В такой политической ситуации П.А. Столыпин решил поступать в Императорский Санкт-Петербургский университет, который был основан 28 января 1724 г. Петром I в составе Академии наук (в историографии для этого периода закрепилось название «Академический университет»). В конце XVIII – начале XIX вв. он претерпевал различные организационные и структурные изменения, с 1804 г. существовал под именем Педагогического, а с 1816 г. – Главного Педагогического института. 8 февраля 1819 г. по инициативе попечителя Санкт-Петербургского учебного округа С.С. Уварова был возрожден под именем Санкт-Петербургского университета в системе Министерства народного просвещения. Возрожденный университет унаследовал от института все: профессоров и студентов, структуру факультетов, объемы и программы преподавания, помещения, библиотеку и учебные кабинеты 128 .

С 1860-х гг. происходил бурный рост естествознания в России. Физико-математический факультет Санкт-Петербургского университета во второй половине XIX в. стал одним из крупнейших в стране центров естествознания, что, естественно, привлекало к нему молодых людей. Интересно отметить, что в период действия устава 1863 г., за исключением ректорства юриста П.Г. Редкина в 1873–1876 гг., все ректоры были представителями физико-математического факультета: физик Э.Х. Ленц (1863–1865), химик А.А. Воскресенский (1865–1867), зоолог К.Ф. Кесслер (1867–1873), ботаник А.Н. Бекетов (1876–1883). По уставу 1863 г. факультет, сохраняя разделение на два отделения (естественное и математическое), состоял из 12 кафедр: чистой математики, механики аналитической и практической, астрономии и геодезии, физики, химии опытной и теоретической, минералогии, физической географии, геогнозии и палеонтологии, ботаники, зоологии, технической химии, агрономической химии 129 .

Устав 1863 г. требовал от студентов жесткой учебной дисциплины, они должны были проходить курс по строгому учебному плану и сдавать экзамены в соответствии с этим планом. Плата за обучение оставалась прежней – 50 руб. в год, но университет имел возможность давать отсрочки и освобождать полностью или частично от уплаты за слушание лекций. Так, в 1868 г. 354 студента (более 30 %) были полностью освобождены от платы. В 1870-е гг. уже около 70 % студентов пользовалось различными льготами по плате за обучение. Многим студентам приходилось зарабатывать себе на хлеб, и они не могли регулярно посещать лекции. Зная это, университетское начальство сквозь пальцы смотрело на «незаконные» пропуски занятий студентами. Для облегчения материального положения студенчества все более развивалась система государственных, общественных и частных стипендий. В течение 1863–1869 гг. было учреждено 100 «императорских» стипендий, 12 стипендий Санкт-Петербургской городской Думы, 5 стипендий Кавказского Комитета и множество частных стипендий. Одним из наиболее крупных пожертвований стала сумма в 200 000 руб., переданная университету в 1880 г. известным меценатом, строителем железных дорог С.С. Поляковым для строительства общежития для студентов. Оно было открыто в 1882 г. под именем коллегии императора Александра II. Количество учащихся в университете неуклонно возрастало: если в 1869 г. было 944 студента и 126 вольнослушателей, то к 1 января 1884 г. число студентов доходило до 2246 человек 130 .

Университетский устав 1884 г. открыл эпоху контрреформ 80-х гг. XIX в., проводимых правительством Александра III. Уже современниками этот устав рассматривался как «выражение недоверия к добросовестности и благонадежности профессорских коллегий». Автономия университета фактически была ликвидирована. Университетский и факультетские советы в вопросах управления оказались настолько скованы, что не могли своей властью перенести лекции с одного часа на другой. Вся жизнь университета была подчинена мелочной опеке министра и попечителя учебного округа. Попечитель получал право созывать совет, правление и присутствовать на их заседаниях, назначать деканов, контролировать преподавание приват-доцентов. Замещение вакантных кафедр происходило или по утверждению министром избранника университета, или по его собственному усмотрению. По уставу ректор не избирался, а назначался министром, что иногда приводило к определенному антагонизму между советом университета и ректором, как и было в случае с первым «ректором по назначению» – М.И. Владиславлевым. Соединение, разделение и открытие новых кафедр, ранее решавшиеся факультетом с утверждения совета, теперь также утверждались министром. В ведении факультетского собрания оставались текущие учебные и научные дела: издание сочинений, выдача студентам выпускных свидетельств, медалей и почетных отзывов, рассмотрение отчетов преподавателей, выбор тем для ежегодных студенческих работ, испытания на ученые степени и т. д. Зато избрание новых профессоров теперь стало происходить на факультете, а не в совете университета. Но в решении всех учебных дел факультеты должны были руководствоваться инструкциями и правилами, разработанными министерством. Многие дела передавались в университетский совет, функции которого оказались весьма ограниченными. Самостоятельное решение принадлежало совету лишь при утверждении ученых степеней, при определении общего числа медалей, присуждаемых студентам и т. д. В итоге значительно укреплялась крайне бюрократизированная система, когда самые частные вопросы, например оставление при университете того или иного кандидата или допущение к чтению лекций приват-доцента, в конечном счете окончательно решались министром народного просвещения 131 .

