В июне 1601 г. исполнили царский приговор: Федора Никитича Романова, постриженного и названного Филаретом, сослали в Сийскую Антониеву обитель. Его супругу Ксению Иоанновну, также постриженную и названную Марфой, отправили в один из Заонежских погостов, тещу Федора Никитича Шестову выслали в Чебоксары. Братьев Федора Никитича сослали в разные места: Александра — к Белому морю, Михаила — в Пермь, Иоанна — в Пелым, Василия — в Яренск. Родственников Романова князя Бориса Черкасского с женой и детей Федора Никитича — шестилетнего Михаила (будущего царя) и юную дочь выслали в Белоозеро. Князя Иоанна Сицкого заточили в Кожеозерский монастырь, а его жену — в Сумской острог; других Сицких — Федора и Владимира, а также Шестуновых, Карповых и князей Репниных — в темницы разных городов России. За всеми ссыльными установили постоянную слежку.

Василий Никитич Захарьин-Романов скончался 15 февраля 1602 г. Недолго жили также Александр и Михаил Никитичи. Вскоре участь опальных смягчилась. В марте 1602 г. царь милостиво указал Иоанну Романову ехать на службу в Уфу, а оттуда в Нижний Новгород и наконец в Москву. Милость получили и другие опальные.

Не одних Захарьиных-Романовых опасался Борис. Запретили жениться князю Илье Милославскому и Василию Шуйскому, думая, что их дети, по древней знатности своих родов, могли бы также состязаться с сыном Годунова.

Не было шумных казней, но несчастных морили в темницах, пытали по доносам. Одним словом, это время царствования Бориса было тяжелым и оно по жестокости не уступало времени господства Иоанна Грозного. Мнение народа о царе резко изменилось. Сильный голод, потрясший Россию в 1603 г., и заботы царя о выходе из кризиса в это время не смогли изменить мнения о Годунове. Лишь в 1603 г. в стране стабилизировалось положение с хлебом, но это стоило многих сотен жизней россиян.

Казна была пуста, но именно в это время Годунов угощал своего нареченного датского зятя и возводил в Москве новые великолепные здания. В 1600 г. была достроена колокольня, позже названная «Иван Великий».

В стране начались разбои. Под Москвой разыгралось настоящее сражение между воеводой Иоанном Басмановым и атаманом «бродят» Хлопкой, или Косолапым. В этом сражении Басманов погиб, а Хлопка взят в плен. Вскоре он погиб от ран или пыток. Многих возмутителей спокойствия повесили, некоторые спаслись на южных окраинах России (Украине).

Через шесть лег пострижения, в 1604 г., в монастыре скончалась Ирина, жена Федора Иоанновича. Инокиню Александру погребли с царским великолепием в Девичьем Вознесенском монастыре, близ гроба дочери Иоанна Грозного Марии. Ирина была счастлива навеки сомкнуть свои очи, так как не стала свидетельницей гибели своего рода.

Внезапно разнесся слух о том, что якобы последний сын Иоанна Грозного Дмитрий жив. Россияне были поражены. Вскоре узнали, что имя мнимого царевича Юрий Отрепьев. Он был сыном бедного боярина из Галича, Богдана-Якова, стрелецкого сотника, убитого в Москве пьяным литовцем, когда Юрий был еще ребенком. Отрепьев-отец служил у князя Бориса Черкасского. Юрий был умен, знал грамоту, но имел мало благоразумия. Следуя примеру деда — Замятина-Отрепьева, он стал иноком. Постриженный вятским игуменом Трифоном и названный Григорием, этот юный чернец скитался по России — жил в Суздале, в Галицкой обители. Григорий был лучшим книжником того времени. Он часто ездил с патриархом Иовом в столицу, видел царскую пышность, которая его пленила. Григорий слышал об убийстве Дмитрия: семя пало на подготовленную почву. Он изучал русские летописи и нередко в шутку говаривал своим друзьям-монахам: «Знаете ли вы, что я буду царем в Москве?». За ересь Григория хотели сослать в Белоозеро, но он вместе с двумя другими иноками Мисаилом и Леонидом сбежал из монастыря.

Бродяги-иноки были тогда обычным явлением. Григорий с товарищами благополучно добрался до Новгорода-Северского, где Отрепьев оставил записку архимандриту Пафнутию: «Я, царевич Дмитрий, сын Иоаннов, и не забуду твоей ласки, когда сяду на престол отца моего!». Архимандрит ужаснулся, не знал, что делать, и решил молчать.

Таким образом, в первый раз открылся самозванец еще в пределах России. Безумец избрал надежнейший путь к цели — Литву! В этой стране всегда благосклонно относились к недругам России и особенно к тем, кто ей изменял. Здесь помнили князей Иоанна Шемякина, Иоанна Верейского, Михаила Тверского, Андрея Курбского.

Григорий благополучно добрался до Литвы. В Киеве он нашел защиту в лице знатного воеводы князя Василия Острожского. Отрепьев жил сначала в Печерском монастыре, а затем в Никольском, во всех монастырях справлял службу дьякона, но постоянно нарушал устав воздержания и целомудрия. Он распространил молву о спасении и тайном пребывании Дмитрия в Литве. У донских казаков Отрепьев учился воинскому делу. Вскоре он перешел на службу к князю Адаму Вишневецкому, который жил тогда в Брагине. И тут, заручившись поддержкой влиятельного князя, самозванец начал действовать. Григорию построили великолепный дом, его самого нарядили в богатые одежды и по всей Литве распространили слух о чудесном спасении сына русского царя. У Лжедмитрия, как и у настоящего царевича, на лице была бородавка и одна из рук короче. Королю Польши Сигизмунду III Ваза донесли О «чудесном воскрешении» Дмитрия.

Вместе с сандомирским воеводой Юрием Мнишеком и князем Вишневецким Отрепьев в 1603 или 1604 г. явился в Краков. Его принял король Сигизмунд. Лжедмитрию было выделено жалованье 40 тысяч золотых в год. Отрепьев написал Папе римскому Клименту VIII письмо, в котором просил быть его искренним покровителем.

Отрепьев стал собирать войско. Первым его поддержал Мнишек, дочь которого Марину новоявленный царевич обещал взять в жены. Григорий дал письменное обязательство выполнить обещание после восхождения на московский престол.