Но в самый день похорон царских вражда между ними разгорелась в высшей степени: патриарх на отпевании вложил в руки покойника прощальную грамоту; духовник считал это своим правом и вышел из себя: после похорон пришел наверх, в комнату, где собрано было все царское семейство, и начал кричать:

«Покойный государь прощение не получил, патриарх не дал мне вручить ему прощальную грамоту; дайте мне 2000 человек войска, я пойду на патриарха и убью его; или оружием, или какою отравою убейте мне супостата моего патриарха, если же не предадите смерти патриарха, то я вас прокляну, а с патриархом управлюсь сам, я уже нанял 500 ратных людей, чтоб убить его».

Царь, царица и царевны «не соизволиша» на это, говорит наивно официальный акт.

Они выдали патриарху расходившегося протопопа; Иоаким созвал собор, 14 марта 1676 года произнесено было осуждение.

Кроме выходки во дворце показаны были еще следующие вины:

1) когда по изволению царскому сей злый иерей взят был на управление духовное царского дома, то он, самочинием своим и неправильно, не востребовав архиерейского благословения, восхитил самочинно духовную власть и называл себя протопопом без ставленной грамоты.

2) Вместо заступления за несчастных многим мучения и казни исходатайствовал, обличаемый в своих винах письмами от некоторых людей вправду, что с замужнею женщиною прелюбодействовал. Лучше было ему в том грехе каяться, а не обличителям пакости творить и мстить, многие из-за него были замучены и посланы в оземствование.

 3) Пьянствовал с зазорными лицами, блудническими песнями услаждаясь, с приложением различных игр и бряцаний.

4) Без благословения нашего церковь сам собою воздвиг; будучи под нашим патриаршеским запрещением и ни во что его вменяя, обедню служил.

5) Вражду положил между царем и нами, патриархом, не хотя себя видеть от нас правильно обличаема, привел царя на то, что не хотел ходить в соборную церковь и к нашему благословению.

6) Восхитил от живого мужа жену и нуждою ее в супружество другому мужу отдал и в отчине своей священнику неволею приказал их венчать, потом у второго мужа отнял ее, прелюбодействовал с нею, а первого мужа безвинно в дальнее оземствование послал, в темнице в оковах держать велел.

 Савинов был лишен священства и сослан в Кожеезерский монастырь.

Поэтому и неудивительно, что патриарх Иоаким в начале царствования Феодора Алексеевича был в числе фактических правителей государства наряду с Иваном Милославским.

В конце апреля 1682 года Иоаким уже был во главе совершивших дворцовый переворот, в результате которого царём был объявлен младший брат покойного Феодора Алексеевича – царевич Петр Алексеевич.

25 июня 1682 венчал Петра и его старшего сводного брата Иоанна Алексеевича на царство.

В 1686 исходатайствовал царскую грамоту о неподсудности лиц духовного сана гражданским властям.

В 1687 установил общую для всех епархий норму церковных даней и пошлин.

Решительно противодействовал планам коронации Царевны Софьи, что породило в среде её партии план низложения (и даже убийства) Иоакима и возведения на Патриарший престол Сильвестра Медведева.

Во время событий августа 1689 фактически стал на сторону Петра в его противостоянии с Софьей, оставшись с ним в Троицком монастыре

Московский собор (1681—1682) признал необходимой совокупную борьбу духовной и светской властей с усилением позиций «старообрядцев», просил царя подтвердить постановления Большого Московского собора 1667 года об отсылке старообрядцев к градскому суду.

Собор постановил отбирать старопечатные книги и взамен их выдавать исправленные, установил надзор за продажей тетрадей, которые, под видом выписок из священного Писания, содержали в себе хулы на новонапечатные книги церковные. Собор также определил разорять старообрядческие скиты, монастыри, часовни и поселения старообрядцев вокруг них.

Царица Софья, именно по просьбе духовенства, собора 1681-82 года, в первую очередь патриарха Иоакима, издаст в 1685 году знаменитые «12 статей» – государственные всеобщие законы, на основании которых будут преданы различным казням: изгнаниям, тюрьмам, пыткам, сожжениям живыми в срубах тысячи старообрядцев.

В патриаршество Иоакима были учреждены следующие новые епархии: Нижегородская, Устюжская, Холмогорская (Архангельская), Тамбовская и Воронежская.

Собор 1675 в Москве установил исключительную юрисдикцию церковного суда над духовенством.

Собор постановил, чтобы епархиальные архиереи имели в своих приказах судей из лиц духовных, чтобы мирские судьи лиц духовного чина ни в чём не судили и ни в чём не управляли, чтобы церковные дани собирались протопопами, архимандритами или поповскими старостами, чтобы дворяне и дети боярские посылались из архиерейских приказов только «на непослушников и непокорников».