В 14:45 министр обороны еще раз позвонил в канцелярию главы правительства, потребовав от Голды Меир разрешения на немедленное начало антитеррористической операции. Моше Даян мотивировал это тем, что ситуация вокруг заложников накалилась до предела и в любой момент рисковала выйти из-под контроля. Поскольку правительство, по всей видимости, не собиралось выпускать террористов на свободу, штурм следовало начать как можно раньше, пока боевики ничего не ожидают.

Поддаться требованиям террористов сегодня означало завтра превратить любую израильскую школу в потенциальную цель для нападения террористов. Так или иначе, но рано или поздно в одной из израильских школ неминуемо пролилась бы детская кровь. Это не было мрачным предположением Моше Даяна, в этом заключалась настоящая действительность, в которой жил Израиль, которую необходимо было принять.

По всей видимости, доводы министра обороны возымели свое действие на премьер-министра Голду Меир. После очередного совещания в 15:15 правительство выдало министру обороны мандат на проведение антитеррористической операции. Однако вмешались начальник Генштаба и командующий Северным военным округом. Они потребовали от правительства отсрочки как минимум на полчаса для ведения переговоров, чтобы как можно лучше подготовить атаку, улучив для нее наиболее удобный момент. Израильский премьер очень высоко ценила мнение как Моше Даяна, так и мнение Рафуля и Мота Гура, чтобы проигнорировать их требование. Таким образом, было принято компромиссное решение начать штурм школы в 16:30, за полтора часа до истечения срока ультиматума. Кабинет министров большинством голосов одобрил силовую акцию. Только один из 15 министров кабинета Голды Меир проголосовал «против». Тем не менее начальник Генерального штаба Армии Обороны Израиля генерал-лейтенант Мота Гур отдал приказ Рафулю о начале штурма только в 17:15.

Прошло более 13 часов со времени прорыва террористов в Маалот и захвата заложников. В 17:25 раздался первый выстрел снайпера, ставший сигналом к началу штурма. Снайперская пуля предназначалась главарю террористов и раздробила ему левое плечо. Несмотря на сильную боль и обильное кровотечение, Рахим не потерял сознание и ни на секунду не поддался панике. Он отскочил от окна и, пригибаясь к полу, побежал в конец коридора, где находился другой террорист, 27-летний Али Ахмад Хасан Лину. Единственное место, откуда можно было сейчас ожидать появление спецназа, была лестница. Как ни странно, но Рахим не торопился расправиться с заложниками, вероятно полагая, что на это у него еще хватит времени, тем более что в классе постоянно находился третий террорист.

Сразу после первого выстрела группа майора Амирама Левина через центральный вход ворвалась в здание школы. Именно на эту группу возлагалась самая ответственная часть операции: подняться на второй этаж и ликвидировать боевиков до того, как они начнут расстреливать заложников или приведут в действие взрывные устройства. Заскочив в просторный холл, Левин пропустил вперед вспомогательную группу, которой командовал молодой офицер «Сайерет Маткаль» капитан Цвика Либне (Zvika Libne). Его бойцы должны были подняться на второй этаж и ликвидировать террориста, контролировавшего лестничный пролет и коридор, расчистив дорогу группе майора Левина.

