Афразийская макросемья включает языки шести крупных семей, пять из которых представлены только в Африке:

Афразийским некоторые учёные считают исчезающий язык онгота, располагающий 10–12 носителями в одной из деревень Юго-Западной Эфиопии. В языке переплетаются нило-сахарские и афразийские лексемы и грамматические характеристики, по происхождению он может быть древним контактным языком. Различные точки зрения, высказанные в последние три десятилетия, рассматривают онгота как близкий к омотским, изолированный афразийский либо нило-сахарский язык с афразийским суперстратом [Fleming 2006].

Родство между семитскими и берберскими языками было очевидно ближневосточным учёным в Средние века. Ещё в IX в. алжирский грамматист Иехуда ибн Курайш писал об этом родстве со ссылками на арабский, древнееврейский и арамейский языки. Европейские исследования в этой области начались только тысячелетием спустя, хотя сопоставления отдельных форм делались ещё в XVII в. В 1812 г. немецкие лингвисты И. К. Аделунг и И. С. Фатер в своём сводном труде «Митридат» отмечали родство между семитскими и берберскими языками. В 1844 г. немецкий филолог Т. Бенфей предположил генетическую связь между семитскими, берберскими и кушитскими языками, а англичанин Т. Ньюман годом позже заметил схожесть семитских языков с коптским и хауса.

Датой становления сравнительно-исторических исследований афразийских языков принято считать 1863 г., когда К.-Р. Лепсиус предложил объединить семитские языки с рядом языков Африки, прежде всего древнеегипетским, а также некоторыми кушитскими, берберскими языками и языком хауса. Все перечисленные африканские языки были им названы хамитскими, а обе крупные группы объединены в семито-хамитскую, или хамито-семитскую, семью языков. Названия «хамитские» и «семитские» происходят из генеалогии Книги Бытия, выводящей все народы мира от трёх сыновей легендарного пророка Ноя – Сима, Хама и Иафета. Точка зрения была поддержана Л. Рейнишем в начале XX в. К этому времени А. Эрманом было доказано родство древнеегипетского языка с семитскими – их долго относили к одной группе. В работах К. Майнхофа термин «хамитские языки» был размыт причислением к группе множества самых различных языков Африки, сходных по типологическим критериям – прежде всего по наличию грамматического рода. Лишь после выхода в свет в 1924 г. труда М. Коэна [Cohen 1924] состав хамитских языков был ограничен берберскими, чадскими и кушитскими (в состав последних тогда включали и омотские языки).

Эта и другие работы середины XX в. продемонстрировали также, что хамитские языки не составляют единой группы vis-`a-vis семитские языки. В 1950-е гг. Дж. Гринберг предложил классификацию афразийской макросемьи, принятую по сей день, – с делением на шесть семей единого таксономического уровня. Обоснование выделения омотских языков в особую ветвь макросемьи принадлежит Г. Флемингу. Название «семито-хамитские» после работ Гринберга стало устаревшим и было заменено термином «афроазиатские» или «афразийские»; последнее принято в российской научной литературе.

Советская востоковедческая школа внесла важнейший вклад в изучение афразийских языков. В 1965 г. советским лингвистом И. М. Дьяконовым была опубликована первая сравнительно-историческая грамматика афразийских языков [1965]. Тогда же над афразийским материалом работали виднейшие советские компаративисты В. М. Иллич-Свитыч и А. Б. Долгопольский. Ностратическая гипотеза, выдвинутая в начале XX в. Х. Педерсеном и обоснованная в 1960-х гг. советской школой компаративистики, включала афразийские языки в состав ностратической языковой общности. Позже возобладала точка зрения о примерно одинаковом таксономическом уровне двух праязыков, однако гипотеза о родстве афразийских языков с другими семьями языков Евразии по-прежнему остаётся привлекательной.

В 1980-х и 1990-х гг. командой российских учёных под руководством И. М. Дьяконова была начата публикация материалов сравнительно-исторического исследования афразийских языков. В 1995 г. одновременно вышли в свет две реконструкции афразийского праязыкового состояния: монография К. Эрета [Ehret 1995] и словарь В. Э. Орла и О. В. Столбовой [Orel, Stolbova 1995]. Обе реконструкции подверглись довольно жёсткой критике за неточности и вольные семантические толкования. Однако это говорит не столько о слабости самих работ, сколько о несовершенстве современных методов сравнительного анализа, не позволяющих получить надёжные результаты праязыковой реконструкции глубиной свыше 7–8 тыс. лет. Несмотря на критическое отношение многих современных лингвистов к дальнему родству языков, наличие афразийской макросемьи в науке не оспаривается, а её состав остаётся в целом неизменным.

На фоне консенсуса по вопросу самой афразийской гипотезы в мировом языкознании не прекращаются споры о группировке семей в составе макросемьи и порядке их отделения от праязыковой общности. Согласно глоттохронологическому анализу А. Ю. Милитарёва [Militarev 2005], макросемья распалась на две ветви: северную – в составе чадских, берберских, семитских и древнеегипетского языков – и южную, включающую кушитские и омотские языки. К. Эрет и Г. Флеминг склонялись к тому, что омотские языки первыми отделились от праязыковой общности. Древнеегипетский язык обладает рядом общих изоглосс с чадскими языками, с одной стороны, и семитскими – с другой. Наиболее неопределённым остаётся положение кушитских и омотских языков: первые, возможно, не являются единой семьёй, но представляют собой результат конвергентного развития языков нескольких небольших семей, в то время как место омотских языков в составе макросемьи пока окончательно не определено.

Другой проблемой афразийского языкознания является необходимость преодоления «семитского крена» в сравнительно-исторических исследованиях и реконструкции. С самого зарождения афразийской компаративистики основным материалом для анализа служили семитские языки, в меньшей степени – древнеегипетский. Это объяснялось скудностью данных и отсутствием исторической ретроспективы по языкам других семей – кушитских, берберских, чадских, омотских. В результате многие учёные подчёркивали излишне «семитообразный» характер выводов о строении афразийского праязыка, о путях его доисторического развития в различных ветвях макросемьи. Целый ряд явлений и процессов в афразийских языках Африки рассматривался через призму семитского языкознания. Эта тенденция отчасти сохранилась и сегодня и преодолевается весьма медленно, однако постепенное накопление материала по современным афразийским языкам Африки позволит со временем сбалансировать удельный вес их материала в сравнительно-историческом анализе.