После очередных казней Иоанн занялся образованием своей новой дружины. В совете сидели Алексей Басманов, Малюта Скуратов, князь Афанасий Вяземский и другие любимцы царя. Вместо первоначальной тысячи Иоанн отобрал 6 тысяч опричников, которых наделили землей, домами, крестьянами. Опричников стали называть кромешниками («изверги тьмы кромешной»). Они именовались ловцами, а бояре — «ловом». Затейливый ум Иоанна изобрел достойный символ для своих ревностных слуг: к седлам были привязаны собачьи головы и метлы, в ознаменование того, что они грызут царских лиходеев и метут Россию.

Иоанн невзлюбил Москву и с того времени жил большей частью в Александровской слободе, которая стала городом, украшенным церквами, каменными домами и лавками. Местный храм Богоматери снаружи сиял разными цветами, серебром и золотом, на каждом кирпиче был изображен крест. Царь жил в больших палатах. Опричники имели свою улицу, купцы — свою. Иоанн вел как бы монашескую жизнь. Он пел псалмы, читал, столь ревностно молился, что на лбу у него всегда оставались знаки крепких земных поклонов. Все государственные дела Иоанн решал сам, принимал послов, писал грамоты. У него появились иноземные любимцы, особенно из числа ливонских пленников.

В 1567 г. начался третий этап гонения на бояр. Поводом послужило то обстоятельство, что от короля Сигизмунда II Августа и литовского гетмана Хоткевича тайно на имя некоторых знатных русских бояр поступили грамоты с предложением покинуть жестокого царя и получить новые уделы. Князьям Бельскому и Мстиславскому напоминали о том, что они литовского рода. Воротынскому сообщали, что он некогда был владетельным князем, а теперь потерял все. Престарелому конюшему Иоанну Петровичу Федорову недруги припоминали, какие обиды и оскорбления он терпит от Иоанна. Русские князья честно сообщили царю, что получили такие приглашения, но что они не собираются покидать родину.

Внешне восприняв это сообщение спокойно, царь внутренне горел ненавистью к этим важным особам. Больше всех его раздражал Федоров — щедрый, пышный воевода, 19 лет бывший начальником Конюшенного и Казенного приказов. Иоанну вдруг представилось, что этот старец думает сесть на царский трон. Царь, пригласив Иоанна Петровича к себе, в присутствии всего двора надел на него царскую одежду (не забыл и венец), вручил в руку державу и посадил на свой трон. Затем царь снял с себя шапку и низко поклонился Федорову, сказав при этом «раболепную» речь. На этом издевательства закончились. Иоанн ножом в сердце пронзил грудь Федорова — и тот замертво упал. Обезобразив труп, опричники выбросили его из дворца. Тут же умертвили престарелую жену Иоанна Петровича — Марию.

Затем казнили князей Иоанна Андреевича Куракина-Булгакова, Дмитрия Ряполовского и трех князей Ростовских, замучили князя Петра Шенятева, утопили старца — знаменитого во всех походах князя Иоанна Турунтай-Пронского, четвертовали казначея царя, известного своим богатством Тютина. Его казнили вместе с женой и детьми. Растерзали печатника, или думного дьяка, Дубровского. Ежедневно в Москве убивали до двадцати человек.

Однажды в воскресный день 1568 г. Иоанн со своими опричниками пришел в церковь на обедню. Митрополит Филипп отказался благословлять царя, ссылаясь на его бесчинства. Иоанн в гневе ударил о камень жезлом и удалился из церкви. На другой день начались новые казни. В числе знатных людей погиб князь Василий Пронский. Всех главных служителей церкви взяли под стражу, терзали, допрашивали, но ничего не добились.

В ноябре 1568 г. митрополита Филиппа осудили, обесчестили, заставили питаться «одними молитвами». Его увезли в Тверской монастырь. Новым митрополитом стал Кирилл.

В России в 1566 г. начался сильный мор. Беда пришла из Эстонии или Швеции. Многие города и деревни опустели. В Казанской земле и других местах явилось неописуемое множество мышей, которые стаями выходили из лесов, ели хлеб на корню, в скирдах, в житницах, так что жители не могли защитить себя от этой напасти.

Но воинские дела Россия вела успешно. Нападая на Россию, литовцы ничего не могли завоевать. Подстрекаемый Сигизмундом II Августом, снова обнажил меч крымским хан. Он претендовал на Астрахань и Казань. Южные границы России надежно охраняли казаки, помимо этого укрепились новые города, построенные в XVI веке. Удачно действовал посол в Крымской Орде Афанасий Нагой. Иногда литовская сторона, иногда русская одерживали дипломатические победы в переговорах с крымскими ханами. Но Девлет-Гирей размышлял, колебался и снова требовал от России невозможного.

В 1566 г. вопрос о войне и мире с Литвой Иоанн передал на решение Земского собора, заседавшего с 28 июня по 2 июля. Такое было впервые. Собор формально поддержал предложение о мире, но на условиях, выдвинутых Иоанном Грозным (присоединение Риги и др.) и не приемлемых для Литвы и Польши. Фактически мир был сорван. Естественно, что военные действия снова возобновились.

Сигизмунд II Август отказывался выдавать Курбского, Иоанн настаивал на этом требовании и территориальном расширении русских приобретений в Прибалтике. Наконец после долгих переговоров перемирие с Литвой все-таки было заключено. В феврале 1567 г. Россия подписала также мир со Швецией.

В 1569 г. турецкие войска вошли в юго-западные пределы России. Донские казаки удалились в глубь степей. Но русский царь воевать с Турцией не хотел, поэтому он предпринял все, чтобы неприятель сам покинул пределы страны. Иоанн также успел прислать войска в Астрахань, тем самым усилив угрозу туркам. Противник остался без продовольствия, оружия, подкрепления. И турки ушли из России.

Сибирские ханы платили дань Москве аккуратно. Новый царь Сибири Кучум утвердил эту землю в подданстве России. Иоанн взял Кучума под свою руку с условием, чтобы тот платил ему ежегодно одну тысячу рублей.