Еще в марте 1801 г. император ликвидировал Совет при Высочайшем дворе и его функции перешли в Непременный совет (действовал до 1810 г.), который вел свою работу наряду с Негласным комитетом (просуществовал до 1803 г.). Но все это было прелюдией для создания принципиально новых органов — Комитета министров и Государственного совета.

Комитет министров был учрежден 8 сентября 1802 г. и явился высшим законосовещательным органом. Комитет решал практически все вопросы. В его состав входили министры, главнокомандующие, государственный казначей и другие лица, приближенные к императору. Комитет возглавлял Александр I (до 1810 г., с 1810 до 1812 г. — Н.П.Румянцев).

В 1803 г. появился указ о «свободных хлебопашцах», согласно которому помещикам разрешалось отпускать на волю целые деревни. Но и этот указ вышел не из недр Негласного комитета, а был принят по проекту графа Сергея Петровича Румянцева.

К 1803 г. курс Александра на укрепление самодержавия стал вырисовываться более отчетливо. В этом году в последний раз собрался Негласный комитет. Снова на первый план выдвинулся граф А.А.Аракчеев, которого в 1803 г. Александр вызвал в столицу из имения Грузино. Аракчеева обласкали и приблизили к царскому двору. Он был назначен военным министром.

С 1808 г. ближайшим сановником Александра стал М.М.Сперанский — образованный, энергичный и умный человек. Сперанский, в отличие от других царских сановников, был выходцем из провинциального духовенства. Он стал сотрудником Министерства внутренних дел, им было подготовлено множество проектов. 36-летний Сперанский приобрел большую известность. Однажды Наполеон сказал о нем Александру: «Не угодно ли вам будет, государь, променять этого человека на какое-нибудь королевство?». Но позднее, в угоду консервативному дворянству, в 1812 г., Сперанский был отстранен от государственной службы и по велению царя сослан в Нижний Новгород, а затем в Пермь. С либеральными разговорами в правительственных кругах было покончено.

Уже в начале царствования Александра Россия сумела значительно расширить свою территорию. 12 февраля 1801 г. Александр подписал манифест о присоединении к России Восточной Грузии. Династия Багратионов была отстранена от власти, а Картлийско-Кахетинское царство упразднено. В 1803 — 1804 гг. были приняты под покровительство России Мегрельское и Гурийское княжества, а также Имеретинское царство.

В конце 1803 г. «главнокомандующий Грузией» князь П.Д.Цицианов потребовал перехода в подданство России одного из азербайджанских владетелей — ганджинского хана на том основании, что ранее он зависел от грузинских царей. Не получив согласия хана, Цицианов в январе 1804 г. подступил с войсками к Гандже и взял этот город штурмом. Владение было преобразовано в Елизаветпольский округ. Другие ханства, расположенные в северной части Азербайджана и ранее зависимые от Персии, добровольно признали власть России.

Персия с тревогой наблюдала за действиями России. В мае 1804 г. персидский шах потребовал немедленного вывода российских войск за пределы Грузии и Азербайджана, что послужило поводом к русско-персидской войне, затянувшейся до 1813 г.

Но главным для российской внешней политики были события, происходившие тогда в Европе, где начала складываться империя Наполеона. В мае 1804 г. он был провозглашен «императором французов». Ведущие европейские государства, пребывавшие раньше в страхе перед революционной, а теперь перед императорской Францией, лихорадочно заключали союзы. Не отставал от этой кампании и Александр. Осенью 1805 г. против Наполеона была создана третья коалиция, в которую вошли Россия, Великобритания, Австрия, Швеция и Неаполитанское королевство. Пруссия к ней не присоединилась и металась между двумя лагерями.

В результате разрозненных действий союзников Наполеон легко разделался с Австрией, окружив ее войска в Ульме. 20 октября Австрия капитулировала. Русские войска под командованием М.И.Кутузова, правильно оценившего обстановку, вышли из Баварии, где тогда находились, и отошли на правый берег Дуная. Через месяц русские войска соединились с силами союзников у Ольмюца (Оломоуц).

Обе коалиции пытались оказать давление на Пруссию, которая старалась держаться нейтралитета. Наконец после долгих колебаний Пруссия все-таки встала на сторону России. 8 ноября 1805 г. в Потсдаме была заключена конвенция о совместных действиях России и Пруссии против Франции. Однако эта дипломатическая победа была достигнута слишком поздно.

Оба императора — русский и австрийский, вопреки возражениям Кутузова, решили дать Наполеону генеральное сражение, которое произошло 2 декабря 1805 г. под Аустерлицем. Сражение было проиграно, несмотря на мужество солдат и офицеров союзных войск.

Неудачно закончилась и объединенная русско-английская экспедиция в Неаполь, предпринятая с целью изгнания французских войск из Италии. Поражение союзных войск под Аустерлицем не позволило начать наступление. Русские войска снова вернулись на остров Корфу. Неаполитанское королевство было оккупировано французами.

Третья коалиция распалась. Австрия 26 декабря 1805 г. заключила в Пресбурге мирный договор с Францией. Пруссия перешла на сторону Наполеона. Наполеон, по заключенному с Австрией Пресбургскому миру, присоединил к своей империи восточное побережье Адриатики.

Наполеон пытался вовлечь в свою игру и Турцию, обещая ей Крым, Грузию, Сербию, Дунайские княжества. Одновременно наполеоновская агентура действовала в Персии, уже находившейся с 1804 г. в состоянии войны с Россией. Наполеон хотел создать тройственный союз Франции, Турции и Персии против России.