По окончании училища в 1905 году Василий поступает в Архангельскую духовную семинарию. Живёт он у дяди, настоятеля Воскресенского храма Михаила Ивановича Попова, по адресу: улица Воскресенская, дом 2. Вместе с ним учится двоюродный брат Иван Попов, сын Михаила Ивановича.

В письме родным от 18 октября 1905 года пятнадцатилетний семинарист рассказывает о событиях, происходивших в Архангельске в этот день: «Сегодня получена телеграмма – манифест о свободе слова, печати и убеждений. Когда я шёл вместе с Ваней из семинарии, мы встретили большую толпу народа с красными флагами. Я с Ваней обошёл по рынку, и мы благополучно пришли домой. Толпа эта ходила (как говорят) до семинарии и вернулась к дому губернатора. Тут собралось чуть ли не до пяти тысяч и начали рвать национальные флаги, оставляя только красные полосы, выломали двери в гимназии и ломали стёкла. Все магазины, лавки и пекарни велели закрыть. На Сурковском заводе остановили машину, в Губернской типографии разогнали рабочих, и потому за 19 окт. газеты нет. В толпе были техники, гимназисты, гимназистки, семинаристы, духовники (ученики духовного училища) и масса рабочих. Хотят бастовать все три дня. Ещё и до сего времени (10 час.) ходят по Троиц-кому и кричат».

Окончив в 1911 году семинарию по первому разряду, что давало право зачисления в студенты, Василий и его двоюродный брат Иван Попов едут в Санкт-Петербург. Иван поступает в Духовную академию, а Василий – в «светский» институт. По сведениям из письма Василия можно заключить, что это был организованный в 1908 году В. М. Бехтеревым Психоневрологический институт – высшее медико-педагогическое учебное заведение для подготовки врачей, учителей и юристов. Первые два года все студенты института обучались на основном факультете, получая философское образование. Василий учится в институте и зарабатывает на жизнь, переписывая отчёты о заседаниях Государственной Думы: «За писание отчётов о заседаниях Думы я каждый раз получаю (зарабатываю) от 5 до 10 рублей, а посему мне нежелательно «упускать из рук такой выгодной статьи». Кроме того, он сотрудничает в газете «Колокол» (ежедневная газета по вопросам церковной, общественной и народной жизни), получая по «три копейки с полной строчки».

В письмах домой Василий подробно рассказывает о том, что пережил и где побывал. Первого декабря 1911 года он пишет родным: «Да, в Питере жить – можно много чего видеть и слышать великого и художественного. И всё это благодаря Вам, дорогие мои родители. Спасибо за всё!»

Круг общения, сферу интересов и образ жизни Василия Попова и в Петербурге определила та среда, в которой он родился и вырос. Он посещает концерты духовной музыки, торжественные службы в различных храмах Петербурга и в Свято-Владимирской православной школе, близко видел митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Антония, архиепископа Антония Волынского (Храповицкого) и других иерархов Церкви, обер-прокурора Синода В. К. Саблера, вдову К. П. Победоносцева Екатерину Александровну – попечительницу Свято-Владимирской православной школы для девочек. Уже при первой встрече с юношей высокопреосвященный Антоний Волынский (в 1917 году – один из трёх кандидатов на Патриарший престол, а впоследствии – глава Русской Православной Церкви за границей) посоветовал ему «на следующий же год переходить в Духовную академию».

Поначалу переходить из института ни в какое другое учебное заведение Василий не думает, о чём и сообщает в письме, отвечая на вопрос отца («Институтом пока вполне доволен»), однако весной, как видно из его писем, он начинает усиленно заниматься богословскими науками. Проучившись в институте год, в 1912 году Василий переходит на учёбу в Санкт-Петербургскую Духовную академию.

Третьего марта 1913 года он присутствовал на службе в Исаакиевском соборе, которую проводил Патриарх Антиохийский Григорий IV, находившийся в это время в России по случаю празднования 300-летия Дома Романовых. Василий пишет родным: «Народу было так много, что громадный Исаакиевский собор не мог вместить всех желающих, и вокруг собора стояли толпы. Служил Григорий IV весьма величаво и торжественно». Во время запричастного Василий успел получить в алтаре благословение Антиохийского Патриарха.

Весной 1915 года в Смольном Воскресенском соборе Василий познакомился с будущей женой Верой Васильевной Кузнецовой. Вера родилась 19 августа 1899 года в Санкт-Петербурге (в доме угол Соляного переулка и Рыночной улицы), была дочерью надворного советника, преподавателя Третьей Петроградской мужской гимназии. Она училась в привилегированной гимназии принцессы Ольденбургской и жила со своей мамой, Натальей Стефановной, в Смольном Александровском институте, в котором та заведовала столовой.

В апреле 1916 года Василий окончил курс в Императорской Петроградской духовной академии и был «удостоен учёной степени кандидата богословия с правом получения степени магистра без устного испытания». Тема его диссертации – «Женщина в христианстве». Отзыв об окончившем курс кандидате: «Человек более практической складки, любит всякого рода публичные выступления вроде проповедей, чтений в рабочих районах и т. п. К студенческим обязанностям относился хорошо и по поведению ни в чём предосудительном замечен не был».

По окончании академии Василий в числе других окончивших курс сделал заявление о том, что он желал бы занять должность по духовно-учебному ведомству: «преподавателя гомилетики, пастырского богословия и литургики в одной из духовных семинарий Севера, Средней полосы или Юга России или преподавателя географии и соединенных с ней предметов в одном из духовных училищ тех же местностей».

Однако назначение Василий получил должность псаломщика в Николаевский военный собор в Киеве. 10 августа 1916 года он приезжает в Киев.

В письме от 12 августа Василий описывает свои первые киевские впечатления: «С вокзала приехал прямо в собор. Собор древний (строен ещё при Мазепе), красивый извне и внутри, каменный, высокий, белый. Прекрасны и живопись, и иконостас». Он восхищается красотой Киева: «Прекрасный воздух в нём, ибо много зелени кругом. А какие здесь всюду чудные виды!»

В сентябре 1916 года Василий приезжает в Петроград. 17 сентября у Веры именины. «В девять с четвертью утра был уже у Веры. Поздравил её и сделал небольшие подарки (иконочку серебряную Казанской Божией Матери, альбом «Детский мир», миниатюрную книжечку «Басни Крылова», две чашечки и кружечку с изображением Киево-Печерской лавры). Отстояли литургию, молебен и панихиду. Днём были в Александровском саду и прогулялись по Невскому».

Алексей и Василий Поповы, г. Петроград.

26 сентября Василий вернулся в Киев. Он служит псаломщиком, ведёт беседы и читает лекции в трапезной Киево-Печерской Успенской лавры, в казармах Киевского гарнизона и военном госпитале. Каждый день пишет письма Вере в Петроград.

12 января 1917 года Василий подаёт прошение митрополиту Владимиру о назначении его на свободное место второго епархиального миссионера-проповедника, а второго марта получает от настоятеля собора официальное сообщение: «Киевская Духовная Консистория покорнейше просит Вас объявить псаломщику вверенного Вам собора В. Попову, что в заседании Епархиального Миссионерского Совета от 30-го января с. г. состоялось следующее постановление, утверждённое Его Высокопреосвященством 10 февраля того же года за № 417: считать В. Н. Попова подходящим кандидатом для занятия должности второго епархиального миссионера-проповедника с обязательством принятия священного сана. По утверждении сего журнала допустить В. Н. Попова к исполнению миссионерских обязанностей».