Вскоре среди казаков и ратников в Сибири начались болезни и голод. Умерли многие воины, в том числе князь Болховский. В 1584 г. положение несколько поправилось. России стал служить Маметкул. Но из-за неосторожности погибли многие казаки, и в их числе атаманы Иван Кольцо и Яков Михайлов. Это было следствием мятежа новых русских данников. Татары окружили Ермака в городе Искер, но русские сделали удачную вылазку и атакующие были разогнаны. Ермак снова пошел на завоевание сибирских земель, однако 5 августа 1584 г. случилась трагедия — он погиб. По одной из версий, ночью на малочисленное русское войско капал Кучум, который убил 49 сонных русских воинов. Пытаясь спастись, Ермак, переплывая Иртыш, выбился из сил. Он утонул, «отягченный железной броней, данном ему Иоанном». Существует, по меньшем мере, три легенды о гибели легендарного полководца. Тело Ермака нашли у реки в 12 верстах от селения Абалак. Тело грозного завоевателя опознали. Царь Кучум и вся татарская знать приехали насладиться местью. В течение шести недель в мертвого Ермака летели стрелы татар.

Ермак, как описывают его современники, был благородного вида, сановит, среднего роста, крепок мышцами, широк плечами, имел плоское, но приятное лицо, черную бороду, волосы темные, кудрявые, глаза светлые, быстрые, пылкую душу, сильный, проницательный ум. О Ермаке — завоевателе Сибири — осталась в народе вечная память.

Весть о гибели Ермака привела в ужас воинов, живших в Сибири. Казаки решили покинуть Сибирь. С кончиной Ермака убавились их смелость, великодушие и надежда. В последующем россияне возвратятся в Сибирь, но это произойдет уже в царствование преемника Иоанна.

В 1582 г. Иоанн, наконец, решил воевать со Швецией. Успех казался несомненным, легким. Баторий не только не поддерживал шведского короля, но и сам угрожал ему войной из-за захвата шведами Эстонии. Князь Катырев-Ростовский, выступив из Новгорода, наголову разбил северного соседа в Вотской Пятине. Но судьба помогла Швеции. Баторий, сильный в боях, не смог одолеть польского сейма: паны не хотели воевать. Тогда Россия и Речь Посполитая заключили 15 января 1582 г. на 40 лет мир близ Запольского Яма, южнее Пскова (Ям-Запольский мир). России возвращались занятые польскими войсками города, в то же время Россия отказывалась в пользу Речи Посполитой от Полоцка и Ливонии. Со Швецией 26 мая 1583 г. было заключено на реке Плюссе перемирие (Плюсское перемирие). За шведами остались города Нарва, Ям, Ивангород и Копорье.

Иоанн, женатый в седьмой раз, зная, что Мария Нагая беременна, продолжал искать невесту в Англии. Писали, что Иоанн хотел жениться на 50-летней красавице Елизавете — английской королеве. Между тем, супруга царя 19 октября 1583 г. родила в Москве сына Дмитрия.

Царь направил в Англию специального посланника Писемского за невестой. Елизавета предложила кандидатуру Марии Гастингс — своей племянницы, которая по описаниям посланника Писемского, была высокой, стройной, белой лицом, сероглазой, русоволосой, имела прямой нос, длинные пальцы на руках. Сначала Елизавета хотела этого брака, желала его и невеста, но, напуганная рассказами о свирепости жениха, королева изменила свое решение. Это известие сообщил Иоанну посол Англии в России Баус, с которым царь после этого обошелся грубо.

Крепкий сложением, Иоанн надеялся на долголетие, но случилось непредвиденное. С зимы 1584 г. он начал заметно слабеть. В течение февраля Иоанн еще занимался государственными делами, но 10 марта царь сильно занемог. Он приказал писать завещание. Наследником был объявлен царевич Федор. Младенцу Дмитрию с матерью был выделен в удел Углич. Воспитателем юного царевича стал Бельский.

Иоанн крепился, не сдавался. Еще 15 марта его носили в креслах по палатам, где он показывал англичанину Горсею свои драгоценности. Невестка Ирина, супруга Федора, пришла к болящему с нежным утешением, но вынуждена была убежать «с омерзением от его любострастного бесстыдства». Через 3 дня здоровье царя резко ухудшилось. Лежа на одре в беспамятстве, Иоанн громко звал к себе убитого сына, говорил с ним ласково. 18 марта 1584 г. царю стало лучше, он попросил шахматную доску, расставил фигуры и хотел сыграть с Бельским в шахматы, но внезапно упал и навеки закрыл глаза. Иоанн лежал уже мертвым, но все еще был страшен для царедворцев и его не объявляли умершим. Наконец раздалось «Не стало государя!...». Народ громко закричал, заплакал. На третий день совершилось погребение Иоанна в храме Св. Михаила Архангела.

Напрасно некоторые историки пишут о заговорах против Иоанна. Эти заговоры единственно были в смутном уме царя. В то же время Иоанна Васильевича сравнивают с древнеримскими императорами Калигулой и Нероном — государями-чудовищами, а также с французским королем Людовиком XI (1423 — 1483 гг.) — свирепым, благочестивым, кровожадным, женолюбивым, но мудрым в государственных делах.

Личность Иоанна сложна и многогранна. Он имел превосходный ум, образование, редкую память, обладал твердостью характера и властью над собой, в часы страха и внутреннего беспокойства умел громко смеяться, хвалился милосердием, щедростью и правосудием, был хорошим оратором. Но Иоанн на протяжении большей части жизни все-таки оставался тираном. Однажды царь велел изрубить слона, присланного из Персии, не захотевшего встать перед ним на колени. Иоанн всегда сравнивал себя с Александром Македонским, но не имел в душе и тени мужества.

Во внешней политике Иоанн неуклонно следовал великим намерениям своего деда. Он сам разбирал тяжбы, выслушивал жалобы, работал с документами, не выносил гнусного пьянства. Иоанн разрешал веселиться народу в кабаках лишь на Святой неделе и в Рождество. В другое время пьяных отсылал в темницу. Не терпя смелых высказываний, Иоанн никогда не позволял и грубой лести в свой адрес. Царь славился благоразумной терпимостью к различным верам. Он любил спорить с учеными-иноземцами о законах и при этом сносил противоречия. Иоанн изъявлял уважение к искусствам и наукам, лаская просвещенных иноземцев. Он не основал академии, но способствовал народному образованию — строил церковные школы. Наконец Иоанн знаменит в истории как законодатель и строитель государства. Новые законы, учреждения, налоги всегда объявлялись через приказы. Наказания были прежние: за первое воровство — кнут, за второе — смерть. Некоторые законы, введенные Иоанном, были отменены лишь Петром I.

В царствование Иоанна Васильевича было построено много новых городов, в их числе: Чебоксары, Козьмодемьянск, Орел, Данков, Епифан, Венев, Чернь, Тетюши, Алатырь, Арзамас.

Иоанн до конца своих дней помнил развалины сожженной в 1571 г. татарами Москвы. В 1581 г., если верить свидетельствам современников Иоанна, в столице проживало не более 30 тысяч человек, то есть в шесть раз меньше прежнего.

Царь любил роскошь. В московской казне лежали груды жемчуга, золота, серебра. Задавались богатые пиры, на которых в течение 5 — 6 часов угощали 600 — 700 гостей. Однажды, помимо знатных людей Москвы, в Кремле у царя обедало 2 тысячи союзников — ногайских татар.