Соборное Уложение 1649 г. создало правовую основу для преследования государственных преступников. Так, глава II называлась «О государской чести и как его государское здоровье оберечь». Проступки против «государской чести» делились на три группы: государственная измена; покушение на жизнь и здравие государя; покушение на власть с намерением «Московским государством завладеть и государем быть».

В это время следствие поручалось воеводам с последующей передачей дел в приказы: Разрядный. Сыскных дел, Большого Дворца, Посольский и в Приказ Новгородской чети. Смертная казнь по Уложению 1649 г. полагалась за 60 видов преступлений, по современному ему французскому законодательству за 115 преступлений.

Соборное уложение царя Алексеи Михайловича 1649 г. включало традиционную норму о доносе, а также наказание за недоносительство смертью: «А будет кто, сведав или услыша на царьское величество в каких людех скоп и заговор или иной какой злой умысел, а государю, и его государевым боярам и ближним людем, и в городех воеводам и приказным людем про то не известит... и его зато казнити смертию безо всякия пощады».

Соборное уложение предусматривало две формы процесса: розыск и суд. Розыскной процесс применялся по всем уголовным делам, исключая мелкие и незначительные. Как и по Судебнику 1497 г., розыск мог начинаться без заявления потерпевшей стороны, по инициативе государственного учреждения. Последнее вело активное следствие по делу (опрос свидетелей, повальный обыск, применение пыток), после чего выносило приговор. Наиболее жестко велось следствие по делам о преступлениях против государя и государства. В качестве доказательства применялся «общий обыск» и «повальный обыск». «Общий обыск» заключался в опросе всего населения относительно фактов совершения преступлений. «Повальный обыск» состоял в опросе местных жителей относительно конкретного, определенного лица, подозреваемого в совершении преступления.

В 1682 г. было отменено местничество. Укреплялась приказная система управления, подчиненная непосредственно царю: одни приказы были упразднены, другие объединены. Царь Петр I сохранил Посольский приказ, в функции которого входила внешняя разведывательная деятельность, позднее он был преобразован в Коллегию иностранных дел в связи с общей реорганизацией правительственного аппарата. Было создано постоянное царское войско: дворянское войско насчитывало 6 тыс. человек, постоянное войско 82 тыс. стрельцов, рейтаров, драгун, солдат. Роль боярской думы снизилась. Она была уже не постоянным органом управления. Ее место стала занимать «Тайная», или «Ближняя» дума, из небольшого числа близких царю лиц, с которыми он решал основные вопросы.

При царе, позднее императоре Петре I, предприняты первые попытки иметь своих представителей при иностранных армиях. В роли военных агентов выступали дипломаты, которые одновременно выполняли и разведывательные задания.

24 января 1722 г. был издан Табель о рангах, согласно которому все командные должности в государственном аппарате должны занимать представители дворянства. В Табеле приводился перечень военных чинов: морских, сухопутных, артиллерийских, гвардейских; а также гражданских и придворных. Чины, установленные для разных ведомств, подразделялись на XIV классов. Службу нужно было начинать с низших чинов. Устанавливались сроки службы в определенном чине. Служба для дворян при Петре I являлась обязательной и пожизненной. В 1730 г. был установлен 25-летний срок их службы, которая начиналась с 20 лет. По манифесту Петра III (1762 г.) дворяне освобождались от обязанностей военной и государственной службы.

Хотя церковь и до Петра I была теснейшим образом связана с государственной властью, Петр превратил эту связь в прямую, формальную зависимость, подчинив церковь государству, бесцеремонно вмешивался в отправление религиозных обрядов и таинств.

Именно при нем в России было введено принудительное и контролируемое причащение всех православных. Священники обязывались регулярно вести так называемые клировые ведомости и отмечать в них лиц, бывших или отсутствовавших на исповеди и причастии. Все уклоняющиеся от исповеди рисковали своим благополучием и даже свободой.

С этих пор и церковь выступала в качестве института, обязанного нести надзор за населением империи. Петр отменил через Святейший Синод и тайну исповеди. Приходские священники были обязаны неукоснительно сообщать в Преображенский приказ, а впоследствии, с 1718 г., в Тайную канцелярию о признаниях на исповеди, затрагивавших интересы государства. Огосударствление Русской православной церкви при Петре I привело к широкому распространению раскола и сектантства.

Этот период характеризуется развитием тайного сыска. Его чертами как явления представляются следующие. Во-первых, направленность (и объективная – с точки зрения нормативно-правовой базы, и субъективная – с точки зрения реалий практической деятельности) спецслужб прежде всего на борьбу с оскорблением личности государя в разных формах. Во-вторых, применение в процессе следствия пытки, причиной чего было гипертрофирование признания (или напротив – непризнания) подследственным своей вины как главного доказательства. В-третьих, отсутствие у тогдашних спецслужб местного аппарата.

Центральные органы власти и управления. Во главе государства стоял абсолютный монарх, которому принадлежала высшая законодательная, исполнительная, судебная власть. Он являлся главнокомандующим вооруженных сил страны.

В 1701 г. функции Думы перешли к «Ближней канцелярии», объединявшей работу важнейших государственных органов. Лица, состоявшие в ней, именовались министрами, а их Совет получил название Конзилии министров (количество ее членов колебалось от 8 до 14 человек). С учреждением в феврале 1711 г. Сената окончательно перестала функционировать Боярская дума. Царь контролировал деятельность Сената через специально созданные органы. Здесь обсуждались и решались голосованием основные вопросы, подведомственные Сенату, вначале – единогласно, а с 1714 г. – большинством голосов. При Сенате имелся разрядный стол (позже его сменила герольдмейстерская контора во главе с герольдмейстером), ведавший учетом дворян, прохождением ими службы, назначением дворян на государственные должности; расправная палата – для расследования служебных преступлений и злоупотреблений; генерал-рекетмейстер – для приема и рассмотрения жалоб на центральные учреждения. При Сенате существовало несколько особых должностей: фискалы – они должны были «тайно проведывать, доносить и обличать» все злоупотребления должностных лиц, как высших, так и низших, надзирать за исполнением законов, преследовать казнокрадство, взяточничество и хищения, совершенные должностными лицами. Во главе фискалов находился генерал-фискал, назначавшийся царем, со своим обер-фискалом, назначавшимся Сенатом. Им подчинялись фискалы при коллегиях, провинциал-фискалы в губерниях и городовые фискалы в городах. До образования коллегий (1718–1720 гг.) средством административной связи Сената с местными учреждениями служили губернские комиссары, состоявшие при Сенате (по два от каждой губернии).

Независимое положение в Сенате занимал генерал-прокурор со своим помощником – обер-прокурором. Должность генерал-прокурора была учреждена в 1722 г. для гласного надзора за деятельностью всех учреждений, в том числе и Сената. Генерал-прокурору, ответственному только перед царем, подчинялись прокуроры, учрежденные при коллегиях и надворных судах. Он возглавлял сенатскую канцелярию. Все дела, поступавшие в Сенат, обязательно проходили через генерал-прокурора и им вносились на рассмотрение. Он созывал заседание Сената и председательствовал на них, пользовался правом донесения царю о неправильных действиях Сената, обладал законодательной инициативой.