Выполнив секретное поручение, подьячие Приказа тайных дел были обязаны немедленно докладывать об этом лично царю. Если доклад был письменным, то излагать на бумаге суть поручения запрещалось. В этом случае писалось, что указ выполнен, возможны были варианты с дополнительными комментариями.

Когда нужно было доставить особо важное, секретное письмо иностранному правителю, собственному послу или воеводе, царь посылал запечатанный пакет не с обычным гонцом, а с одним из подьячих Приказа тайных дел. При этом подьячему давались дополнительные задания разведывательного характера: разузнать информацию, интересующую царя, собрать сведения о настроении населения, с некоторыми лицами наедине провести доверительные беседы по вопросам, перечисленным в тайном наказе, составленном лично царем. Подьячим предписывалось скрывать свое истинное место службы и выдавать себя за другого, то есть действовать «под прикрытием».

Подьячие Приказа тайных дел и посольские дьяки, ведавшие поддержанием связи с царскими представителями в зарубежных странах, осуществляли зашифрованную переписку. Ключ к расшифровке этих посланий не записывался, его заучивали наизусть. Существовали различные варианты секретного письма, и, как предписывалось по правилам конспирации, никто из подьячих не должен был знать все варианты тайнописи.

Как правило, она составлялась по одному из наиболее примитивных способов зашифровки (с позиций нашего времени), получившему название «тарабарской грамоты». Иногда она также называлась «литореей» (т.е. «буквенной», от лат. «litera»). Секрет этого способа в том, что одни буквы подменялись другими. Такое письмо иногда называлось «затейным». Нередко писцы писали фразы в обратном порядке, составляя своеобразные криптограммы, иногда не дописывали буквы – такой шрифт назывался «полусловицей».

Для доведения информации до служащих царя о событиях, произошедших за рубежом, в Москве с 1621 г. начали издаваться «Куранты» (нем. «couraten» – «текущие известия») – рукописный бюллетень Посольского приказа в количестве двадцати номеров в год. Целью издания было информирование правительства о заграничных событиях. Источником служили в основном польские, немецкие и голландские газеты, другие издания, письма русских людей из-за границы.

После кончины царя Алексея Михайловича в 1676 г. Приказ тайных дел был упразднен.

Стрелецкие отряды и стража осуществляли слежку за всеми сотрудниками иностранных посольств. Сотрудникам иностранных посольств запрещалось разговаривать с жителями Москвы, особенно с другими иностранцами. Стража подвергала строгому допросу всех желающих видеть иностранного посла, после этих бесед желание у посетителей видеть посла само собой отпадало. Если иностранец, служивший в русском войске, просил у своего начальника разрешения повидаться с посольскими людьми, ему не отказывали, но внушали при этом оставить свое намерение, чтобы не возбудить подозрение при дворе царя. Женщинам России контакты с иностранцами вовсе запрещались. Из отряда стрельцов, ежедневно стороживших Посольское подворье, несколько человек размещались по тайным углам (в секретах) с целью предупреждения и пресечения нежелательных посещений.

Стрелецкий приказ осуществлял функции по сыскным делам и пыточным допросам, а также охране преступников.

В 1654 г. с воссоединением Украины и России в Москве был учрежден Малороссийский приказ, осуществляющий помощь в управлении Украиной Богдану Хмельницкому, а после его смерти в 1669 году и всей Украиной (Малороссией).

Разведывательная деятельность на Украине осуществляли дьяки и подьячие Малороссийского приказа.

Местное управление. Губные избы создавались как полицейские органы по борьбе с разбойниками, убийцами, ворами поджигателями и сыском беглых крепостных. Позднее на них возлагались и управленческие функции. Губные старосты объявляли административные распоряжения, ведали губной тюрьмой. В XVII в. компетенция губных органов стала еще шире по сравнению с периодом их создания и включала все дела местного управления. Разбойная изба (позднее – приказ) в Москве имела контрольные функции относительно губных органов, привлекала к ответственности самих губных старост и целовальников за взяточничество и другие злоупотребления. Во второй половине XVII в. самостоятельность губных органов была ограничена, контроль за ними, а в определенной мере и их обязанности возложены на представителей центральных правительственных органов, губные грамоты использованы при составлении Уставной книги Разбойного приказа. Постепенно Уставная книга этого приказа заменила губные грамоты. Губные грамоты и Уставная книга Разбойного приказа явились важными источниками Соборного уложения 1649 г. Губные и земские органы не были достаточно определенно и четко соединены с приказами, центральным управлением, строились на выборных началах. Губные избы подчинялись Разбойному приказу, который осуществлял лишь общее руководство их полицейской деятельностью. Деятельность губных изб по другим направлениям контролировалась соответствующими приказами.

Земские избы состояли из старост и выборных "лутчих" людей. При земской избе состоял земской дьяк. Избранные старосты утверждались царской грамотой. Грамоты угрожали наказанием тем представителям земского управления, которые будут пользоваться своими правами и обязанностями в своих личных корыстных целях или нарушать установленные грамотами порядки. Для осуществления своих функций земские власти пользовались существовавшими ранее выборными сотскими, пятидесятскими. Образование земских органов происходило одновременно с ликвидацией органов кормления. Земские органы осуществляли суд по всем делам, в том числе по тем, которые были подсудны губным избам. Земские органы исполняли и полицейские функции.

В начале XVII в. во многие уезды и города правительственной властью назначаются воеводы. Воеводы являлись властью административной и военной (командовали вооруженными отрядами, расположенными над подведомственной им территории), управляли судом и полицией. Им подчинялись местное самоуправление и городовые приказчики. В помощь воеводе был создан специальный аппарат – приказная (или съезжая) изба с дьяками и подьячими, приставами, рассыльщиками и другими должностными лицами.

Вооруженные силы в этот период были существенно реорганизованы: во-первых, упорядочена организация дворянского ополчения в связи с принятым Уложением о службе 1557 г., во-вторых, создано постоянное стрелецкое войско из людей «по прибору» (т.е. по найму). Стрельцы поселялись в специальных слободах. В начале XVII в. были созданы постоянные, регулярно пополняемые полки – рейтарские, пушкарские, драгунские и т.д. Появилась пограничная служба. На воевод, посылаемых в окраинные местности, возложены функции по организации охраны границ, создание крепостей, «засек», острожек. Созданы драгунские полки из крестьян некоторых пограничных уездов.

Уголовное право. Значительное большое внимание стало уделяться систематизации правового материала. Кроме кодификации, был выработан и закреплен в Судебнике 1550 г. (ст. 98) принцип последующей систематизации нормативных актов, не вошедших в судебники. Новые указы, касавшиеся ведомства того или иного приказа, должны были «приписываться» им к тексту действовавшего судебника. В результате появились указные или уставные книги приказов. Среди них одна из первых – Уставная книга Разбойного приказа 1555–1556 гг. Она содержала нормы уголовного права и процесса. Эти нормы свидетельствуют об усилении полицейской политики, о широком применении "розыска". С 1616 г. началась выработка новой Уставной книги Разбойного приказа. В основу Судебника 1550 г. были положены статьи Судебника 1497 г. В 1622–1648 гг. создана Уставная книга Земского приказа судебно-полицейского учреждения Москвы. В 1649 г. создан кодекс России – Соборное уложение. Для составления проекта нового кодекса была учреждена специальная комиссия. Проект подробно обсуждался представителями Земского собора, после чего в 1649 г. его утвердили Собор и царь. Соборное уложение было первым печатным кодексом России, разосланным во все приказы и на места.