Биографические очерки Филиппова о Яне Гусе, Ньютоне, Паскале, Лейбнице, Канте, Леонардо да Винчи и Лессинге печатались в серии «Жизнь замечательных людей». «Психологические исследования. Закон перцепции», «Пространство Лобачевского и многомерное пространство», «О природе рентгеновских лучей», «Наследственность по Вирхову», «Субъективизм и народничество», «Опыт программы по самообразованию», «Элементарная теория вероятностей» – вот названия лишь некоторых печатных работ Михаила Филиппова. В трёхтомном «Энциклопедическом словаре» под редакцией М.М. Филиппова, изданном в 1901 году П.П. Сойкиным, почти все статьи были подготовлены самим Михаилом Михайловичем.

В январе 1894 года Михаил Филиппов становится редактором основанного им журнала «Научное обозрение», на страницах которого печатались работы Д. Менделеева, Н. Бекетова, П. Лесгафта, В. Бехтерева, Ф. Эрисмана, А. Богданова, Г. Плеханова, В. Засулич, В. Ульянова-Ленина, переводы трудов К. Маркса, Ф. Энгельса, Ч. Дарвина, Г. Гельмгольца и В. Рентгена. В последнем, майском, номере журнала за 1903 год была опубликована знаменитая статья Константина Циолковского «Исследование мировых пространств реактивными приборами» – та самая работа, которая закрепила за автором право называться основоположником космонавтики.

О таланте Михаила Филиппова на редакторском посту красноречиво повествует история, опубликованная в 2007 году на страницах московского журнала «Патрон», в статье «Лучи смерти для счастья человечества»: «По признанию калужского учёного, которого вечно мытарили и нигде не желали печатать, он специально придумал для статьи “тёмное и скромное название”. Мысль была по тем временам крамольной: впервые в мире высказывалась идея жидкостного и электрического реактивного двигателя и выхода человека из космического корабля в открытый космос. Филиппов загорелся желанием опубликовать работу, но цензор заявил, что космическое пространство есть творение божье, следовательно, вторжение в него человека – богохульство.

Цензоров было несколько, и редактор журнала пытался втолковать свой довод об огромном научном значении работы то одному, то другому – те держали глухую оборону. После очередной попытки разъярённый Филиппов влетел в редакцию и как раз нарвался на Менделеева. Дмитрий Иванович взял статью, заинтересованно просмотрел её и задумался. “Цензор есть цензор, – сказал он. – Он получает жалованье не за разрешение, а за запрещение. А вы вот что сделайте: сведите всё к привычной для них пиротехнике. И заявите, что поскольку речь идёт о ракетах, то это весьма важно для устройства фейерверков на торжественных праздниках в честь высочайших особ. И особенно – на праздновании тезоименитства государя! Небось, поостерегутся с запрещением-то”.

На этот раз Филиппова принял А. Елагин, слывший самым ретивым. И что же? Как в воду глядел Дмитрий Иванович – недоверчиво выслушав новые доводы редактора, тот долго вертел в руках карандаш, прикидывая так и эдак. И поостерёгся-таки, разрешил».

Этот майский номер журнала «Научное обозрение» оказался последним: журнал прекратил существование после смерти своего главного редактора, который не дожил восемнадцати дней до своего 45-летия: 12 июня 1903 года Михаила Филиппова нашли в его лаборатории мёртвым…

В сборнике «100 великих загадок ХХ века», вышедшем в 2004 году в издательстве «Вече» (редактор-составитель – Н. Непомнящий), была опубликована статья «Загадочное изобретение доктора Филиппова». Из этого текста мы можем узнать, что Михаил Филиппов и его семья проживали в Санкт-Петербурге, на пятом этаже дома № 37 на улице Жуковского (дом принадлежал вдове М.Е. Салтыкова-Щедрина). Там же, рядом с его квартирой, располагались и редакция «Научного обозрения», а ниже – на 4-м этаже – лаборатория учёного. Тело Филиппова обнаружили поздно – ещё накануне вечером он предупредил своих домашних, что будет проводить ответственный эксперимент, работа может завершиться далеко за полночь, а потому просил не будить его до полудня. Когда тело Филиппова нашли, он был мёртв уже несколько часов. Филиппов лежал на полу рядом со столом, заставленном реактивами и химической посудой.

Рядом с ним обнаружили листок бумаги, на котором его рукой бегло была сделана запись: «Опыты над передачею взрыва на расстоянии. Опыт 12-й. Для этого опыта необходимо добыть безводную синильную кислоту. Требуется поэтому величайшая осторожность, как при опыте со взрывом окиси углерода. Опыт 13-й: взрыв окиси углерода вместе с кислородом. Надо купить элементы Лекланше и Румкорфову спираль. Опыт повторить здесь в большом помещении по отъезде семьи…». По тому, как были написаны последние слова, можно сделать вывод, что записка осталась неоконченной.

У обнаруживших тело Михаила Филиппова создалось впечатление, что упал он внезапно, как подкошенный. Это потом подтвердили и эксперты: по положению тела и ушибам на лице. Но что касается причины смерти – здесь единства мнений не было.

Доктор Полянский был первым из врачей, кому довелось освидетельствовать тело. О причинах смерти Полянский первоначально сделал следующую запись: «Mors ex causa ignota» («Смерть по неизвестной причине»).

После этого, в ночь на 15 июня, тело М.М. Филиппова по распоряжению судебных властей было перевезено в Мариинскую больницу. По решению властей к расследованию был привлечён делопроизводитель Главного артиллерийского комитета полковник Гельфрейх, которому было поручено произвести экспертизу опытов, проводившихся Филипповым в ночь его смерти.