Мнение выдающихся постпозитивистов П. Фейерабенда и Т. Куна о несоизмеримости теорий, в силу чего они образуют неупорядоченную совокупность концепций, оспаривалось и оспаривается целым рядом учёных. Н. Бор разрабатывает принцип соответствия теорий. Согласно данному принципу менее развитая теория получается из более развитой, посредством «предельного перехода». Если, например, в формулах специальной теории относительности считать, что скорость света равна бесконечности, то они переходят в формулы классической дорелятивистской физики. Н. Бор отмечает, что принцип соответствия выражает тенденцию использовать при систематическом развитии теории квантов каждую черту классической теории. Но целесообразная интерпретация такого рода производится с учётом существенного различия между постулатами обеих теорий. Можно возразить как теории Н. Бора, так и другим трактовкам принципа соответствия. Основания для этого содержатся в противоречии между неизбежностью для новых теорий стать самостоятельными теориями и сохранением их в едином научно-теоретическом ряду, что возможно при наличии концептуальной связи. И здесь важен принцип единства дифференциации и интеграции научного знания. Однако синтез знания не означает грубого обезличивания новой теории, так как он осуществляется многими путями и при наличии концептуальной основы в развитой теории, способствует её обогащению, расширению сферы применения, актуализации и в конечном счёте росту научного знания.

Принцип трансдисциплинарности вытекает из трансдисциплинарности различных типов наук, как формальных (семиотики, логики, математики, лингвистики), так и социальных, гуманитарных, технических и др. Так, собственно социологический взгляд на науку, стремительно распространившийся и имевший немалый успех, в англоязычном мире вылился в принцип социальной целесообразности. Данный принцип в современной интерпретации шире трактует науку и научную деятельность, нежели рассмотрение её в качестве приложения к нуждам власти, управлению и полной зависимости от социальной структуры. Принцип социальной целесообразности основан на социальном развитии как науки, так и общества за счёт науки, на потребности в социальном образовании и просвещении, формировании способностей ориентироваться в системе общечеловеческих ценностей, социальной адаптации к новому научному процессу и его результатам, социальном взаимодействии в сфере науки. И если современные технологии призваны реализовывать содержание данного принципа в его современном истолковании, то наука в значительной степени зависит от высоких технологий. Многие относят социальную целесообразность науки к прагматической её стороне, но нельзя не заметить и её гуманитарную составляющую. По Мангейму, наука определяется историческим и социальным окружением, что есть её «социальная детерминация», исключением являются только математика и естественные науки.

Знание как концепт науки есть адекватное отражение объективной реальности в сознании человека в форме представлений, понятий, суждений, теории. По мере развития данного концепта расширяется и углубляется представление о его сущности, содержании, объёме. Одно из направлений этого процесса – попытка разрешения проблемы соотношения субъективности и объективности научного знания. В процессе формирования научного знания можно выделить следующие этапы: поиск и систематизация фактов, обобщение научных фактов и формирование понятий и суждений, возникновение научных идей и выдвижение основанных на них гипотез, доказательство гипотез и построение научных теорий.

Категории, понятия, термины в науке часто отождествляются, и это имеет определённые основания, так как в определениях каждого из них присутствует некоторая часть значений и того, и другого.

Вся названная группа значений несёт методологическую нагрузку в науке всех направлений. Категории как предельно общие, фундаментальные понятия отражают наиболее существенные и закономерные (в классической традиции) связи и отношения реальности и познания. В логике категории определяются как особые формы и устойчивые организующие принципы мышления. Категории воспроизводят свойства и отношения бытия и познания во всеобщем и концентрированном виде.

В истории анализа категорий науки можно выделить периоды: ранний, новый и современный. Ранний период относится к древности, когда были первые попытки выявить основные принципы бытия. Считается, что впервые систематический анализ категорий осуществил Аристотель в трактате «Категории». В составленной им таблице охарактеризованы следующие категории: сущность (субстанция), количество, качество, отношение, время, место, действие, положение и страдание.

По мере развития философии и конкретных наук (новое время) начался новый этап в анализе категорий. Начало этапа связывают с учением И. Канта, рассматривавшего категории как априорные формы рассудка, характеризующие не мир «вещей в себе», а познающего субъекта, структуру его мышления. Категориальная таблица Канта составлена на априорном (доопытном) принципе. На основе объективного идеализма трактовку и таблицу категорий ввёл Гегель. Он предложил такие категории: бытие, означающее качество, количество, меру; сущность как основание, явление, действительность, причина, взаимодействие; понятие, включающее субъект, объект, абсолютную идею.

Современный этап в трактовке категорий связан с интенсивным развитием науки, философских направлений, что требует их рассмотрения с различных мировоззренческих и инструментальных позиций. Речь идёт об отрицании объективного значения категорий, о распространении формально-логических оснований в их трактовке, об идеях, связанных с философией постмодерна, о синергетических подходах, лингвистических изысканиях и др. В каждой конкретной науке имеется своя система категорий. В логике, например, фундаментальными категориями являются понятия логического вывода, суждения, умозаключения, дедукции, индукции и др. Но логика существует в многообразных видах, каждый из которых имеет свои категории. Например, в логике предикатов, которая является основным разделом математической, символической логики, категориями являются непротиворечивость, полнота (высказываний), разрешимость теории. В логике предикатов описываются выводы, учитывающие внутреннюю (субъектно-предикатную) структуру высказывания.

В системе диалектического материализма категории рассматриваются как узловые пункты познания, моменты проникновения мышления в сущность вещей. Такие категории диамата, как единичное и особенное, часть и целое, форма и содержание являются фундаментальными и рассматриваются как результат обобщения опыта исторического развития познания и общественной практики. В экзистенциализме, поскольку он сконцентрирован на развитии философии жизни, статус категорий имеют понятия «бытие – в – мире», «небытие», «судьба», «свобода и ответственность», «вина», «страх», «настроение» и другие экзистенциалы.