Также нами использовались материалы фондов Российского государственного архива древних актов (РГАДА). В работе содержатся материалы фондов 9, 13, 15, 89, 248. Фонд 9 – «Кабинет Петра I и его продолжение», располагает входящими письмами Сената, коллегий, государственных и военных деятелей, послов, губернаторов, воевод за 1698–1720 гг. Фонд 13 – «Дела об Украине 1606–1790 гг.», содержит жалованные грамот (копии) польских королей и царя Алексея Михайловича украинским городам на их права и вольности; статьи (копии) об избрании гетманов; дела и документы о землевладении казачьей старшины; донесения гетмана К. Г.Разумовского Елизавете Петровне; донесения и доклады генерал-губернатора Украины П. А.Румянцева-Задунайского Екатерине II. Фонд 15 – «Дипломатический отдел 1235–1873 гг.», представляет документы Посольского приказа, Коллегии иностранных дел и министерства иностранных дел (1700–1851) о сношениях России с Оттоманской Портой в царствование императрицы Елизаветы 1741–1761 годов. Фонд 89 – «Сношения России с Турцией», содержит книги, дела 1512–1719 гг. (Статейные списки, грамоты, отписки и дела о политических, торговых сношениях России с Турцией и Крымским ханством; об отношениях Турции с донскими и запорожскими казаками). Фонд 248 – «Сенат и его учреждения (Объединенный фонд)» представляет дела Секретной экспедиции Сената 1722–1802 гг., в т. ч. связанные с запорожским казачеством.

Материалы и выводы, содержащиеся в работе, могут быть использованы при написании новых научных трудов и учебных работ, а также в учебном процессе для разработки курса лекции по истории казачества, спецкурсов и семинаров, посвященных истории Запорожской Сечи для общеобразовательных и высших учебных заведений. Представленные в настоящем научном труде материалы представляют научный интерес для преподавателей, научных сотрудников и аспирантов высших учебных заведений и научно-исследовательских учреждений. Кроме того, некоторые выводы исследования могут быть использованы в работе по возрождению казачества, предпринимаемой государственными органами.

Изучив историографию вопроса о происхождении казачества, можно уверенно заявить, что этот вопрос является одной из сложнейших исторических проблем. Точное происхождение привычных нашему пониманию первых казачьих общин современной исторической науке неизвестно. Связано это с тем, что о первых страницах казачьей истории не сохранилось достоверных письменных источников. Существующие же отрывочные свидетельства, которыми располагает наука, не дают возможности однозначно ответить на поставленный вопрос.

Такое положение дел давало и дает возможность ученым, занимавшимся изучением казачества, выдвигать различные теории и гипотезы о возникновении казачества, зачастую, совершенно противоречащие или взаимоисключающие друг друга. К настоящему времени список теорий и гипотез происхождения стал довольно внушительным. В свою очередь это свидетельствует о большом интересе к рассматриваемой проблеме и ее изученности в рамках имеющихся сведений и фактов. Но также это дает и негативные последствия, связанные с большим количеством спекуляций в этой области изучения истории казачества, что делает изучаемую проблему сильно запутанной и еще более сложной. Многим теориям о возникновении казачества не хватает доказательств, что делает их скорее гипотезами.

Достоверно же известно, что в XIV в. появилось несколько крупных общин, которые располагались в центральной Евразии, возле крупных рек, служивших торговыми путями своего времени: Днепра, Дона, Волги, Яика. К этим сообществам переселялись в заметном количестве люди из расположенных по соседству северных и северо-западных земель. В первую очередь, из Московского, Литовского и Рязанского Великих княжеств. Таким образом, к XVI в. сформировались самые крупные Запорожское и Донское казачьи войска, которые со временем вобрало в себя растущее Российское государство. Впоследствии на основе этих войск создавались другие казачьи войска по инициативе самой России.

Несмотря на это, вопрос о происхождении казачества имеет важное значение для настоящего исследования, так как рассмотрение этого вопроса позволит нам установить возможное существование преемственности казачьей системы самоуправления, а, в первую очередь, преемственности системы самоуправления Запорожской Сечи от этноса или этносов, которые могли быть прародителями казачества или установить отсутствие такой преемственности, что также немаловажно. А полученные результаты позволят или, наоборот, не позволят сделать выводы о гибкости запорожской системы самоуправления, о ее живучести, способности к адаптации в новых условиях существования и т. п. Кроме того, это, возможно, даст повод по новому взглянуть на систему самоуправления Запорожской Сечи и казачества в целом, изменить сложившееся отношение к этому вопросу, объяснить некоторые стороны взаимоотношений Запорожской Сечи с правительством России и других стран.

Анализ работ посвященных историографии вопроса о происхождении казачества позволяет нам выявить основные группы теорий о происхождении казачества. По мнению А. В. Сопова [19] , господствующими в настоящее время в общественном представлении и в научной литературе можно считать две противоположные теории происхождения казачества: «казенную» и теорию представителей «казачьей науки» и «вольноказачьего движения» [20] . Им выделяется и довольно большое количество «промежуточных» теорий. По мнению же В. Е. Шамбарова [21] , в начале ХХ в. сформировались основные теории происхождения казачества – «автохтонная» и «миграционная», хотя обе эти теории обоснованно им критикуются.

«Казенная» теория обязана своим названием меткому выражению И. Яковенко [22] , хотя имеет и другие варианты названия: «уходническая», «беглохолопская» и т. п. Эта теория связывает возникновение казачества с беглецами из русских земель в Дикое поле. Усиление феодальной эксплуатации в России и Речи Посполитой, по мнению авторов «казенной» теории, породило особую организацию – казачество, выросшую из беглецов, главным образом крестьян и холопов, которыми эта организация постоянно подпитывалась. Таким образом, «казенная» теория рассматривает казачество как бесспорно русскую или украинскую по своему происхождению группу населения. Стремившиеся к вольной жизни, люди в новых для них условиях опасной пограничной жизни, связанной с постоянной опасностью набегов кочевников, смогли выработать особые черты своих сообществ: общинный быт, военная организация, система самоуправления и др. Следует также заметить, что данная точка зрения является наиболее распространенной в среде не связанного с казачеством населения, ввиду господства «казенной» теории в советской историографии.