длительные командировки в столицу страны, где несут службу по охране общественного порядка в периоды напряжения политической обстановки: во время Оранжевой революции 2004 г., во время роспуска Верховной Рады в 2007 году.

Известно, что милиционер «Беркута» — не просто милиционер, а сотрудник спецподразделения «Беркут», и это — призвание, которое требует полной самоотдачи служебному долгу.

На момент формирования в число задач подразделений «Беркут» входили:

охрана общественного порядка в местах со сложной криминальной обстановкой;

охрана общественного порядка при проведении массовых мероприятий;

охрана общественного порядка при возникновении чрезвычайных ситуаций;

пресечение групповых хулиганских проявлений и массовых беспорядков;

задержание особо опасных преступников, освобождение заложников;