Иоанн вернулся в Москву, предварительно отправив грозное послание Швеции. Царь въехал в столицу с торжеством и славой. Все ему благоприятствовало. Бедствия, опасности и враги исчезли. Смертоносные болезни и голод в России прекратились. Хан Крыма смирился, турецкий султан тоже не мыслил о воине с Россией. Литва и Польша уже искали дружбы с Иоанном. Швеция не имела ни сил, ни возможностей воевать с Россией, а русский царь, оставив в Ливонии рать, нашел в Москве еще 70 тысяч воинов-победителей, готовых к новым ратным подвигам.

В 1572 г. царь, к внезапной радости подданных, вдруг уничтожил ненавистную опричнину, которая служила ему семь лет. Опальная «земщина» опять стала называться Россией, а «кромешники» — обычными царедворцами. Много опричников пало жертвой страстей Иоанновых, но один из них сохранял прочное место в его сердце. Им был Малюта Скуратов, наперстник Иоанна до самой своей смерти, живший с царем в одном дворце. Покровительство Скуратова способствовало продвижению Бориса Годунова, бывшего родственником первой супруги Василия III — Соломонии. В Борисе уже тогда созревали великие государственные добродетели и преступное властолюбие. Молодой Годунов, одаренный от природы, стройный, красивый, прозорливый, приближался к окровавленному трону, но сам еще был чист от крови. Он, будучи опричником, избегал непосредственного участия в убийствах, ожидая лучших времен. Еще не имея никакого знатного сана, Годунов в 1571 г. был на свадьбе Иоанна Васильевича дружкой царицы Марфы, а его жена Мария — свахой.

Осенью 1572 г. Иоанн с сыновьями поехал в Новгород собирать войско против шведов. Полки двинулись к Нарве. На земли Северо-Восточной Прибалтики пришло 80 тысяч россиян. В одной из стычек со шведами в 1573 г. погиб Малюта Скуратов. Приступом русские взяли Веттенштейн. Пали Нейгоф и Каркус. Но шведы в одном из сражений победили русских, что послужило поводом для заключения мира.

12 апреля 1573 г. Магнус женился на 13-летней Марии Владимировне. Свадьба состоялась в Новгороде. Вместо Ливонии и пяти бочек золота Магнус получил только городок Каркус.

В 1575 г. русские со шведами заключили перемирие, но оно касалось не всей территории Швеции, а лишь ее отдельных частей. Поэтому в ходе военных операций россияне взяли Пернов (Пернау). Многие замки сдались русским без сопротивления, в том числе важная крепость Габзаль. В 1576 г. Россия заключила союз с Австрией.

В 1576 г. в Польше произошло значительное событие, которое приковало к себе внимание всех европейских стран. На польский престол был избран Стефан Баторий — седмиградский трансильванский князь. Баторию было 42 года. Он отличался храбростью, отвагой, умом, красноречием, имел величественную наружность. Баторий поклялся, что будет неукоснительно соблюдать польские и литовские интересы, заключит союз с Оттоманской империей, усмирит крымского хана, присоединит к Литве все земли, ранее отвоеванные московскими князьями.

В июле 1577 г. Иоанн предпринял поход на Ливонию. Таким образом началась война с Баторием, столь важная своими последствиями. Многие ливонские города пали. Пал город Венден, в котором Иоанн жестоко расправился с местными жителями, что удвоило ненависть ливонцев к россиянам. Осталось взять только Ригу, но туда Иоанн не пошел. На этом успехи россиян в Ливонии закончились. Однако это были знаменательные, блестящие для россиян победы. Всего за два года и три месяца было взято 27 ливонских городов.

В России уже не было опричнины, но царь продолжал гонения и казни своих ближайших сподвижников. Сожгли шестидесятилетнего Михаила Воротынского — выдающегося полководца, завоевателя Казани, участника почти всех походов времен Иоанна Грозного. Под его руководством впервые был составлен русский воинский устав «Боярский приговор о станичной и сторожевой службе». Вместе с ним замучили князя Никиту Романовича Одоевского. Были умерщвлены старый боярин Михаил Яковлевич Морозов, его два сына и супруга. Пали князь Петр Андреевич Куракин, окольничий Петр Зайцев — ревностный опричник. Казнили Григория Собакина — дядю умершей царицы Марфы, князя Тулупова и других.

Царь, уже не требуя разрешения от епископов, около 1575 г. женился в пятый раз — на Анне Васильчиковой. Но летописцы не знают, дал ли он Анне имя царицы, торжественно ли венчался с ней, так как в описании этого бракосочетания «нет сего пятого», не видим также никого из ее родственников при дворе, в чинах, между ближними к царю людьми.

Шестой супругой Иоанна была прекрасная вдова Василиса Мелентьева. Царь без всяких священных обрядов взял с нее «только молитву для сожития». Но на этом беззаконные женитьбы царя, ненасытного в убийствах и в любви, не закончились.

Во внешней политике Иоанн, ведя Ливонскую войну, постоянно искал союзников. В 1578 г. был подписан договор с Данией. Желая если не союза, то хотя бы мира с престарелым крымским ханом Девлет-Гиреем, Иоанн не переставал сноситься с ним через послов. Девлет-Гирей умер в 1577 г. Новый крымский хан — его сын Магмет-Гирей дружелюбно известил Иоанна о своем восшествии на престол. Более того, он напал на Литву, разорил часть ее земель, тем самым показывая верность своим союзническим отношениям с Россией. Но одновременно Магмет-Гирей настаивал на том, чтобы ему отдали Астрахань.