С 24 августа 1941 года и до окончания войны начальником Управления НКВД по городу Ленинграду и Ленинградской области был генерал-лейтенант Петр Николаевич Кубаткин (1907–1950). До приезда в Ленинград он работал в центральном аппарате наркомата госбезопасности, а до этого был начальником Московского управления НКВД. П. Н. Кубаткин стал шестнадцатым руководителем чекистского аппарата в нашем городе. С 15 июня 1946 года он был переведен на работу в Москву на должность начальника ПГУ МГБ СССР. 27 октября 1950 года Кубаткин был осужден по «Ленинградскому делу» и приговорен к высшей мере наказания. Реабилитирован посмертно в 1956 году.

К августу 1941 года враг прорвался в пределы Ленинградской области, и первыми, кому пришлось отражать атаки противника, стали чекисты-пограничники. 10 суток пограничники 102-го погранотряда вели непрерывные бои с противником, удерживая город Кексгольм (Приозерск) и станцию Карлахти, на которой находились армейские склады снабжения с миллионными запасами снарядов и других видов вооружения. Пограничники дали возможность вывезти все это в тыл. Тяжелые бои вели бойцы 6-го погранотряда на Кингисеппском направлении, а на подступах к Выборгу свыше полугора месяцев оборонялся 5-й погранотряд, прочно удерживая линию государственной границы. Это дало возможность отойти войскам 142-й и 198-й дивизий, а бойцы 265-й стрелковой дивизии смогли выйти из окружения. За проявленное в эти дни мужество 266 пограничников были награждены орденами и медалями.

Ярким примером героизма служит подвиг майора А. Д. Гарькавого и его семьи. В начале июля 1941 года сводный полк пограничников 102-го погранотряда попал в окружение и 8 суток отражал яростные атаки фашистов. Среди сражавшихся были семнадцатилетний сын майора и его жена. Мужественная женщина сумела переправить в Ленинград двух маленьких дочерей и, вернувшись в отряд, приняла активное участие в боях. 7 июля отряд вырвался из окружения. А. Д. Гарькавый погиб 29 октября 1941 года, командуя полком в боях за Ленинград. Его именем названа улица города и 9-я застава 102-го погранотряда, оно увековечено на мемориальной доске в здании Управления.

Враг продолжал рваться к городу. Бороться с ним каждый считал своим святым долгом. В короткий срок в действующую армию из Ленинграда было отправлено 300 тыс. человек в составе 10 дивизий народного ополчения. Уже 4 июля 1941 года в формировавшиеся первые три дивизии было откомандировано 52 сотрудника Управления госбезопасности. Всего в состав дивизий народного ополчения чекисты направили 200 добровольцев. Оперативные работники составили ядро Особых отделов и командного состава дивизий народного ополчения, а часть их в дальнейшем была направлена в Особые отделы действующей армии. Кроме этого, только летом 1941 года Ленинградское управление госбезопасности откомандировало на фронт свыше 600 сотрудников.

К началу Великой Отечественной войны 65% сотрудников Ленинградского управления не имело трехлетнего стажа работы, в то время как мобилизационные мероприятия по развертыванию соединений фронта вызывали острую потребность в чекистских кадрах (в начале войны Ленинградский военный округ был преобразован в Северный фронт, который 23 августа 1941 года разделился на Ленинградский и Карельский фронты, 17 декабря 1941 года из Волховской группы войск Ленинградского фронта выделился Волховский фронт). С прибывающими частями в состав Особого отдела Северного фронта поступило 1500 человек из территориальных органов госбезопасности Ленинграда и других регионов, из специальных школ и запаса. Свыше 700 коммунистов были направлены в органы госбезопасности областной и городской комитеты ВКП(б). Немало сотрудников было переведено в Особые отделы со строевой и политической работы из действующей армии.

Всего во время войны в Особых отделах Ленинградского фронта работало около 2500 человек, Балтфлота – 400 и в Ленинградском Управлении госбезопасности – более 3000. Тогда же, в первые дни войны, было сформировано 15 специальных боевых отрядов, куда на командные должности были поставлены руководящие работники органов госбезопасности Ленинграда (Алмазов, Захаров и другие).

О том, как боролся с фашистами отряд Николая Алексеевича Алмазова, работавшего до этого начальником отдела Управления, писала в 1941 году газета «Наркомвнуделец»:

Неоценимые услуги армии оказывали оперработники разведывательного отдела Управления. Ими была организована разведывательная работа на передовой линии фронта, давшая возможность собрать ряд ценных сведений, позволивших военному командованию принять решения по нанесению фашистам наибольшего урона. Деятельность разведывательно-боевых групп была высоко оценена в приказе Начальника Управления НКВД по Ленинградской области от 27 января 1942 года. Многие оперативные работники, в частности Белоцерковский, Кадачигов, Тимофеев, Соболев, Бучнев, Слонецкий, Свинцов, Бруков, Попруженко, Кутузов, а также водители автобазы Шепелевский и Алании, были поощрены в этом приказе.