В правление Алексея Михайловича расширяются полномочия воевод, которые постепенно подменяют деятельность выборного местного самоуправления, сосредоточивая в своих руках всю финансовую и административную деятельность. Судебные полномочия тоже постепенно полностью переходят к воеводам и начинают осуществляться ими единолично. В результате складывается ситуация, при которой воеводы в практике своей деятельности заменяют всех должностных губных и земских выборных лиц: старост, целовальников, судных мужей и т. п.

Города в этот период не выделялись из уездов в качестве особых административных единиц. Органов городского самоуправления не существовало, за исключением некоторых городов. Так, в Новгороде городскими делами ведали пять старост, которые выбирались пятью концами города. Для решения наиболее важных дел, для контроля над деятельностью старост и для их выборов созывались сходы городских жителей, В Пскове ведала городскими делами коллегия из старост, выбиравшаяся и подотчетная сходу горожан. Однако с развитием городского хозяйства потребность в организации особого городского самоуправления возрастала.

Для обеспечения внешней безопасности и внутренней стабильности государства необходимо опираться на хорошо обученную и вооруженную по современным военным образцам армию. Дружинная организация войска не соответствовала потребностям государства, объединявшего огромную территорию и испытывающего постоянные военные угрозы со стороны соседей.

Со второй половины XV в. основной военной силой Московского княжества стали мелкие и средние феодалы: дети боярские, городовое и московское дворянство, составлявшие дворянское ополчение. Именно оно стало основой общерусского войска. Княжеские дружины и крупные военные отряды удельных князей и бояр постепенно сошли на нет, так как их наличие не отвечало требованиям централизации власти.

К несению службы в дворянские полки стали привлекаться все землевладельцы и служилые люди вотчин и поместий. Был запрещен отъезд служилых людей к другим князьям. Дворянское войско (ополчение, конница) основывалось на поместной системе, поэтому его еще называли поместным войском (ополчением или конницей). Поместья давались в условное владение за службу.

Комплектование войска происходило путем верстания, т. е. записи в полковые списки. Эти списки составлялись на смотрах всех служилых дворян и детей боярских, проводимых московскими чинами и местными воеводами. С момента занесения в списки начиналась обязательная военная служба дворянина, появлялось право на поместный оклад и денежное жалованье. На основании верстания перераспределялись земельные и денежные оклады. Дворянин, поступавший на военную службу, принимал присягу (крестоцеловальную запись), которая обязывала его верно служить государю.

По Приговору царскому о кормлениях и службе (1556) военная служба объявлялась обязанностью всех дворян. Вотчинник и поместный дворянин должны были лично нести военную службу и выставлять «со ста четвертей добрые угожие земли человек на коне, доспесе в полном, а в дальнейшем походе о двух конь». Вотчинники и помещики уравнивались в своих обязанностях, определявшихся размерами земельных владений («государь им уравнение творяша»). Помещикам и вотчинникам «хто землю держит, а службы с нее не платит, на тех на самех и мат и деньги за люди, а хто дает люди лишние перед землею, тем от государя болшее жалованье самим, а людям их… давали деньгами». Одновременно была создана и стрелецкая служба «по прибору». В области военного строительства было принято несколько приговоров: о устроении в полцех (1552), предусматривавший поголовный смотр всех полков на предмет установления их боеготовности [305] ; о воеводах (1556), распределявший воевод по полкам и запретивший местнические споры во время военных походов [306] , а также вводивший единоначалие в войсках путем утверждения старшинства первого (большого) воеводы [307] .

Для снабжения служилых людей был образован приказ Большого прихода (1554–1555), в ведении которого находилось пять четвертинных приказов, собиравших налоги с определенной территории. Деньги, поступившие в эти приказы, подлежали раздаче воинам в виде оплаты за их службу: в городовых полках раз в три года, а в провинциальных раз в четыре года. Дворянские полки были мало дисциплинированы, плохо обучены и плохо вооружены. По словам современника, учения у них (дворян) «к бою не бывает и строю никакого не знают», Мобилизация поместного войска имела много недостатков, происходила крайне медленно, само войско было малоподвижным, сопровождалось громоздкими обозами.

При ведении больших и продолжительных войн к военной службе привлекались крестьяне и горожане. Крестьяне-ратники, призванные с сохи (податная единица обложения), назывались «посошной ратью», «посохой». Посоха выполняла различные обслуживающие работы в войсках. Городское население принимало участие в содержании лиц «городовой службы» и в охране городов. В обязанности горожан входили посылка в армию пищальников (набирались не с сохи, а с двора), снабжение их оружием, снаряжением и продовольствием. Содержалась армия за счет собственных припасов и средств населения тех местностей, по которым проходили войска.

В 40-х гг. XVII в. ратная повинность начала распределяться по числу дворов. Вместе с тем в посадах и отдаленных уездах ратная повинность перелагалась на деньги.

Составной частью военных сил Русского государства были и казаки. С середины XV в. правительство все более активно привлекает их к несению сторожевой пограничной службы, предоставив некоторые льготы.

Ко второй половине XVI в. поместная система не в полной мере отвечает интересам государства и постепенно вытесняется постоянным войском. Оно появляется в середине XVI в., когда царская власть достаточно окрепла и появились средства для содержания войска не только в военное, но и в мирное время.