Старец Варнава многим предсказывал будущие гонения на веру - иным прикровенно, иным совсем ясно, он давал прямые и точные указания, как им жить в 20-е, 30-е, 40-е, 50-е и последующие годы. Предсказывал старец Варнава и грядущее возрождение Русской Православной Церкви и святую жизнь во Христе: "Преследования против веры будут постоянно увеличиваться. Неслыханные доныне горе и мрак охватят все и вся, и храмы будут закрыты. Но когда уже невмоготу станет терпеть, то наступит освобождение. И настанет время расцвета. Храмы опять начнут воздвигаться. Перед концом будет расцвет".

Служение старца увенчалось блаженной кончиной в св. алтаре перед св. Престолом. Так он прикровенно предсказывал сам: "Вот тот свят, кто до последней, минуты нес служение свое, а потом вошел в алтарь и предал дух Господу". Так и совершилось: в этот день 17 февраля 1906 г. (в пятницу на первой неделе Великого поста) он с раннего утра принимал народ, исповедовал в соборе Черниговской Божией Матери ("принял человек 500, да 400 еще дожидаются", говорил старец), наконец, поехал в Сергиево-Посадский дом призрения исповедовать начальницу его Е. И. Гончарову и ее помощницу. Исповедовав начальницу и преподав благословение и назидание, как нести нелегкое дело управления приютом, он со крестом в руке вошел в алтарь домовой церкви приюта в честь Успения Богородицы, преклонил колена перед св. Престолом и скончался.

Он жил во славу Божию

И умер со Христом,

Склонясь главой к Престолу Божию

С молитвой и крестом.

Предание о посмертном молитвенном предстательстве и чудотворной помощи старца Варнавы далеко не полно. Вот один из записанных случаев.

Одна женщина, из-под Брянска родом, страдала припадками беснования. Родные мучились с нею, но ничем нельзя было помочь. Мать много раз советовала ей съездить "к Черниговской" к старцу Варнаве, но ее при одном его имени начинала бить дрожь и она кричала: "Когда помрет - пойду, а теперь - нет!" Так и совершилось.

В начале апреля 1906 года, уже после кончины старца Варнавы, эта женщина оказалась в Черниговском монастыре (так стали звать Пещерное отделение Гефсиманского скита, где пребывала чудотворная Черниговская икона). Во время Всенощной при пении Хвалите имя Господне она стала кричать и биться и наконец выбежала из храма. Но на утро все же пришла на раннюю Литургию. При пении Херувимской она впала в; исступление, даже неистовство; какой-то незнакомой ей женщине укусила до крови палец. Наконец, выбежала, из собора Черниговской Божией Матери; ее поймали и привели в пещерный храм, где пребывала чудотворная икона. Ей налили в ложечку масла от лампады с чудотворной иконы, но она перекусила пополам серебряную ложку. Ее хотели подвести к самой чудотворной иконе, но она откусила от иконы кусок серебряной кованой ризы (между большим и указательным перстами иконы). После этого она впала в полное бесчувствие и лежала как бы без памяти.

После Литургии кто-то посоветовал поднести ее к могилке старца Варнавы, похороненного в пещерной Иверской часовне (с иконой Иверской Божией Матери). Так и поступили. И вот, когда возгласил служащий иеромонах "Во блаженном успении вечный покой подаждь Господи усопшему рабу Твоему старцу иеромонаху Варнаве",- эта женщина вдруг вскочила. Ее хотели снова схватить, но она спокойно отвечала: "Не надо - Я теперь буду молиться". Она встала на колени и до конца панихиды все плакала и повторяла: "Мне теперь дюже легко". Потом она встала, выпила масла от лампады с гроба старца Варнавы, масла из лампады с Черниговской иконы Божией Матери (при этом ей показали кусок серебра от ризы, ею откусанный) и рассказала, что когда она лежала без движения, к ней подошел небольшого роста седой монах и так ласково-ласково на нее смотрел. Одна из присутствующих женщин вынула карточку старца Варнавы и показала ей, та немедленно опознала его - "тот самый". В тот же день эта женщина исповедалась и наутро причастилась Святых Христовых Тайн. Но не уехала из Пещер, а осталась в гостинице при Пещерном отделении еще на две недели. Тогда она снова исповедалась и причастилась и уже не вернулась домой, а поступила послушницей в основанный старцем Варнавой Иверский Выксунский женский монастырь в Нижегородской епархии.

С тех пор чудеса на могиле старца Варнавы совершались постоянно. Как только у кого тяжелая болезнь и доктор бессилен, или неприятности по службе или на полях засуха - дают телеграмму преданному келейнику старца Варнавы о. Порфирию, чтобы отслужил панихиду на могилке старца Варнавы. И дело исправляется: люди выздоравливают, неприятности так или иначе улаживаются, и дождь проливается на поля. Одна из современниц прямо писала, обращаясь к читателям: "Я говорю для вашей же пользы: у кого неприятности по службе или кто болен, скорее поезжайте к Черниговской и служите панихиду на могиле старца Варнавы".

План 1879 г. представляет Черниговский скит как вытянутый по оси запад-восток прямоугольный двор, ограниченный деревянной на каменных столбах оградой. По периметру двора расположены кельи, а в центре - верхняя надпещерная деревянная церковь во имя основателей Киево-Печерской лавры преп. Антония и Феодосия Печерских, и св. Василия Парийского, построенная в 1856 - 1857 годах. Иконографические источники 50-60-х годов XIX в. свидетельствуют об эклектичности ее архитектуры, характерной для своего времени. При строительстве верхней церкви была, по всей видимости, расширена находившаяся под ней нижняя пещерная церковь 1851 года, при этом собственно бывшая средняя пещера Филиппушки превратилась в алтарь, к которому с запада была приращена обширная подземная же трапезная со сводчатым перекрытием. В последнем для освещения было устроено круглое отверстие, выходившее в трапезную верхней церкви. Из зафиксированных на плане и в описи 1879 г. строений Черниговского скита до настоящего времени сохранился лишь каменный двухэтажный келейный корпус, составляющий почти всю южную сторону обители. На литографии 1865 года этот корпус изображен одноэтажным с воротами в средней части, завершенными одноярусной колокольней с шатровым покрытием. Первый этаж существующего южного келейного корпуса был построен между 1861-1865 гг. Второй же этаж над ним был надстроен в 1870 г. Увеличение высоты южного корпуса в 1870 г. заставило увеличить и высоту колокольни над Святыми воротами в его средней части, что и осуществилось в 1874 г.: "В 1874 г. тщанием известного благотворителя обителей П.Г.Цурикова построена при пещерах новая высокая каменная колокольня, им же пожертвован для сей колокольни колокол в 260 пудов".

Постройка новой более высокой колокольни завершила второй этап в строительной истории Черниговского скита - 1857-1874 гг. В указанные годы четвероугольное расположение пустынек, сложившееся вокруг пещерной церкви 1851 г., было закреплено сооружением над ней верхней надпещерной деревянной церкви и южного келейного корпуса со Святыми воротами и колокольней. Низкие, вытянутые объемы верхней церкви и южного корпуса, оживленные часто поставленными арочными оконными и дверными проемами, шатровые завершения церкви, южного церковного крыльца и колокольни создавали определенное стилевое единство этих эклектичных по архитектуре сооружений.