В первые секунды штурма спецназовцы никого не заметили и продолжили движение в направлении лестницы, ведущей на верхние этажи. Первым бежал капитан Цвика Либне. Поднявшись на полтора этажа, он в считаных метрах от себя заметил первого террориста – 27-летнего Али Ахмад Хасан Лину. Не останавливаясь, прямо на бегу, он выстрелил в террориста и метнул в его сторону фосфорную гранату. Как позже выяснилось, это была роковая ошибка. Раздался глухой хлопок, и во все стороны полетели шипящие ярко-белые искры. Даже небольшой капли фосфора на теле, как полагал Цвика, было вполне достаточно, чтобы нейтрализовать террориста, поскольку, когда станет гореть его плоть, он меньше всего будет думать о том, чтобы расправиться с заложниками. Несмотря на то что спецназовцев и Али Ахмад Хасан Лину разделяли всего лишь четыре метра, ему удалось уйти невредимым и укрыться в конце коридора. А его место занял раненный в плечо Рахим. Извергая неистовые проклятия, он, не показываясь из-за угла, высунул автомат и дал вниз по лестничному пролету длинную очередь из автомата Калашникова. Пули прошли в считаных сантиметрах от головы капитана Цвики Либне, чудом не задев его. Однако бойцам, бежавшим следом за ним, повезло меньше. Первый же спецназовец получил тяжелейшие ранения. Пули попали ему в живот, бедро и раздробили тазобедренный сустав. Другой боец получил автоматную очередь в ногу и еще один спецназовец, рикошетом от стены, ранение в лицо. Они кубарем скатились по лестнице, своими телами перекрыв проход наверх остальным бойцам группы Цвики. Чтобы не сорвать темп прорыва, капитан Цвика Либне в одиночку бросился преследовать террористов, пока остальные бойцы подтягивались к нему. Он выбежал на второй этаж и осторожно выглянул из-за угла. Перед ним, как он и ожидал, открылся длинный Т-образный коридор, расходящийся в противоположные стороны. Пока спецназовцы пробирались наверх, через тела своих раненых товарищей, фосфорная граната стала извергать плотные клубы дыма, который мгновенно заполнил весь лестничный пролет и коридор, ослепив как террористов, так и преследовавших их бойцов «Сайерет Маткаль». Дым был настолько плотным, что в скором времени ничего невозможно было различить уже на расстоянии полуметра. Вместе с тем спецназовцы успели наизусть заучить планировку школы и могли действовать практически вслепую. Справа, примерно в 16 метрах по коридору, находилась дверь в класс, в котором удерживались заложники и, по всей видимости, укрылись боевики. Согласно первоначальному плану, на этом этапе операции группа капитана Цвики Либне должна была уступить место бойцам майора Амирама Левина, однако из-за спины никто так и не показался. Не понимая, что происходит, капитан Либне дал несколько коротких автоматных очередей и засел за углом, оставшись прикрывать коридор.

А группа майора Амирама Левина в это время бежала наверх по лестнице. Из-за плотной дымовой завесы ничего невозможно было разобрать. Именно по этой причине Амирам Левин ошибся и, вместо того чтобы подняться на второй этаж, пробежал всего лишь один пролет и оказался на первом этаже. Ему понадобилось не менее 15 секунд, чтобы понять, что он ошибся этажом, но именно эти секунды оказались критическими.

Агонизирующий Рахим вбежал в класс, чтобы расправиться с заложниками. В этот момент ему навстречу бросился 17-летний паренек, попытавшийся своим телом преградить террористу вход в класс. Поскольку силы были явно не равны, предводитель террористов быстро повалил школьника на пол и расстрелял его в упор. Затем в бессильной ярости он, прямо с порога, стал расстреливать детей, не обращая внимание на то, что в классе находятся двое других боевиков, которых он рисковал задеть. Укрыться было негде, бежать было некуда. Размеры класса, в котором набилось около сотни детей, составляли шесть на восемь метров. Дети вскочили с пола и в панике бросились к окну. Девушек и парней террористы намеренно рассадили в разные стороны, и теперь, во время бойни, девушки невольно стали живым заслоном между парнями и Рахимом. Раненые падали в единую живую кучу. Чтобы полностью довершить свое злодеяние, Рахим вытащил осколочную гранату и, сорвав чеку, бросил ее в кучу раненых детей. В первые же секунды кровавой бойни погибли 22 заложника – восемнадцать девушек и четверо парней, итог был более чем ужасающий.

Группа Муки Бецера должна была с началом штурма по приставной лестнице, через окно ворваться в класс, в котором террористы держали заложников. Проблема заключалась в том, что не было дано предварительной команды о начале операции. Выстрел снайпера стал такой же неожиданностью для террористов, как и для группы опытнейшего офицера «Сайерет Маткаль» майора Муки Бецера. Пока Муки со своими бойцами подбежал к окну и приставил лестницу, практически все уже было кончено. Спецназовцы бросились по приставной лестнице наверх в класс, но в этот момент им прямо на голову полетели школьники, пытавшиеся хоть таким способом спасти свои жизни. В дополнение к этому сверху полетела осколочная граната, которую Рахим метнул вдогонку заложникам. Вокруг царили такие хаос и неразбериха, что спецназовцы, растерявшись, не понимали, что следует предпринять. Они остановились и замерли на лестнице. Дым был настолько плотным, что две группы «Сайерет Маткаль» рисковали попасть под перекрестный огонь друг друга. В классе продолжали раздаваться автоматные очереди, и бойцы Муки Бецера, как и он сам, в какой-то момент ошибочно посчитали, что это группа майора Левина ворвалась в класс и сейчас занимается ликвидацией террористов.