С сентября 1939 г. все возрастающую роль стал играть подотдел 3-КГФ (кригсгефангене - военнопленные), в ведение которого находились лагеря военнопленных, а также организация ведения в них разведывательной, контрразведывательной и вербовочной работы.

С 1941 г. на временно оккупированных территориях СССР действовали подразделения ГФП (гехаймнигефельдполицай - тайная полевая полиция), подчинявшиеся подотделу ФПдВ (фельдполицай дер вермахт). Задачи и функции ГФП были аналогичными задачам гестапо на территории германского "рейха". И именно подразделения ГФП организовывали выявление и преследование советских партизан, подпольщиков, парашютистов, а также патриотически настроенных советских граждан и групп. При ГФП нередко формировались полицейские части из числа предателей, членов националистических организаций, бывших заключенных и иных обиженных на советскую власть лиц, дезертиров из РККА. Наряду с несением охранной и караульной службы, эти полицейские формирования вели борьбу с партизанами, участвовали в облавах, а также в карательных акциях и операциях, участвовали в приведении в исполнение смертных приговоров патриотам. Отдельные "проверенные в деле", "закрепленные кровью" - совершенными преступлениями против человечества, полицейские становились агентами Абвера.

Отдел "Абвер-Аусланд", в тесном взаимодействии с МИДом, занимался изучением внешней и внутренней политики иностранных государств, их экономики, развитие вооруженных сил, обеспечивал международные связи вермахта, а также осуществлял руководство деятельностью за границей германских военных атташе и "военных организаций" Абвера.

"Военные организации" (Кригсорганизацион, КО) - полулегальные организации, возглавлявшиеся офицерами Абвера при посольствах в союзных с Германией странах - Болгария, Венгрия, Румыния, Финляндия, а также нейтральных государствах - Швеции, Иране, Швейцарии и других.

В силу своего географического положения, КО в Болгарии, Румынии, Финляндии в 1940 г. были усилены сотрудниками отделов Абвер-II и Абвер-III, а также офицерами важнейших отделений Абвер-I (по сухопутным войскам, авиации, флотам и экономике), и включились в активную разведывательно-подрывную работу против СССР, в том числе, используя агентуру как из числа граждан этих государств, так и из числа белоэмигрантов, националистов, а также сами антисоветские эмигрантские и националистические организации. В частности, КО Финляндия, совместно с финской разведкой, непосредственно вела вербовку, обучение и заброску в СССР агентуры с числа латышских и эстонских эмигрантов. Также ее были сформированы диверсионно-разведывательные группы "Эрна", "Эрна - I", вторгавшиеся на территорию Эстонской ССР в июле и в августе 1941 г.

Однако, помимо военной разведки Абвера, в Германии имелся еще целый ряд спецслужб, с которыми советским органам безопасности пришлось столкнуться при вступлении на территорию "третьего рейха".

Так, 27 сентября 1939 г. в результате объединения ряда ранее существовавших структур безопасности было образовано Главное управление имперской безопасности (Reichssicherheitshauptamt, РСХА), которое, последовательно возглавляли Рейнхард Гейдрих (1939-1942), Генрих Гимлер (1942-1943) и Эрнст Кальтенбруннер (1943-1945) .

Важнейшими управлениями РСХА являлись:

IV управление - гестапо (от немецкого Geheime Staatspolizei - тайная государственная полиция), задачами которого являлись выявление антифашистов, контрразведка и пограничная охрана. Его бессменным руководителем был группенфюрер СС Генрих Мюллер. Согласно немецким архивным данным, к 1945 г. численность сотрудников гестапо достигала 45 тысяч человек;

V управление - криминальная полиция (крипо);

VI управление - внешнеполитическая разведка рейха (Sicherheitsdienst/Ausland - служба безопасности / заграница). Помимо разведки и контрразведки, в задачи управления (за исключением германо-советского фронта в начальный период боевых действий) входило также формирование "пятых колонн" за рубежом. С 22 июня 1941 г. и до мая 1945 г. его возглавлял генерал-майор СС Вальтер Шелленберг. Общая численность штата управления составляла около 400 человек . Как отмечалось в подготовленном Министерством государственной безопасности в 1952 г. "Сборнике справочных материалов об органах германской разведки, действовавших против СССР в период Великой Отечественной войны 1941 - 1945 гг.", это было "самое молодое и самое образованное управление РСХА - порядка 45% сотрудников родилось с 1902 по 1909 гг., а 80% сотрудников имели высшее образование".

После начала агрессии против СССР на IV управление РСХА возлагались задачи обеспечения "нового порядка" на захваченных советских территориях. Для их решения еще в мае наступающим частям вермахта были приданы части охранной полиции и специальные подразделения РСХА: подвижные оперативные группы и команды полиции безопасности и СД для прифронтовой полосе (айнзатцгруппен; их было четыре при основных армейских группировках, с условными наименованиями A, B, C, D) и территориальные органы для тыловых районов, управляемых гражданской оккупационной администрацией. Каждая группа с командами и полицейскими подразделениями насчитывала 600 - 700 человек.

Первоначально основной объем разведывательных задач на будущем германо-советском фронте возлагался на управление "Абвер-Заграница".

По замыслу Канариса, накануне нападения на СССР Отдел Абвер-I должен был обеспечить добывание разведывательной информации для командования групп армий о советских войсках на будущих фронтах боевых действий в целях реализации стратегии "блицкрига" ("молниеносной войны"). Отдел Абвер-II, используя собственные разведывательно-диверсионные формирования, а также "повстанческие" отряды и банды украинских, литовских, латышских и эстонских националистов, - дезорганизовать связь и управление войсками, уничтожать или захватывать в интересах наступающих частей вермахта стратегические объекты - мосты, тоннели, железнодорожные станции, причалы, аэродромы и т.д. Абвер-III должен был обеспечивать "спокойствие и порядок" в тылах наступающих германских войск.

Как показывал Международному военному трибуналу для главных нацистских военных преступников бывший начальник отдела "Абвер-I" генерал Г. Пиккенброк, "уже с августа-сентября 1940 г. со стороны Отдела иностранных армий Генштаба значительно увеличились разведзадания Абверу по СССР... О более точных сроках нападения Германии на Советский Союз мне стало известно в январе 1941 г. Для выполнения этих заданий мною было направлено значительное количество агентов в районы демаркационной линии между советскими и германскими войсками. В разведывательных целях мы также использовали часть германских подданных, ездивших по различным вопросам в СССР... Кроме того, всем периферийным отделам - абверштелле, которые вели работу против России, было дано задание усилить засылку агентов в СССР. Такое же задание - усиление агентурной работы против СССР - было дано всем разведывательным органам, которые имелись в армиях и армейских группировках" .