Зимой 1941 года в Ленинграде проводился сбор пожертвований и денег в фонд обороны. К 1 января 1942 года работники Управления внесли денег и облигаций госзаймов на 1 миллион 173 тыс. 800 рублей, а также передали 250 золотых и серебряных вещей.

Командование Ленинградского фронта и блокированный город ежедневно и ежечасно нуждались в точных сведениях о силах врага и его замыслах. Эту задачу наряду с армейской разведкой решали оперативные сотрудники контрразведки Ленинградского, Волховского фронтов и Ленинградского управления госбезопасности. Только люди большой силы воли и психологической выдержки могли совершать переходы через линию фронта в тыл противника, вести разведку в условиях, при которых малейшая неосторожность могла привести к гибели.

Осенью 1941 года к моменту стабилизации линии фронта под Ленинградом из 72-х районов области 44 были оккупированы полностью и 13 частично. Оперативная обстановка в оккупированной зоне Ленинградской области была одной из самых сложных среди захваченных противником территорий. Фашисты создали здесь широкую сеть разведывательных и контрразведывательных органов. Здесь базировался штаб абвера при Северной группировке войск, имевший на участке 16-й и 18-й армий свои абвергруппы (разведывательные: 104, 111, 112; диверсионно-разведывательные: 204, 211, 212; контрразведывательные: 304, 311, 312, 313, 317, 319). Кроме того, в области обосновались зондеркоманды германской службы безопасности, проводившие контрразведывательную работу среди населения и разведывательную – через свой орган «Цеппелин» (штабы команд находились в Пскове, Порхове, Луге, Плюссе, Стругах Красных, Красногвардейске).

Развернули свою деятельность на оккупированных территориях нашей области и органы тайной полиции ГФП, которые помимо разведывательной и контрразведывательной работы выполняли следственные и судебные функции. Разведывательную и контрразведывательную работу осуществляли также комендатуры, жандармерия, отделы пропаганды. Эти структуры набирали своих сотрудников из местных жителей и приобретали свою агентурно-осведомительную сеть.

В этих исключительно трудных условиях приходилось работать чекистам, подпольщикам, партизанам, разведчикам. Огромная заслуга в проведении боевой и разведывательной работы принадлежит партизанским отрядам. Для ее ведения с августа по октябрь 1941 года было сформировано и направлено в тыл противника129 партизанских отрядов численностью 6344 человека. Одновременно в районах, еще не занятых противником, было сформировано 158 партизанских отрядов численностью 5 339 человек. В партизанской борьбе на ленинградской земле непосредственное участие принимали многие чекисты, некоторые из них возглавляли партизанские отряды.

Сотрудники Гдовского райотдела УНКВД в полном составе вступили в партизанский отряд, когда район оккупировали гитлеровские войска. Возглавил отряд начальник райотдела Василий Андреевич Пашкин. С 16 июля по 3 декабря 1941 года отряд подорвал 8 воинских эшелонов противника, взорвал 3 моста, уничтожил склад боеприпасов.

Отряд под командованием чекиста Николая Ивановича Ефремова за 1941 год уничтожил свыше 200 немецких солдат и офицеров, разгромил штаб немецкой части, во время этой операции был убит фашистский генерал.

Не менее активно действовал партизанский отряд под командованием Александра Матвеевича Копылова, за отвагу и успешное выполнение боевых заданий награжденного впоследствии орденом Красного Знамени. В августе 1942 года он возглавил разведывательно-диверсионную группу, которая выполняла задания в тылу противника в Гатчинском районе Ленинградской области. 11 мая 1943 года при возвращении из тыла противника А. М. Копылов погиб.

18 августа 1941 года в Середкинский район была направлена партизанская группа из 13 сотрудников местных аппаратов УНКВД ЛО во главе с Гирбасовым. Полностью остался в тылу противника для ведения партизанской войны Стругокрасненский райотдел УНКВД ЛО во главе с его начальником Хвойным.

С января 1942 года деятельность партизан возглавил Ленинградский штаб партизанского движения под руководством секретаря обкома ВКП(б) М. Н. Никитина. В работе штаба, созданного 27 сентября 1941 года, принимали участие начальники УНКВД ЛО и разведотдела УНКВД ЛО.

Разведывательный (позднее четвертый) отдел УНКВД ЛО возглавлял полковник Леонид Иванович Кожевников. Его отдел проводил разведывательно-диверсионную работу в тылу противника. Оперативные группы отдела создавались в непосредственной близости от линии фронта. Широкой разведывательной и диверсионной деятельностью в тылу врага чекисты оказывали большую помощь советским войскам.

Например, когда наши войска готовились к освобождению Тихвина, в тыл противника были направлены разведчицы Антонина Александровна Бузник и Полина Ивановна Болотина. Они под видом местных жительниц проникли в Тихвин, уточнили количество войск, танков и артиллерии врага и благополучно вернулись, доставив ценнейшие сведения. Обе разведчицы Управления были награждены орденами Красного Знамени.

Ленинградские чекисты приняли самое деятельное участие в выводе из окружения бойцов и командиров 2-й ударной армии, принимавшей непосредственное участие в Любаньской операции. Специальные разведывательные группы под командованием Степанова, Киннаря, Тимофеева и других совершали успешные рейды в тылы врага и выводили из окружения наших солдат и командиров. Одновременно они сообщали в Ленинград разведывательные данные о противнике.

В 1942 году партизанские отряды, действовавшие в тылу фашистов, стали объединяться для проведения совместных операций. Сформировались партизанские бригады. При них были созданы оперативные группы, состоявшие из 5–6 чекистов. В августе–сентябре 1942 года они были переброшены самолетами в тыл противника и начали действовать в составе 1, 2, 3 и 4 партизанских бригад. В 1943 году в связи с расширением партизанского движения было создано еще 5 оперативных групп из числа чекистов.

Оперативные группы при партизанских отрядах проводили разведывательную, контрразведывательную и диверсионную работу. Также эти группы уделяли большое внимание контрразведывательной работе внутри партизанских подразделений по выявлению и разоблачению попыток проникновения в них агентуры противника. Начальниками оперативных групп назначались опытные, испытанные в боях чекисты – Александр Филиппович Кадачигов, Игорь Владимирович Авдзейко, Григорий Иванович Репин, Георгий Иванович Пяткин и другие.