Лекционный курс М.П. Погодина, способствовал выработке у Самарина нового взгляда на русскую историю и русскую жизнь в целом. На основе лекционного материала профессора, Самарин сформулировал воззрение схожее с Погодинским: «формулы западные к нам не применяются, в русской жизни есть какая-то особенность, чуждая другим народам»66. Поиск основ исторического развития России и полная убежденность в особом историческом пути России – основополагающая мировоззренческая основа Ю.Ф. Самарина.

Уже после окончания университета в 1855 г. Самарин вспоминал «До Погодина господствовало стремление отыскать в русской истории что-нибудь похожее на историю народов западных; сколько мне известно, Погодин первый, по крайней мере первый для меня и для моих товарищей, убедил в необходимости разъяснения явлений русской истории из нее самой»67. Именно этой оригинальностью и твердостью суждений Погодин увлек Самарина.

Хорошо отзывались о Самарине и его сокурсники. Ф.И. Буслаев писал: «Нашим кормителем был Самарин. Он всегда сидел на конце передней скамейки… ближе к двери. Как только начнется лекция, он вытащит из-за стола … пакет с угощениями и пустит его по рукам товарищей»68. Далее Буслаев рассказывает о том, как Самарин с В.П. Мещерским разыгрывали преподавателей и даже создали свой язык для тайных переговоров на занятиях69.

«Ю.Ф. Самарин был одним из самых оригинальных и замечательных умных русских людей: подобного ему я никогда не встречал»70, – отзывался о друге сам В.П. Мещерский.

Помимо Погодина, в университетские годы Самарина, как и многих других образованных молодых людей того времени, привлек своими трудами Гегель, что впоследствии вылилось в противоречие умозаключений и взглядов внутри Самарина. Среди его сокурсников можно было увидеть таких впоследствии именитых личностей, как вышеупомянутый Ф.И. Буслаев, М.Н. Катков, С.М. Соловьев и др.71. Ко времени обучения Самарина на четвертом курсе, к нему относится запись М.П. Погодина: «На курсе первое место принадлежит Юрию Самарину. Он имеет много сведений, обладает средствами для приобретения новых, рассуждает логически, говорит ясно и складно, трудов много и дельных»72.

В 1838 г. Самарин окончил университетский курс в возрасте девятнадцати лет первым кандидатом, что давало ему право поступить на службу прямо в министерство73. Однако он начал готовиться к магистерскому экзамену. В это время он подружился с К.С. Аксаковым, который познакомил Самарина с литературными салонами Москвы. В них Самарин знакомится с А.И. Герценом, Н.В. Гоголем, Т.Н. Грановским, И.В. Киреевским, М.Ю. Лермонтовым, А.С. Хомяковым, П.Я. Чаадаевым74.

В 1840 г. Ю.Ф. Самарин, под влиянием позиции Погодина, написал свою первую исследовательскую историческую работу «О двух началах нашей народности: православии и самодержавии», полемического характера. Свои мысли Самарин здесь высказал в письме французском члену палаты депутатов Франции Ф. Могену, известному либералу и республиканцу. Он заявил о трех периодах русской истории (исключительной национальности, подражательстве и разумной народности) и о двух началах нашей народности – православии и самодержавии. 75.

В 1840 г. Самарин, сдает магистерский экзамен, главным предметом которого была русская словесность76. После чего он решает начать работу над диссертацией, посвященной митрополиту Стефану Яворскому и архиепископу Феофану Прокоповичу.

Период работы над диссертацией (1840-1843 гг.) – время формирования философских, исторических и политических воззрений Самарина, отмеченный не только упорной научной деятельностью, но и его знакомством с концепцией славянофильства и ее основателями А.С. Хомяковым и И.В. Киреевским77.

Однако на тот момент еще поспешно говорить о сформированности у Самарина тех взглядов, благодаря которым он был впоследствии причислен к славянофилам. Он, согласно моде тех лет, увлекся гегельянством. И здесь заслуга А.С. Хомякова, который помог Самарину в своей внутренней борьбе между наукой и верой, когда последний уже был готов отречься от диссертации.

Работая над диссертацией, Самарин определил для себя метод исследования: выявить на примере двух иерархов влияние на православие католичества (Прокопович) и протестантства (Яворский). Исследуя поставленную проблему, Самарин критикует католичество за признание непогрешимости Папы Римского, желание объединить в Церкви духовную и светскую власть, став, по сути, государством, и чрезмерную схоластику, «умерщвляющую» Церковь. Протестантство, по мнению Самарина, лишено положительного содержания, ввиду разобщенности, наличия множества заблуждений и противоречивых мнений, что приводит к отрицанию Церкви как таковой.

В то же время, Самарин обращает внимание, что в отличие от западных вероисповеданий, православие еще не определило себя в научной сфере. Однако он намеревался использовать метод философии Гегеля, примиряя науку и религию, знание и веру78, пытаясь дать научное объяснение православию. В результате чего он впадает в глубокое противоречие. Исходя из проведенного исследования, перед ним встает выбор в простом отрицании веры, что противоречило всем его убеждениям. Поменяв подход к исследованию, он хочет отстоять истинность веры. В этом ему помог А.С. Хомяков, доказав, что «христианство не наука и наукообразным быть не может», что церковная истина утверждается, а не доказывается, она стоит выше науки. Это положило конец попыткам Самарина дать научное объяснение православию79. Он признает Хомякова своим учителем, и вместе с тем оканчивается период влияния на него К.С. Аксакова, с которым, однако они на всю жизнь сохранили дружеские отношения80. Стоит отметить, до Хомякова на Самарина пытались оказать влияние А.И. Герцен и, в особенности, П.Я. Чаадаев, который симпатизировал будущему славянофилу81, однако их взгляды во-многом так и не совпали. Позже, в 1846 году Чаадаев писал Самарину: