Хотя императору еще предстояло несколько сражений, но не в Лотарингии. В 1553 году вернувшийся домой Паре был снова призван королем, на этот раз в Гедин в Пикардии, «где у меня было столько работы, что я без отдыха дни и ночи напролет перевязывал раненых». Битва была жестокой, существует несколько описаний этой войны, столь же колоритных и ужасающих, как то, что оставил нам Паре о событиях тех нескольких дней. Наконец, французский гарнизон капитулировал, став жертвой вероломства испанских солдат, которые пытали и убивали своих пленников, нарушив согласованные условия сдачи.

Известность таит в себе свои угрозы. Опасаясь, что его убьют, если он не сможет откупиться, Паре надел мундир простого солдата и остался в услужении одного из раненых французских офицеров. Не признавшись, что он знаменитый хирург короля, но не скрыв своих знаний медицины, он получил возможность относительно свободно передвигаться по территории, так как ему поручили лечение полковника вражеской армии с хронической язвой на ноге. После удачного побега он явился с докладом к королю Генриху, а затем снова вернулся в Париж.

Теперь сорокачетырехлетний опытный цирюльник-хирург был весьма популярен среди пациентов и коллег. Братья Святого Пришествия, которые раньше так стремились унизить и скомпрометировать цирюльников, понимали, что присутствие Амбруаза Паре на факультете добавит блеска репутации их колледжа. Он был не только признанным ведущим специалистом европейской хирургии, но и другом короля, вследствие чего ему с готовностью доверяла свое здоровье вся французская знать.

Проигнорировав требования об обязательном прохождении экзамена по латинскому языку, они признали его магистром-хирургом 18 декабря 1554 года. А в 1557 году Генрих снова послал Паре на поле битвы при Сен-Кантене, где французы потерпели сокрушительное поражение. В следующем году, когда Итальянские войны шли к завершению, он снова принял участие в военных действиях при Дурлане.

Все это время власть протестантов в стране усиливалась. Теперь у них было более двух тысяч церквей по всей Франции, а знатные гугеноты занимали руководящие посты среди духовенства и даже заключили союз с немецкими принцами и королевой Англии. Генрих считал необходимым уничтожить еретиков и утвердить свой политический контроль. Мирный договор был заключен с новым императором Священной Римской империи Филиппом II и скреплен, как отмечалось ранее, браком Филиппа с принцессой Елизаветой, дочерью французского короля.

Из-за случайной смерти Генриха во время брачных торжеств на трон взошел Франциск II и правил в течение года, а в 1560 году был коронован его одиннадцатилетний брат Карл IX, и власть фактически перешла к уже упомянутой Екатерине Медичи. Паре, который был хирургом Франциска, теперь был назначен личным хирургом Карла.

Гражданская война стала неизбежной, поскольку судебный совет, состоявший преимущественно из католиков, не желал делить власть с гугенотами. Резня протестантской конгрегации в Васси стала искрой, воспламенившей взрывчатую смесь. Весь остальной военный опыт Паре приобрел в течение почти сорока лет боевых столкновений, грабежей, массовых убийств и погромов, которые в учебниках истории торжественно называются религиозными войнами. После осады Руана Паре был возведен в должность главного хирурга короля.

Тот факт, что столь высокое положение занимал цирюльник-хирург, оказал огромное влияние на направление будущего развития французской медицины. Он означал, что наивысшая квалификация в лечении травм и некоторых болезней больше не ассоциировалась ни с врачами, ни с хирургами Святого Пришествия. В лице их главного авторитета, когда-то скромных цирюльников-хирургов, теперь признавали хорошо обученными и умелыми практиками, которыми они сейчас и являлись.

В 1564 году Паре опубликовал интересное сочинение под названием «Десять книг по хирургии со сборником необходимых для практики инструментов», содержащее серию ясных иллюстраций тех приспособлений, которые автор использовал в своей работе. Трактат состоит из глав, имеющих отношение как непосредственно к хирургии, например, раздел «Об извлечении стрел», так и к вопросам внутренней медицины, подобно статье о лечении инфекций мочевыделительной системы под заголовком, который в изложении английского переводчика звучит как «Общее лечение при болезненном мочеиспускании».

Хотя Паре периодически участвовал в различных военных кампаниях, большая часть его жизни после этой публикации в 1564 году протекала в Париже, в анатомических исследованиях и сочинении книг. В 1574 году после смерти Карла IX его брат Генрих III не только сохранил за Паре должность главного хирурга, но и сделал его своим камердинером.

Жизнь Амбруаза Паре была достаточно долгой, поэтому он мог своими глазами наблюдать кульминационный момент Религиозных войн в 1589 году, когда Париж был осажден, Генрих III убит, и сцена была подготовлена для восшествия на трон бывшего протестанта Генриха IV. И когда мир, казалось, вот-вот будет достигнут, выдающийся хирург, который несчетное количество раз был на волоске от смерти на поле битвы, мирно скончался в возрасте восьмидесяти лет в собственной постели 20 декабря 1590 года.

Амбруаз Паре оставил весьма авторитетное наследие будующим поколениям хирургов: его книги отличаются основательностью и здравым смыслом. Благодаря тому, что он перемежал описания клинических наблюдений с рассказами о многих из наиболее значимых событий своей жизни, мы имеем удовольствие узнать много информации из его биографии. Собрание сочинений 1575 года и «Апология и трактат», написанные спустя десятилетие, а также обе его главные работы, о которых речь шла выше, содержат множество как специфических знаний из области медицины, так и личного опыта автора.