Одновременно с созданием МО РВСР происходит перестройка органов управления флотами. 5 декабря 1918 г. передана телеграмма Л. Д. Троцкого о том, что РВСР принял решение поставить во главе морских сил на Балтийском море РВС флота в составе начальника морских сил С.В. Зарубаева, членов РВС Б.П. Позерна и С.П. Нацар енуса. Одновременно объявлялся распущенным Совет комиссаров Балтийского флота (Совкомбалт) [953] .

В марте 1919 г. в Петрограде разработали проект «Положения о РВС БФ» [954] , исходя из указаний комиссии под председательством коморси (с участием членов РВС БФ и комиссара МГШ). Подготовила проект Юрисконсультская часть штаба БФ и представители МГШ. К «Положению о РВС БФ» прилагалось «Основное положение о составе и взаимоотношениях РВС БФ».

Согласно проекту РВС БФ назначался, а не избирался, и становился «высшей военной и политической властью на Балтийском флоте». РВС БФ был ответственен только перед РВСР. Он обладал правом назначения и перемещения должностных лиц вплоть до командиров судов 1 ранга, предоставления отпуска «внутри Республики» продолжительностью до двух месяцев, а раненым и больным – до четырех месяцев. РВС БФ обладал правом давать директивы командующему флотом, все распоряжения командующего должны были визироваться одним из членов РВС и без такой визы были недействительны [955] .

Согласно «Основному положению о составе и взаимоотношениях РВС БФ» совет состоял из «политических членов» и командующего флотом «как высшего военного руководителя». «Политические члены» обладали высшей политической властью на флоте, ведали «политическо-социальным воспитанием», один из них непосредственно заведовал Политотделом флота, другой – состоял при командующем. Круг деятельности РВС определялся «Положением о РВС БФ» [956] .

В марте 1919 г. по поручению В. М. Альтфатера, Е. А. Беренса и Л. М. Рейснер было создано два проекта: основного положения о составе и взаимоотношениях чинов РВС БФ и положения о РВС БФ. Они были обсуждены в Петрограде при участии начальника МГШ Е. А. Беренса, наморси Балтийского моря бывшего контрадмирала А. П. Зеленого, членов РВС БФ А. В. Баранова и В. И. Пенкайтиса, комиссара Л. М. Рейснер, представителей МГШ и штаба БФ, однако «дальнейшего движения эти проекты не получили» [957] . До октября 1919 г. проект так и не был утвержден [958] .

Одновременно с созданием МО РВСР значительно сократилась численность центральных управлений, и появилась идея перевести значительную их часть (если не все органы управления тылом флота) в Петроград. Стали предпринимать действия в этом направлении. В конце 1918 г. в Петрограде утвержден в должности уполномоченный РВСР. ГУК полностью переведено в Петроград, «на очереди» стоял вопрос о переводе туда же ГМХУ. Складывалась редкая для истории отечественного флота ситуация, когда его центральные учреждения могли оказаться территориально разнесенными.

Вопрос о связи центральных органов управления с периферией стоял тогда весьма остро. Например, осенью 1918 г. особая комиссия обследовала состояние Балтийского флота и обнаружила очень плохую связь начальника морских сил моря с МГШ [959] . Это породило идею создания информационного бюро в Петрограде для связи с центральными учреждениями. Вопрос о формах координации решался довольно долго. Только 21 декабря 1918 г. приказом РВСР И. И. Вахрамеев был назначен уполномоченным РВСР по снабжению флота в Петрограде [960] . 1 января 1919 г. его полномочия были расширены, он стал управляющим техническо-хозяйственной частью морского ведомства [961] . В тот же день было объявлено «Положение об управляющем техническо-хозяйственной частью морского ведомства и уполномоченном РВСР по снабжению флота в Петрограде» [962] . В круг ведения уполномоченного перешли ГУК, ГМХУ, ГГУ, управление заводами и портами морского ведомства, военный отдел при Коллегии наркомата по морским делам (НКМД) в Петрограде. Главной задачей уполномоченного стали достройка и ремонт кораблей в Петрограде.

16 июля 1919 г. начальник исторического отделения МГШ Н. В. Новиков в письме упморкому Н. И. Игнатьеву упоминал о том, что в Петроградское отделение МГШ (Петрогенмор) входят историческое отделение и канцелярия Петрогенмора. Другое ее название – информационное отделение. Еще осенью 1918 г. отмечали, что это название неудачное. «Полагаю, что «информационное бюро» своим названием пугает людей дела, так как с понятием информации связано что-то неважное, необходимое лишь как одно из бесчисленных средств осведомления», – говорилось в док ладе особой комиссии, которая обследовала состояние Балтийского флота в начале осени 1918 г. По мнению работников той же комиссии, необходимо было реорганизовать работу бюро, поскольку она не систематизирована [963] .

Штаты этих учреждений к тому времени были сокращены до предела. Так, в Историческом отделении работали, кроме самого Н. В. Новикова, еще два сотрудника – заведующий архивом и библиотекой, а также делопроизводитель-архивист. В канцелярии трудились всего четверо, включая заведующего, машинистку, служащего для поручений («на вакансии машиниста») и сторожа. По новому штату канцелярия упразднялась и сливалась с Историческим отделением, причем сокращалась должность младшего помощника начальника отделения (которую занимает начальник Канцелярии Петрогенмора Н.Н. Рихтер) и одна должность машиниста [964] .

24 июля 1919 г. ставится вопрос о создании Центральной регистратуры НКМД в Петрограде [965] . Кандидатом в заведующие стал М. Н. Варфоломеев, бывший младший чиновник Архива Морского министерства, занимавший в тот момент должность заведующего временным архивным подготовительно-справочным отделом флота и морского ведомства. В регистратуре предусматривалось 8 должностей комсостава и столько же некомсостава.

Уход немцев с Украины и занятие ее советскими войсками в конце 1918 – начале 1919 гг. поставило вопрос о возрождении Черноморского флота под вывеской военно-морских сил УССР. Характерно, что ни о какой реальной самостоятельности украинского советского флота речь не шла даже теоретически. 6 апреля 1919 г. Н. И. Подвойский, занимавший тогда должность наркомвоенмора Украины, обратился к В. М. Альтфатеру и Л. М. Рейснер с просьбой указать кандидатуру для замещения должности комфлота и командира экипажа. Морское управление Украины выдвинуло на пост комфлота бывшего капитана 1 ранга А. И. Шейковского (в документе назван «Швейковским»), комиссаром при нем матроса А. В. Полупанова. В качестве командира экипажа был предложен бывший прапорщик по морской части С. В. Максимов. На должность начальника Морского управления Украины был выдвинут бывший прапорщик по механической части А. Т. Дармороз (в документе назван «Дарморос») [966] .