По распоряжению правительства Ю. Долгоруков должен был двинуться из Арзамаса в Симбирск на соединение с Ю. Барятинским. Однако оставить Арзамас Долгорукову было нельзя, т. к. со второй половины ноября на землях Арзамаского уезда вновь вспыхнуло восстание. Особенно большое беспокойство Долгорукову доставляли повстанцы, активно действовавшие южнее Арзамаса, близ Темникова. Узнав о численности и расположении повстанцев, многие из которых прибыли из района Саранска, Долгоруков посылает туда двух полковых воевод: К. Щербатова и И. Лихарева.

В дальнейшие планы Долгорукова входило выполнение правительственного распоряжения – соединение под Саранском, после усмирения восстания в Темниковском уезде, с войском Ю. Барятинского и полкового воеводы В. Панина. С большим упорством повстанцы защищали Темников, сконцентрировав здесь значительные силы. После взятия в начале декабря нескольких воевод Темникова, сопротивление повстанцев не ослабело, а, наоборот, усилилось. 9 декабря Долгоруков приблизился к осажденному городу.

Под напором превосходящих сил противника повстанцы вынуждены были отойти к Троицкому острогу. Крупные бои развернулись также под селами Зарубино и Ачадово, где находились отряды Михаила Харитонова. Потерпев неудачу при попытке задержать натиск противника в Зарубине, Харитонов отступил к селу Ачадово, где произошло решающее сражение. Бой длился с трех часов дня до четырех часов ночи. Видя, что сопротивление бесполезно, оставшиеся в живых повстанцы под покровом темноты ушли в окрестные леса.

Через несколько дней каратели, возглавляемые Щербатовым, овладели Нижним и Верхним Ломовом. Под Нижним Ломовом был взят в плен видный предводитель восставшего народа Василий Федоров. А в конце декабря 1670 г., несмотря на упорное сопротивление повстанцев, войска Щербатова захватили Пензу.

Упорнейшие сражения между правительственными войсками и повстанцами развернулись осенью 1671 г. в Арзамасском и Нижегородском уездах. С большим трудом Долгорукову удалось рассеять повстанцев под Арзамасом. Тысячи крестьян из сел Богородицкого, Ворсмы, Лыского, Мурашкино, Сосновского и др. двинулись к Нижнему Новгороду. Создалась угроза Арзамасу с севера. В селе Афанасьеве разрозненные силы повстанцев объединились.

Посланные Долгоруковым в Нижегородский уезд ратные люди во главе со Щербатовым и Леонтьевым 24 октября недалеко от села Мурашкино встретили группу вооруженных крестьян и вступили с ними в бой. Те стали отступать. Увлекшись преследованием, царские стрельцы оказались лицом к лицу с вооруженным пушками крупным отрядом повстанцев. Но сражение все же закончилось поражением повстанцев.

20 ноября Долгоруков смог в отписке в приказ Казанского дворца заявить, что воевода Леонтьев уничтожил последний очаг восстания в Нижегородском уезде. 19 октября 1670 г. Барятинский вступил в бой с 5-тысячным отрядом повстанцев на речке Белая Волжка в Свияжском уезде. Через день в Свияжском уезде под деревней Мотня объединенное войско царских военачальников вновь встретилось с 2-тысячным 0отрядом повстанцев. 23 октября повстанцы совершили нападение у верховьев реки Тобаха на обоз карателей и чуть было не отбили его. 24 октября Цивильск был взят Барятинским. Весь район к западу от городка находился все же в руках повстанцев.

Со взятием Цивильска Кравков получил распоряжение двигаться в охваченную восстанием Богатыревскую волость. Достигнув 28 октября деревни Богатыри, ратные люди Кракова повернули в Убеевскую волость. Далее их продвижение из-за упорного сопротивления повстанцев замедлилось. Лишь в первой половине января каратели смогли усмирить восставшее крестьянство. После этого ослабленный отряд Кравкова повернул на север и пошел на соединение с Д. Барятинским, войско которого после взятия Козьмодемьянска расположилось в деревне Большие Туваны.

Несмотря на видимые успехи правительственных войск, подавление восстания здесь затянулось вплоть до весны 1671 г. Дольше всех держались повстанцы Ядринского и Цивильского уездов. Если к началу зимы количество правительственных войск, брошенных на подавление восстаний в Тамбовско-Пензенском и Симбирско-Нинегородском районах, было примерно равно численности организованных в крупные отряды повстанцев, то этого нельзя сказать про левобережье Волги. Против отрядов повстанцев в 2–3 тыс. человек, действовавших на левобережье, из Москвы были посланы 2 отряда. Каратели двинулись к очагу восстания из Москвы через Ярославль, куда они пришли в начале декабря 1670 г.

Узнав, что повстанцы при известии о подходящих к Унже карателях покинули ее и отступили в восточном направлении, регулярные войска немедленно направились им вслед. У Богородского стана отряд повстанцев был настигнут. Многим повстанцам, в том числе и их предводителям, удалось скрыться в лесах и, организовав небольшие группы, двинуться к Соли Камской.

Когда была одержана победа над главным отрядом повстанцев, Нарбеков осмелился разделить свой отряд на несколько групп, которые послал для уничтожения очагов восстания. 18 декабря в Галиче был повешен отважный предводитель восстания в этих местах Иванов. Жестоко расправляясь с восставшим народом, царские палачи изощрялись в применении различных мучительнейших казней. После уничтожения в Среднем Поволжье главных очагов крестьянского восстания, царское правительство пышно отпраздновало победу. Однако до полной победы было далеко.

В первую очередь власти решают как можно быстрее расправиться с Разиным. Вместе с тем они оказывают значительную поддержку «домовитому» казачеству, направив в Черкасск большое количество пушек. Для поддержки противников Разина на Дон в конце апреля посылается правительственный отряд из 2 тыс. драгун. Но в связи с пленением Разина начавшийся поход был отменен. «Домовитое» казачество, организовав многотысячный отряд, не дожидаясь помощи от царя, к 14 апреля 1671 г. подошло к деревянным стенам Кагальника, где находился Разин и незначительное число повстанцев. Взяв в плен Разина, привезли в Черкасск и Фрола Разина.