Внутренне радуясь полному бездействию царя, хитрый Годунов постоянно старался возвысить Ирину в глазах россиян, одним ее державным именем, без Федора, издавая милостивые указы, прощая или жалуя людей.

12 декабря 1586 г. скончался Стефан Баторий — один из знаменитейших венценосцев мира того времени и опаснейший противник правителей России.

Из Литвы и Польши пришли слухи, что вельможные паны хотят избрать себе нового государя и что претендентами на это место могут выдвинуть шведского королевича Сигизмунда (племянника вдовы Стефана Батория) и царя России Федора Иоанновича. Послом из Москвы в Литву был послан Елизарий Ржевский. Паны ответили Федору, что их государь будет избираться сеймом. Между тем Польша и Литва были в сильном волнении. Страсти кипели. Для участия в сейме из Москвы выехали два знатных боярина — Степан Годунов и князь Федор Троекуров, а также известный дьяк Василий Щелкалов. С ними было отправлено 48 писем польским и литовским вельможам, но дары посланы не были. Нет сомнения, что Федор, подобно отцу и деду, искренне хотел королевского сана, чтобы соединить вечно враждующие державы узами братства, предлагая польскому сейму выгодные условия.

12 июля 1587 г. русское посольство было остановлено в селе Окунево, в 15 верстах от Варшавы. От имени польского сейма им сообщили, что в столицу въезжать опасно. Так называемое рыцарское коло (место шумных совещаний) представляло иногда зрелище битвы: вооруженные толпы стреляли друг в друга. Наконец благоразумно условились прекратить междоусобицу и выставить в поле в соответствии с числом претендентов три знамени: российское, цесарское (эрцгерцога Максимилиана, брата германского императора-цесаря) и шведское, чтобы видеть под каждым число избирателей и тем решить большинство голосов. Знаменем Федора была московская шапка, австрийским — немецкая шляпа, шведским — сельдь. Российское знамя одержало верх. Под него стеклось самое большое число людей. Но это блестящее торжество российской стороны оказалось бесплодным, когда дело дошло до условий.

4 августа духовенство, сенаторы, дворянство Польши и Литвы с великой честью приняли российских послов — Годунова и Троекурова. Выслушав условия царя Федора, назначили 15 вельмож для выработки приемлемых решений. Однако поляки и литовцы поставили ряд невыполнимых условий.

Они хотели, например, чтобы россияне приняли католическую веру, чтобы в титуле русского царя Польское королевство стояло выше Московского. Русские послы вынуждены были прекратить переговоры. Они хотели, по крайней мере, заключить мир, но также не могли согласиться с его условиями: Литва, например, требовала возврата ей Смоленска и Северской земли. В свою очередь и послы Федора были неуступчивы — они требовали Дерпт. Но на этом переговоры не закончились. Вторично послы съехались в Каменце. Снова шли бесконечные и бессмысленные торги. К тому же Федор не хотел искать милости у Папы и манить его лживым обещанием смены веры, не хотел он и венчаться на королевство в Польше.

Пока шли дипломатические переговоры, Замойский мечом и золотом вдовствующей королевы Анны завоевал престол 21-летнему Сигизмунду из шведской королевской династии Ваза. Российские послы преуспели только в одном: с Польшей было заключено на 15 лет перемирие без всяких уступок и выгод. 16 декабря 1587 г. Сигизмунд III Ваза был коронован в Кракове на польский престол. Царь Федор выразил досаду не за отвержение его условий в сейме, а за избрание этого короля, так как тесная связь шведской и польской держав усиливала двух неприятелей России.

Активизировали свои действия крымские татары во главе с ханом Казы-Гиреем (Ислам-Гирей умер в 1588 г.). Новый хан искал богатой добычи. Театром убийств и пожарищ надлежало выбрать Литву или Россию. Хан предпочел Литву. В конце 1589 г. Казы-Гирей известил Федора о сожжении татарами многих литовских городов и сел. Русский царь выслал Казы-Гирею подарки, однако на берегах Оки держал сильное войско.

В 1589 г. Годунов ввел в России патриаршество. В Москву приехал патриарх Константинопольский Иеремей, который встретился с царем Федором и Годуновым. Первым патриархом в России стал Иов. Тогда же было решено назначить четырех митрополитов (в Новгороде, Казани, Ростове и Крутицах), шесть архиепископов (в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани, Твери) и семь епископов (в Пскове, Ржеве, Устюге, Белоозере, Коломне, Северске, Дмитрове). Получив дары, патриарх Иеремей уехал на родину. Таким образом, устроив управление в церковных делах, Годунов, несомненно, искал опоры власти в духовенстве.

В 1590 г. заканчивался срок мирного договора со Швецией. Это заставило русского царя пересмотреть свою политику по отношению к Швеции, которая владела значительной территорией, ранее принадлежавшей Руси.

Швеции была объявлена война. Россияне собрали 300-тысячное войско. Годунов хотел отличиться и в ратном деле. На коня был посажен Федор Иоаннович (так хотел Годунов). Князь Федор Мстиславский, знатнейший из родовых вельмож, начальствовал в Большом полку, князь Дмитрий Хворостинин — в Передовом. Борис Годунов и Федор Романов-Юрьев (будущий митрополит Филарет) находились при царе и поэтому их называли дворовыми или ближними воеводами. Царица Ирина ехала за супругом до Новгорода.

Одни полки пошли «воевать» Финляндию, другие — Ливонию. Основные силы направились к Нарве. В январе 1590 г. был взят г. Ям. Князь Хворостинин разбил 20-тысячное войско шведов и «втоптал» их в Нарву. Город был переполнен людьми, запасов было немного. Главный шведский воевода Банер, оставив в крепости необходимое число воинов, ночью ушел к Везенбергу. За ним вдогонку сразу же устремилась русская конница. Шведы бросили обоз, пушки. В плен были взяты многие знатные чиновники. 4 февраля 1591 г. россияне окружили Нарву. Одновременно они беспрепятственно опустошили Эстонию (до Ревеля) и Финляндию (до Або). Шведский король Иоанн III имел больше мудрости, чем силы. Начались переговоры. Русские требовали Нарву и всю Эстонию. Но шведы уступили России только Ивангород и Копорье. Заключили перемирие на год и условились: судьбу Эстонии решить на будущей встрече послов. Царь Федор спешил возвратиться к супруге Ирине в Новгород, а затем в Москву.

Вскоре король Швеции Иоанн III упрекнул своего военачальника Горна в малодушии и объявил, что подписанный им договор не имеет силы. Шведы снова запросили у русских города Ям, Ивангород и Копорье. Об Эстонии речи не шло. Но даже шведские воины не хотели воевать, возмущались действиями короля и кричали: «Не хотим кровопролития!». Воспользовавшись этой ситуацией, русская дипломатия усилила нажим на шведов, в результате чего к России перешла Карелия. Когда послы разъехались, шведский генерал Бое в ту же ночь осадил Новгород, но мужественный воевода города Иоанн Сабуров в смелой вылазке наголову разбил шведов.