Краеугольным камнем нового устава стало кардинальное изменение экзаменационной системы. Переходные экзамены с курса на курс отменялись и заменялись обширным списком государственных экзаменов, которые надлежало сдавать все сразу по окончании университета для получения диплома. Причем принимать эти экзамены должны были не профессора, читавшие соответствующие курсы, а особые испытательные комиссии по профилю каждого факультета, назначаемые попечителем учебного округа и министром. То есть, по сути дела, испытания для получения диплома оказывались оторванными от собственно университетского преподавания. За факультетами оставалось право зачитывания студентам полугодий при условии прослушивания определенного количества лекций, участия в практических занятиях и прохождения проверочных испытаний. Успешно проучившись в университете 4 года и получив в том выпускное свидетельство, студент мог и не получить диплома, если не выдерживал государственных экзаменов или вообще не сдавал их. Например, в 1892 г. новые дипломы получили всего 317 человек, окончивших Петербургский университет. Кандидатская степень отменялась, выпускники, успешно сдавшие государственные экзамены, получали диплом I или II степени. Положительным моментом оказывалось развитие системы практических и семинарских занятий, облегчающей «вхождение в науку» молодым людям. А вот введение системы гонорара, когда студенты помимо суммы в пользу университета, вносили суммы из расчета 1 руб. за недельный час (в среднем 50 руб. в год) в пользу тех преподавателей, чьи лекции или занятия посещали, себя не оправдало, хотя она вроде бы и была направлена на улучшение материального положения профессуры. На практике она тормозила расширение преподавания, поскольку влекла за собой увеличение гонорара, противореча более чем скромным материальным возможностям большей части студентов.

16 июля 1881 г. П.А. Столыпин написал прошение на имя ректора Императорского Санкт-Петербургского университета с просьбой о зачислении его на первый курс естественного отделения физико-математического факультета. 31 августа 1881 г. он был зачислен. Помимо физики и математики на факультете преподавали химию, геологию, ботанику, зоологию и агрономию. Именно эти науки привлекали его особое внимание. К тому же на естественном отделении большое внимание уделялось не теории, а практическому применению науки. Писатель В.В. Вересаев, который поступил в Санкт-Петербургский университет несколько позже П.А. Столыпина (в 1888 г.), так описывал первые впечатления от студенческой жизни: «Университет. Бесконечно длинное, с полверсты, узкое здание. Концом своим упирается в набережную Невы, а широким трехэтажным фасадом выходит на Университетскую линию. Внутри такой же бесконечный, во всю длину здания, коридор, с рядом бесконечных окон. По коридору движется шумная, разнообразно одетая студенческая толпа (формы тогда еще не было). И сквозь толпу пробираются на свои лекции профессора – знаменитый Менделеев с чудовищно огромной головой и золотистыми, как у льва, волосами до плеч».

C семи лет П.А. Столыпин тяжело болел. У него было редкое недомогание – тиф костного мозга, из-за которого он всю жизнь не владел кистью правой руки. П.А. Столыпин очень много в своей жизни писал и при этом испытывал физические страдания, всякий раз поддерживая правую руку левой. В течение 10 лет он каждый год переносил операции. У него было лишь два-три месяца на учебу в году, и тем не менее он неизменно наверстывал упущенное. Санкт-Петербургский университет не предлагал узкой специализации, поэтому, обучаясь в нем, П.А. Столыпин начал готовиться к будущей жизни помещика и изучал те предметы, которые могли ему в этом деле пригодиться: почвоведение, физиологию животных, медицину. Особенно его увлекала химия. На характер данного поколения студентов оказала влияние реформа системы российского образования 1870-х гг. Студенты, поступившие в университеты в начале 1880-х гг., закончили классическую гимназию А.Д. Толстого. Они уже не слишком увлекались революционными идеями. Наоборот, тогда в моде были славянофильские и патриотические течения. Требования, которые предъявлялись к выпускникам гимназии, и требования, предъявляемые к студентам профессорами университетов, отличались друг от друга. Профессорско-преподавательский состав хотел видеть в студентах думающих людей, способных к самостоятельному анализу научных данных. Но вчерашние гимназисты первые несколько лет были не готовы к подобным требованиям, так как гимназическое образование не предусматривало развитие аналитического мышления 132 . Очень ярко сложившаяся ситуация показана в романе «Восьмидесятники» А.В. Амфитеатрова: «Кого восемь лет изо дня в день колотили по мозгам Ходобаем и Курциусом, тот на первых порах потом обыкновенную человеческую речь и серьезную мысль слушает туго и дико. Вы привыкли зубрить, в лучшем случае, учить уроки, а вам читают лекции, рассчитанные на критическое восприятие. А его-то у вас и нет» 133 .

Подобная межпоколенческая граница была обусловлена и реформой системы высшего образования в 1880-е гг. Правительство и администрация университетов относились «настороженно» к студенчеству, выстраивая взаимоотношения скорее в форме административных указаний, нежели в форме сотрудничества. Т.М. Бон отмечает, что университетский устав 1884 г. и дополнительные предписания министерства «придали университетам казарменный характер» 134 . В XIX в. неблагонадежных казеннокоштных (то есть находящихся на гособеспечении) студентов могли отдать в солдаты, а вплоть до 1874 г. в империи был рекрутский набор и солдаты служили сначала 25, потом 15 лет. Фактически для забритого в солдаты студента это означало сломанную жизнь. Нередки были случаи, когда за участие в несанкционированной сходке бывший студент отправлялся в ссылку или в тюрьму. Да и простое исключение из университета было большой жизненной трагедией – университетов было не так много, поступить в них было нелегко, а оказаться за стенами университета без диплома значило обречь себя на прозябание на самых низших этажах служебной лестницы (при этом перечеркнув все надежды своих родных, которые ради того, чтоб выучить чадо, иногда отдавали последние деньги). Человек без высшего образования дальше чина титулярного советника пойти не мог, служи он хоть всю жизнь.